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Cristal de lysozyme

Les hydrolases constituent une classe d'enzymes qui catalysent les réactions d'hydrolyse de molécules suivant la réaction générale :

R-R' + H2O ⇌ R-OH + R'-H

On y trouve par exemple

Ces enzymes ne nécessitent pas en général de coenzymes. Elles sont activables par des cations.

On rencontre des hydrolases dans les lysosomes des cellules. Les hydrolases lysosomales, particulièrement acides, présentent un pH d'environ 5 lorsqu'elles sont activées. Elles sont enfermées de façon étanche au sein du lysosome dont la libération brutale du contenu pourrait lyser la cellule.

Elles sont classées dans le groupe EC 3 dans la nomenclature EC, et sont réparties en 13 sous-groupes, en fonction du type de liaison qui sera coupée.

Sommaire

Classification ECModifier

Groupe EC3.1 (estérases)Modifier

Elles agissent sur les liaisons ester de type R-CO-O-R'.

EC 3.1.1 : Hydrolases spécifiques des esters carboxyliquesModifier

EC 3.1.2 : Hydrolases spécifiques des thioestersModifier

EC 3.1.3 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-phosphoriquesModifier

EC 3.1.4 : Hydrolases spécifiques des liaisons diester-phosphoriquesModifier

EC 3.1.5 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-triphosphoriquesModifier

EC 3.1.6 : Hydrolases spécifiques des liaisons ester-sulfuriquesModifier

EC 3.1.7 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-diphosphoriquesModifier

EC 3.1.8 : Hydrolases spécifiques des liaisons triester-phosphoriquesModifier

EC 3.1.11 : Exodésoxyribonucléases productrices de 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.13 : Exoribonucléases productrices de 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.14 : Exoribonucléases productrices de 3'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.15 : Exonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et produisant des 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.16 : Exonucléases actives à la fois dur l'ARN et sur l'ADN et produisant des 3'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.21 : Endodésoxyribonucléases productrices de 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.22 : Endodésoxyribonucléases productrices de 3'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.23 & EC 3.1.24Modifier

Endodésoxyribonucléases spécifiques incluses aujourd'hui dans EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 et EC 3.1.21.5.

EC 3.1.25 : Endodésoxyribonucléases spécifiques des bases abîméesModifier

EC 3.1.26 : Endoribonucléases productrices de 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.27 : Endoribonucléases productrices de 3'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.30 : Endoribonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et productrices de 5'-phosphomonoestersModifier

EC 3.1.31 : Endoribonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et productrices de 3'-phosphomonoestersModifier

Groupe EC3.2 (glycosylases)Modifier

EC 3.2.1 : Glycosidases (enzymes agissant autant sur les liaisons O-glycosidiques que sur les liaisons S-glycosidiques)Modifier

EC 3.2.2 : Hydrolases spécifiques des liaisons N-glycosidiquesModifier

EC 3.2.3 : Hydrolases spécifiques des liaisons S-glycosidiquesModifier

Groupe vide : la seule enzyme (EC 3.2.3.1) a été déplacée vers EC 3.2.1.147.

Groupe EC3.3 (éther-hydrolases)Modifier

EC 3.3.1 : Hydrolases spécifiques des liaisons thioéther et des trialkylsulfoniumsModifier

EC 3.3.2 : Autres éther-hydrolasesModifier

Groupe EC3.4 (peptidases)Modifier

Les sous-groupes EC3.4.1 à EC3.4.4 ont été supprimés et les enzymes autrefois répertoriées dans ces groupes réparties dans les groupes nouvellement créés (EC3.4.11 à EC3.4.24). La liste qui suit donne la correspondance entre l'ancienne numérotation et la nouvelle.

EC 3.4.11 : AminopeptidasesModifier

EC 3.4.12Modifier

Sous-groupe aujourd'hui disparu. La liste suivante donne la correspondance entre les anciens numéros et les nouveaux.

EC 3.4.13 : DipeptidasesModifier

EC 3.4.14 : Dipeptidyl-peptidases et tripeptidyl-peptidasesModifier

EC 3.4.15 : Peptidyl-dipeptidasesModifier

EC 3.4.16 : Carboxypeptidases de type sérineModifier

EC 3.4.17 : MétallocarboxypeptidasesModifier

EC 3.4.18 : Carboxypeptidases de type cystéineModifier

EC 3.4.19 : Oméga-peptidases (enzymes coupant au niveau du dernier acide aminé d'une chaîne peptidique)Modifier

EC 3.4.21 : Sérine-endopeptidasesModifier

EC 3.4.22 : Cystéine-endopeptidasesModifier

EC 3.4.23 : Aspartate-endopeptidasesModifier

EC 3.4.24 : MétalloendopeptidasesModifier

EC 3.4.25 : Thréonine-endopeptidasesModifier

EC 3.4.99 : Endopeptidases dont le mécanisme d'action est inconnuModifier

Dans ce sous-groupe sont placées les enzymes dont on ne connaît pas encore le mécanisme d'action. Dès que celui-ci est connu, l'enzyme est reclassée. La liste ci-après donne la nouvelle nomenclature donnée aux enzymes en attente. Actuellement, cette liste ne contient aucune enzyme en attente.

Groupe EC3.5 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-azote)Modifier

EC 3.5.1 : Enzymes spécifiques des amides linéaires (liaison C-N linéaire)Modifier

EC 3.5.2 : Enzymes spécifiques des amides cycliques (liaison C-N cyclique)Modifier

EC 3.5.3 : Déiminases (enzymes spécifiques des amidines linéaires) (liaison C=N linéaire)Modifier

EC 3.5.4 : Enzymes spécifiques des amidines cycliques (liaison C=N cyclique)Modifier

EC 3.5.5 : Nitrilases (enzymes spécifiques des nitriles) (liaison C≡N)Modifier

EC 3.5.99 : Autres enzymesModifier

Groupe EC3.6 (enzymes spécifiques des anhydrides d'acides)Modifier

EC 3.6.1 : Polyphosphatases (enzymes spécifiques des anhydrides contenant du phosphore)Modifier

EC 3.6.2 : Sulfatases (enzymes spécifiques des anhydrides contenant un groupe sulfonyle)Modifier

EC 3.6.3 : Anhydrases agissant lors de mouvements transmembranairesModifier

EC 3.6.4 : Anhydrases impliquées dans les mouvements cellulaires et subcellulairesModifier

EC 3.6.5 : Enzymes agissant sur le GTP, et impliquées dans les mouvements cellulaires et subcellulairesModifier

Groupe EC3.7 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-carbone)Modifier

EC3.7.1 : Enzymes actives sur les corps cétoniquesModifier

Groupe EC3.8 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-halogène)Modifier

EC3.8.1 : Déhalogénases (enzymes spécifiques des liaisons carbone-halogène)Modifier

Groupe EC3.9 (enzymes agissant sur les liaisons N-P)Modifier

Ce groupe ne contient actuellement qu'une seule enzyme, la phosphoamidase, qui hydrolyse la N-phosphocréatine en créatine.

Groupe EC3.10 : Sulfohydrolases (enzymes agissant sur les liaisons N-S)Modifier

Groupe EC3.11 (enzymes agissant sur les liaisons C-P)Modifier

Groupe EC3.12 (enzymes agissant sur les liaisons S-S)Modifier

Ce groupe ne contient qu'une seule enzyme, la trithionate-hydrolase, qui hydrolyse le trithionate en thiosulfate et sulfate.

Groupe EC3.13 (enzymes agissant sur les liaisons C-S)Modifier

Exemples d'hydrolases (par ordre alphabétique) avec leur type d'actionModifier

NB : Certaines phospholipases A contenues dans certains venins de serpents peuvent provoquer une hémolyse importante.

Notes et référencesModifier

  1. a et b (en) « 3.6.1.68 », sur genome.jp (consulté le 31 mars 2018)
  2. a et b Enzyme Nomenclature Supplement 21 (2015) sur Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB), consulté le 5 mars 2016

SourcesModifier

  • Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology.