Hydrolase

protéine

Les hydrolases constituent une classe d'enzymes qui catalysent les réactions d'hydrolyse de molécules suivant la réaction générale :

Cristal de lysozyme
R-R' + H2O    R-OH + R'-H

On y trouve par exemple

Ces enzymes ne nécessitent pas en général de coenzymes. Elles sont activables par des cations.

On rencontre des hydrolases dans les lysosomes des cellules. Les hydrolases lysosomales, particulièrement acides, présentent un pH d'environ 5 lorsqu'elles sont activées. Elles sont enfermées de façon étanche au sein du lysosome dont la libération brutale du contenu pourrait lyser la cellule.

Elles sont classées dans le groupe EC 3 dans la nomenclature EC, et sont réparties en 13 sous-groupes, en fonction du type de liaison qui sera coupée.

Classification EC modifier

Groupe EC3.1 (estérases) modifier

Elles agissent sur les liaisons ester de type R-CO-O-R'.

EC 3.1.1 : Hydrolases spécifiques des esters carboxyliques modifier

EC 3.1.2 : Hydrolases spécifiques des thioesters modifier

EC 3.1.3 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-phosphoriques modifier

EC 3.1.4 : Hydrolases spécifiques des liaisons diester-phosphoriques modifier

EC 3.1.5 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-triphosphoriques modifier

EC 3.1.6 : Hydrolases spécifiques des liaisons ester-sulfuriques modifier

EC 3.1.7 : Hydrolases spécifiques des liaisons monoester-diphosphoriques modifier

EC 3.1.8 : Hydrolases spécifiques des liaisons triester-phosphoriques modifier

EC 3.1.11 : Exodésoxyribonucléases productrices de 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.13 : Exoribonucléases productrices de 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.14 : Exoribonucléases productrices de 3'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.15 : Exonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et produisant des 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.16 : Exonucléases actives à la fois dur l'ARN et sur l'ADN et produisant des 3'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.21 : Endodésoxyribonucléases productrices de 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.22 : Endodésoxyribonucléases productrices de 3'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.23 & EC 3.1.24 modifier

Endodésoxyribonucléases spécifiques incluses aujourd'hui dans EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 et EC 3.1.21.5.

EC 3.1.25 : Endodésoxyribonucléases spécifiques des bases abîmées modifier

EC 3.1.26 : Endoribonucléases productrices de 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.27 : Endoribonucléases productrices de 3'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.30 : Endoribonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et productrices de 5'-phosphomonoesters modifier

EC 3.1.31 : Endoribonucléases actives à la fois sur l'ARN et sur l'ADN et productrices de 3'-phosphomonoesters modifier

Groupe EC3.2 (glycosylases) modifier

EC 3.2.1 : Glycosidases (enzymes agissant autant sur les liaisons O-glycosidiques que sur les liaisons S-glycosidiques) modifier

EC 3.2.2 : Hydrolases spécifiques des liaisons N-glycosidiques modifier

EC 3.2.3 : Hydrolases spécifiques des liaisons S-glycosidiques modifier

Groupe vide : la seule enzyme (EC 3.2.3.1) a été déplacée vers EC 3.2.1.147.

Groupe EC3.3 (éther-hydrolases) modifier

EC 3.3.1 : Hydrolases spécifiques des liaisons thioéther et des trialkylsulfoniums modifier

EC 3.3.2 : Autres éther-hydrolases modifier

Groupe EC3.4 (peptidases) modifier

Les sous-groupes EC3.4.1 à EC3.4.4 ont été supprimés et les enzymes autrefois répertoriées dans ces groupes réparties dans les groupes nouvellement créés (EC3.4.11 à EC3.4.24). La liste qui suit donne la correspondance entre l'ancienne numérotation et la nouvelle.

EC 3.4.11 : Aminopeptidases modifier

EC 3.4.12 modifier

Sous-groupe aujourd'hui disparu. La liste suivante donne la correspondance entre les anciens numéros et les nouveaux.

EC 3.4.13 : Dipeptidases modifier

EC 3.4.14 : Dipeptidyl-peptidases et tripeptidyl-peptidases modifier

EC 3.4.15 : Peptidyl-dipeptidases modifier

EC 3.4.16 : Carboxypeptidases de type sérine modifier

EC 3.4.17 : Métallocarboxypeptidases modifier

EC 3.4.18 : Carboxypeptidases de type cystéine modifier

EC 3.4.19 : Oméga-peptidases (enzymes coupant au niveau du dernier acide aminé d'une chaîne peptidique) modifier

EC 3.4.21 : Sérine-endopeptidases modifier

EC 3.4.22 : Cystéine-endopeptidases modifier

EC 3.4.23 : Aspartate-endopeptidases modifier

EC 3.4.24 : Métalloendopeptidases modifier

EC 3.4.25 : Thréonine-endopeptidases modifier

EC 3.4.99 : Endopeptidases dont le mécanisme d'action est inconnu modifier

Dans ce sous-groupe sont placées les enzymes dont on ne connaît pas encore le mécanisme d'action. Dès que celui-ci est connu, l'enzyme est reclassée. La liste ci-après donne la nouvelle nomenclature donnée aux enzymes en attente. Actuellement, cette liste ne contient aucune enzyme en attente.

Groupe EC3.5 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-azote) modifier

EC 3.5.1 : Enzymes spécifiques des amides linéaires (liaison C-N linéaire) modifier

EC 3.5.2 : Enzymes spécifiques des amides cycliques (liaison C-N cyclique) modifier

EC 3.5.3 : Déiminases (enzymes spécifiques des amidines linéaires) (liaison C=N linéaire) modifier

EC 3.5.4 : Enzymes spécifiques des amidines cycliques (liaison C=N cyclique) modifier

EC 3.5.5 : Nitrilases (enzymes spécifiques des nitriles) (liaison C≡N) modifier

EC 3.5.99 : Autres enzymes modifier

Groupe EC3.6 (enzymes spécifiques des anhydrides d'acides) modifier

EC 3.6.1 : Polyphosphatases (enzymes spécifiques des anhydrides contenant du phosphore) modifier

EC 3.6.2 : Sulfatases (enzymes spécifiques des anhydrides contenant un groupe sulfonyle) modifier

EC 3.6.3 : Anhydrases agissant lors de mouvements transmembranaires modifier

EC 3.6.4 : Anhydrases impliquées dans les mouvements cellulaires et subcellulaires modifier

EC 3.6.5 : Enzymes agissant sur le GTP, et impliquées dans les mouvements cellulaires et subcellulaires modifier

Groupe EC3.7 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-carbone) modifier

EC3.7.1 : Enzymes actives sur les corps cétoniques modifier

Groupe EC3.8 (enzymes agissant sur les liaisons carbone-halogène) modifier

EC3.8.1 : Déhalogénases (enzymes spécifiques des liaisons carbone-halogène) modifier

Groupe EC3.9 (enzymes agissant sur les liaisons N-P) modifier

Ce groupe ne contient actuellement qu'une seule enzyme, la phosphoamidase, qui hydrolyse la N-phosphocréatine en créatine.

Groupe EC3.10 : Sulfohydrolases (enzymes agissant sur les liaisons N-S) modifier

Groupe EC3.11 (enzymes agissant sur les liaisons C-P) modifier

Groupe EC3.12 (enzymes agissant sur les liaisons S-S) modifier

Ce groupe ne contient qu'une seule enzyme, la trithionate-hydrolase, qui hydrolyse le trithionate en thiosulfate et sulfate.

Groupe EC3.13 (enzymes agissant sur les liaisons C-S) modifier

Exemples d'hydrolases (par ordre alphabétique) avec leur type d'action modifier

NB : Certaines phospholipases A contenues dans certains venins de serpents peuvent provoquer une hémolyse importante.

Notes et références modifier

  1. a et b (en) « 3.6.1.68 », sur genome.jp (consulté le )
  2. a et b Enzyme Nomenclature Supplement 21 (2015) sur Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB), consulté le 5 mars 2016

Sources modifier

  • Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology.