Projet:Biologie/Bases de données suivies

Cette page se propose d'indiquer les classifications et les bases de données suivies de préférence par les différents sous-projets liés au Projet:Biologie, en fonction des ensembles de taxons traités. Pour faciliter d'une part le choix du titre et des noms redirigés, d'autre part la rédaction de la taxobox et enfin le choix des listes de sous-taxons indiquées dans l'article. On en profitera pour préciser les modèles de Catégorie:Modèle de biologie créant un lien externe utilisables pour référencer ces bases de données.

Ces choix sont généralement fait en cohérence avec le Taxobot (cf. Projet:Biologie/Taxobot) qui sert à générer les ébauches d'articles, y compris la taxobox (le logiciel WikipediaBioReferences (WBR) n'est plus actualisé).

Le but est aussi de compléter la page d'aide Projet:Biologie/Comment trouver et traiter les noms français ou scientifiques.

Botanique

Algues

• AlgaeBase : {{AlgaeBASE espèce}}, {{AlgaeBASE genre}}, {{AlgaeBASE}}.
• WoRMS : plusieurs algues y sont, mais c'est habituellement une copie du site AlgaeBase (modèles {{WRMS}} et {{WRMS espèce}}).
• {{INAlgarum}} 

Champignons

• MycoBank : {{MycoBank}} (les identifiants de MycoBank et Fungorum sont les mêmes sur les deux bases de données)
• Index Fungorum : {{Fungorum espèce}}, {{Fungorum genre}}, {{Fungorum famille}}, {{Fungorum suprafamille}}.

À signaler : le modèle {{Mycodoc}} permet d'ajouter une référence vers la page de bibliographie d'une espèce de champignon sur le site de la Société mycologique de France (base de données Mycodoc).

Plantes

Pour vérifier la validité d'un taxon de plante vasculaire (Note : le taxon peut être valide, mais plus en usage actuellement), consulter l'International Plant Names Index (IPNI). {{IPNI}}

• Titre : en français si nom unique et sourcé pour l'espèce, sinon nom scientifique et redirections des noms français

Bases suivies :

• POWO, {{POWO}} (Jardins botaniques royaux de Kew)
• GRIN, {{GRIN espèce}}, {{GRIN genre}}, etc. en particulier pour les taxons de rangs intermédiaires entre la famille et le genre (sous-familles, tribus, etc.)
• Global Compositae Database pour les Astéracées ; modèle {{GCD}}

et à défaut :

• World Flora Online {{WFO}} (remplace The Plant List : {{ThePlantList espèce}} qui combinait jusqu'en 2013 la liste de Kew avec d'autres bases)
• Tropicos : {{Tropicos}}
• NCBI : {{NCBI}} (Cf. remarque ci-dessous)

Zoologie

• Pour vérifier la validité des taxons de zoologie : The Official Registry of Zoological Nomenclature sur zoobank.org.

Vertébrés

Mammifères

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classifications dans l'article : En cas de divergence, priorité accordée à la Mammal Diversity Database de l'American Society of Mammalogists (ASM) car Mammal Species of the World n'est pas actualisée.
• Modèle(s): {{MDD}}, {{MSW}}

Oiseaux

Taxons modernes

• Titre : Nomenclature normalisée CINFO : une liste existe dans le projet (Projet:Ornithologie/Liste des noms normalisés-1), sauf exception à discuter au cas par cas avec le Projet Ornithologie
• Classifications : Congrès ornithologique international (pour taxobox et catégories)
• Modèle(s): {{COI}} et {{Avibase}}

Reptiles

Taxons actuels sauf tortues

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : The Reptile Database
• Modèle(s): {{ReptileDB espèce}}, {{ReptileDB genre}} et {{ReptileDB famille}}

Tortues

Taxons actuels

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : Tortoise and Freshwater Turtle Specialist Group
• Modèle(s): {{TFTSG}}

Amphibiens

Taxons actuels

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : Amphibian Species of the World
• Modèle(s): {{ASW espèce}}, {{ASW genre}}, {{ASW sous-famille}}, {{ASW famille}} et {{ASW}}

Poissons

Taxons actuels

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : WoRMS (source : FishBase)
• Modèle(s): {{WRMS}}, {{FishBase espèce}}, {{FishBase genre}}, {{FishBase famille}} et {{FishBase ordre}}

Arthropodes

Araignées

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : World Spider Catalog
• Modèles : {{WSC famille}}, {{WSC non-famille}}

Pseudoscorpions

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : Pseudoscorpions of the world

Scorpions

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : Scorpion Files

Fourmis

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : AntWeb
• Modèles : {{Antweb espèce}}, {{Antweb genre}}, {{Antweb sous-famille}}

Crustacés

• Classification : WoRMS
• Modèle : {{WRMS}}

Mollusques

• Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
• Classification : World Register of Marine Species, prenant pour base Bouchet & Rocroi, mais actualisé avec les taxons nouvellement décrits, notamment. Peuvent également être utiles en:Taxonomy of the Gastropoda (Bouchet & Rocroi, 2005) ou en:Changes in the taxonomy of gastropods since 2005
• Modèles : {{SeaLifeBase espèce}}, {{WRMS espèce}} et {{SeaSlugForum}}

Échinodermes

• Titre : en français si nom unique pour le taxon (rare), sinon nom scientifique et redirections des noms français, avec éventuellement articles d'homonymie.
• Classification : World Register of Marine Species, prenant pour base Kroh & Smith, mais actualisé avec les taxons nouvellement décrits, notamment.
  • Fossile : The Echinoid Directory puis World Register of Marine Species ou à défaut Fossilworks Paleobiology Database (TPDB) (au 8 septembre 2014)
• Modèles : {{SeaLifeBase espèce}}, {{WRMS espèce}} et {{TPDB}} (pour les nombreux clades fossiles, pas toujours recensés par WoRMS).

A signaler : les pages les plus anciennes fondent encore la phylogénie sur {{ITIS}}, mais celle-ci est obsolète de l'avis des spécialistes. Cela explique les incohérences parfois encore rencontrées entre deux pages. Dans un souci de compromis, il est possible de faire figurer dans l'article les deux phylogénies côte à côte en en précisant l'origine (comme sur l'article Oursin), et d'utiliser WoRMS dans la taxobox.

Cnidaires

• Classification : WoRMS
• Modèle : {{WRMS}}

Nématodes

• Classification : WoRMS
• Modèle : {{WRMS}}

Annélides

• Classification : WoRMS
• Modèle : {{WRMS}}

Plathelminthes

• Classification : WoRMS
• Modèle : {{WRMS}}

Bactériologie

• Classification : LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)
• Modèle : {{LPSN}}

Virologie

• Classification : ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses)
• Modèle : {{ICTV}}

Cas de NCBI

NCBI ne se déclare pas comme étant une référence en taxonomie ((en) « The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information. ») et ce n'est de toutes façons pas son but qui est de compiler les taxons.
Il est donc inapproprié de l'utiliser comme source dans de nombreux domaines. En effet, cette base de données n'est pas gérée par des spécialistes ayant une vue d'ensemble des groupes. Si ce site peut se révéler utile dans certains cas, notamment en botanique, chaque fois que c'est possible pour constituer les listes de taxons, il faut lui préférer les sites de taxonomie de référence en leur domaine, car il est loin de faire consensus parmi nos contributeurs en biologie.

Voir aussi

Les titres en biologie

• Projet:Biologie/Comment trouver et traiter les noms français ou scientifiques
• Conventions sur les titres de biologie

Aide en biologie

• Projet:Biologie/Aide au contributeur avec toutes les pages d'aide en biologie : comment contribuer, choix des titres, choix des noms scientifiques et français, choix des box et plusieurs articles-guides rédactionnels, de l'ébauche à l'article complet.