Open Tree of Life

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Open Tree of Life
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L'Open Tree of Life est un arbre phylogénétique en ligne résultant d'une collaboration financée par la Fondation nationale pour la science[1],[2]. Le premier projet, comprenant 2,3 millions d'espèces, a été publié en [3]. Le graphique interactif permet à l'utilisateur de zoomer sur les classifications taxonomiques, les arbres phylogénétiques et les informations sur un nœud. Cliquer sur une espèce renverra sa taxonomie source et de référence.

L'arbre phylogénétique au nœud Eukaryota.

ApprocheModifier

Le projet utilise une approche supertree pour générer un seul arbre phylogénétique (servi sur tree.opentreeoflife.org[4]) à partir d'une taxonomie complète et d'un ensemble organisé d'estimations phylogénétiques publiées.

La taxonomie est une combinaison de plusieurs grandes classifications développées par d'autres recherches et est créé à l'aide d'un outil logiciel appelé « smasher »[5]. La taxonomie résultante est appelée une taxonomie à arbre ouvert (OTT pour Open Tree Taxonomy) et peut être consultée en ligne[6].

HistoireModifier

Le projet a été lancé en par un prix NSF de trois ans décerné à des chercheurs de dix universités. En 2015, une bourse supplémentaire de deux ans a été décernée à des chercheurs de trois établissements.

Voir aussiModifier

RéférencesModifier

  1. « Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 112, no 41,‎ , p. 12764–9 (PMID 26385966, PMCID 4611642, DOI 10.1073/pnas.1423041112)
  2. « Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life », National Science Foundation (NSF) (consulté le )
  3. Pennisi, « First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species », Science Magazine,
  4. <mtholder@gmail.com>, « opentree »
  5. « Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis », Biodiversity Data Journal, vol. 5, no 5,‎ , e12581 (PMID 28765728, PMCID 5515096, DOI 10.3897/BDJ.5.e12581, lire en ligne)
  6. « tree.opentreeoflife.org »