Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Juillet-août 2022

Labélisation de Janjucetus

Le 1 juillet 2022, Janjucetus a été proposé pour être reconnu comme « Bon article ». Vous pouvez donner votre avis sur cette proposition.
Amirani1746 (discuter) 1 juillet 2022 à 19:25 (CEST)

Bonjour ou bonsoir à tous, je propose en ce moment la labellisation de l'article concernant Janjucetus, un baleine préhistorique particulier qui illustre l'évolution en mosaïque entre les baleines à dents primitifs et les premiers baleines à fanons. Si vous considérez cet article comme étant intéressant (et suis sur que c'est la cas), n'hésitez pas à le votez BA. Amirani1746 (discuter) 1 juillet 2022 à 19:25 (CEST)

Modification des sources de l'article "Striatum"

Bonjour,

Je me permet de poster également ici, la pdd "Neurosciences" étant notée en sommeil.

L'article français concernant le striatum possède deux sources pointant vers le livre "Le bug humain" paru fin 2019, ainsi qu'une vidéo sur ce livre de Sébastien Bohler, docteur en neurosciences, mais devenu journaliste depuis plus de 20 ans. Ce livre a connu un fort écho médiatique mais aussi des critiques très négatives de la part de neuroscientifiques. Sur la page Discussion:Striatum, nous avons (avec un utilisateur non renseigné) indiqué le caractère non académique et peu rigoureux de cet ouvrage, sources à l'appui. La dernière en date étant parue dans une tribune du journal Le Monde, par un groupe de neuroscientifiques.

L'ajout de sources primaires répond à des critères stricts qui ne me semblent pas remplis pour cet article : le livre et la vidéo ne sont pas l’œuvre d'un spécialiste (il n'a jamais travaillé en tant que chercheur en neurosciences depuis l'obtention de son doctorat en 2001), ne sont pas orientés vers la structure cérébrale en elle même mais pour y apporter une thèse personnelle à caractère lucratif, ne possèdent aucun caractère académique et n'ont pas fait l'objet d'une publication à comité de relecture. Bien que l'on puisse arguer du caractère "travaux philosophiques", le livre contient un point de vue personnel réductionniste sur une situation complexe et contient des erreurs au sujet du striatum.

Devant la faiblesse de cette source, je propose leur suppression qui n'apporte rien à l'article, et peut induire en erreur sur le fonctionnement de cette structure cérébrale.

Cordialement,

--Anchang30 (discuter) 8 juillet 2022 à 21:36 (CEST)

Bonjour @Anchang30, la neuro n'est pas ma spécialité mais j'ai quand même bossé sur plusieurs cibles (gènes et protéines) neuro. Très honnêtement, je ne crois pas que Sébastien Bohler puisse être considéré comme une source fiable. Il a passé sa thèse en neurologie il y une vingtaine d'années, puis a bifurqué directement dans le journalisme tout de suite après. Il n'est donc pas un expert de la neuro et encore moins chercheur, probablement de la psychologie cognitive mais pas expert en neuroscience (que 3 articles publiés dont 1 seul en 1er auteur) et aucun sur le striatum. Il est resté bloqué au stade de la dopamine qui explique tout. Malheureusement, ce n'est pas aussi simple et mes collègues de neuro sont effarés par ce genre de thèses. C'est tellement gros, qu'un scientifique spécialiste de neuro n'ira pas perdre son temps à critiquer publiquement l'ouvrage. Cet un ouvrage simpliste. Je l'ai parcouru rapidement et très franchement, il n'y a pas grand chose de fonctionnel là-dedans. Beaucoup de considérations psychologiques, cognitives sur des surinterprétations de mécanismes biologiques dans le seul but de propager sa thèse évolutionniste donc loin du fonctionnement et des mécanismes d'actions du striatum. Et cet ouvrage ne peut donc absolument pas être considéré comme une source bibliographique sur le striatum.

Des critiques sont formulées par les scientifiques que vous avez déjà signalé. Il y a aussi l'AFIS qui considère le livre bien écrit mais simpliste et utopique.

Il existe des ouvrages sur le striatum, ouvrages scientifiques mécanistiques, sur le rôle et les fonctions du striatum mais pas avec des conclusions cognitives ou sur des hypothèses sur le comportement de l'espèce humaine:

• Maldonado et Ortega - Striatum: Anatomy, Functions and Role in Disease

cordialement GF38storic (discuter) 10 juillet 2022 à 12:43 (CEST)

Les articles Division (biologie) et Embranchement (biologie) sont proposés à la fusion

Bonjour, Les articles « Division (biologie)  » et « Embranchement (biologie) » sont proposés à la fusion (cf. Wikipédia:Pages à fusionner). Après avoir pris connaissance des critères généraux d’admissibilité des articles et des critères spécifiques, vous pourrez donner votre avis sur la page de discussion Wikipédia:Pages à fusionner#Division (biologie) et Embranchement (biologie). Message déposé par Ariel (discuter) le 13 juillet 2022 à 08:17 (CEST)

Proposition au label BA : Bonacynodon

Le 21 juillet 2022, le cynodonte Bonacynodon a été proposé pour être reconnu comme « Bon article ». Vous pouvez donner votre avis sur cette proposition. Amirani1746 (discuter) 21 juillet 2022 à 19:25 (CEST)

A propos de dimension

Bonjour. Dans certains protologues, je suis perplexe sur la manière de libeller les dimensions. Par exemple ici STEPHANOPYXIS Diadema, on lit : cellulis in 1/96'''13-14 et, plus loin Diam. -1/48''' ou encore Diam. valvae 1/66''' ou 1/50'''. Comment peut-on convertir ces mesures en µm ? Merci d'éclairer ma lanterne. Gerardgiraud (discuter) 27 juillet 2022 à 09:14 (CEST)

Cherchez plus, la réponse a été trouvée par mes soins (on n'est jamais mieux servi que... etc.) mais avec l'aide érudite du scriptorium du Wiktionary. Gerardgiraud (discuter) 26 août 2022 à 16:33 (CEST)

— Cymbella (discuter chez moi). 26 août 2022 à 16:40 (CEST)

Fausses Infobox vers des Taxobox ?

Bonjour,

En faisant le tour des Fausse infobox il y a un groupe lié à la biologie avec :

• Biota
• Biota incertae sedis
• Cytota
• Prion (protéine)
• Vie non cellulaire

Je me disais que je devais pouvoir les transformer en Taxobox, mais comme ce sont des taxons à la limite du vivant ça ne s'applique pas forcément. Qu'en pensez-vous ?

Mat.duf (discuter) 4 août 2022 à 19:46 (CEST)

Bonjour @Mat.duf, alors de mon côté, c'est un NON catégorique. Pour une raison toute simple, ce ne sont pas des taxons, J'ai eu du mal à trouver une ref, mais ce sont des notions de noms communs et surtout pas de taxons car ils ne sont reconnus quasiment par personne et dans aucune branche de la biologie. Dans les sources récentes , cet ouvrage montre qu'il faut vraiment les considérer uniquement comme des appellations vagues, des noms communs sans plus et surtout pas comme taxons. Je ne suis même pas sûr qu'une infobox soit utile. De plus, lorsque je vois que ces notions (hormis prions) n'ont même pas leur équivalents dans la wikipédia anglophone ou allemande, cela confirme le peu de valeur de ces notions. D'ailleurs dans les articles, le texte est rarement lié aux sources cités en plus. Cordialement GF38storic (discuter) 4 août 2022 à 22:10 (CEST)

@GF38storic : sauf que ce que tu as construit a l'aspect d'une taxobox… Si ça n'en est pas une, ça ne doit pas ressembler à une taxobox. Et, surtout, on ne construit pas à coup de modèles à même les articles une infobox. On discute pour voir quelle infobox (ou aucune, c'est aussi possible) convient le mieux, voire on la crée (on a {{Infobox Biohomonymie}} par exemple, qui semble correspondre aux « appellations vagues, […] noms communs sans plus […] ». Hexasoft (discuter) 4 août 2022 à 23:47 (CEST)

Note au passage : wp en anglais ou en allemand on s'en tamponne. La seule question ce sont les sources, et leur adéquation avec nos critères d'admissibilité des articles et des sources. Hexasoft (discuter) 4 août 2022 à 23:49 (CEST)

Bonjour @Hexasoft, je ne vois pas où tu m'as vu construire quelque chose, je ne suis jamais intervenu sur ces articles... Pour moi, c'est mon humble avis, les articles Biota, Biota incertae sedis, cytota et acytota n'ont pas à avoir de taxobox, et même pas besoin d'infobox tout court (Prion, c'est plus compliqué). Perso, je ne me tamponne pas de ce qui est fait dans les WP:en et de car ils sont bien plus "sérieux" que dans la francophone sur ces sujets là du simple fait que les contributeurs qui y interviennent sont plus nombreux à avoir les connaissances requises.

Ici prenons l'exemple de "cytota", les anglo n'en font qu'une simple redirection vers "cell (biology) (et pour moi c'est très bien ainsi). Pareil pour "acytota" qui n'est qu'une redirection vers "Non-cellular life". Pas besoin de plus. Pour cytota (mis à part le groupe de Metal, en gros seuls des clones de wikipedia en parlent et même chose pour acytota...)

Dans WP:fr on a déjà Biote, Biota devrait être une redirection vers Biote, tout simplement. Dans l'article Biota, on y trouve mélangé des notions de classifications incompatibles entre elles, celle de Cavalier-Smith (Neomura), classification de Woese, classification de Trifonov, celle de Wagner plus l'ajout de Yamaguchi qui est quasiment le seul à avoir écrit sur son parakaryon. L'ouvrage de Margulis mis en référence ne cite ni neomura, ni cytota, ni acytota. Il n'y a que l'ouvrage (pas cité dans l'article mais qu'on pourrait éventuellement mettre) Phylonyms qui en parle réellement en mentionnant qu'il s'agit d'une notion vague, nom commun, utilisée d'abord sur un site internet puis juste dans un abstract de Wagner.

Bref revenons au principal et à la question, Taxonobox ou non? toutes ces raisons me conduisent à dire plutôt non à une taxobox et même à une infobox. Plutôt axer l'article vers la définition tout simplement pas besoin de beaucoup plus... Cordialement GF38storic (discuter) 5 août 2022 à 10:08 (CEST)

@GF38storic : heu… Désolé, c'est Caftaric qui a construit avec des blocs de base une infobox qui a le même aspect qu'une taxobox. J'ai mélangé les pseudos (sans doute l'heure et la terminaison en "ric").

Le point c'est qu'il faut supprimer ces pseudo-infobox : soit un vraie taxobox, soit une autre box, soit supprimé.

Sur l'exemple de Biota il est considéré comme un taxon par Taxonomicon, BioLib, IRMNG, WoRMS, PBDB… Est-ce qu'il a été décrit dans les règles ? Pourquoi faudrait-il le masquer si oui ? Fusionner Biote et Biota serait sans doute une bonne idée, et il y aurait des choses à ré-écrire/préciser, mais c'est loin d'être le seul taxon aux contours imprécis ! Hexasoft (discuter) 5 août 2022 à 11:25 (CEST)

No prob@Hexasoft, je me suis douté de la confusion en regardant l'historic . Moi, je suis ok bien sûr pour supprimer les pseudo-infobox (et aussi les taxobox, tu l'auras compris pour ces notions là, tant qu'il n'y a rien de réellement formel scientifiquement parlant). En ce qui concerne la microbio (et le code de nomenclature des procaryotes), c'est niet, inexistant. Pour les autres domaines (Botanique, Zoologie, etc), je ne peux pas dire mais je pense que ce n'est pas le cas (mais sans certitude, hors microbio) du fait que la publication était un ouvrage sans formulation expresse de création d'un (super)Taxon. Parmi les bases de données, seules taxonomicron et WorMs citent une source pour Biota et ils citent l'ouvrage de Margulies ou Wagner (qui n'était qu'un abstract de conférence). Problème, dans l'un des dernières éditions (si ce n'est la dernière) de Margulis, ils ne parlent que 10 fois dans tout le livre de Biota pardon de "biota" sans majuscules et sans définition... l'utilisant tout le temps comme d'un nom commun pour désigner l'ensemble des êtres vivants d'une zone mais sans l'associer au terme taxon (fossil biota, the way for other biota, Ediacaran biota, the biota of the Benthos, recently dead biota, to order the biota, refering to the biota living of the surface of rocks, of marin, of interstices...). Cordialement GF38storic (discuter) 5 août 2022 à 17:37 (CEST)

D'abord, merci pour ces réponses c'était très intéressant. De ce que je comprends mieux vaut retravailler ces articles pour appuyer que ce sont des concepts imprécis plutôt que des rangs bien cadrés d'une taxonomie.

Là-dessus si j'essaye de synthétiser, ça peut donner comme travail par article :

• Biota -> fusion avec Biote, suppression de l'infobox, précision dans la partie Classification que l'utilisation comme taxon n'est pas généralisée par rapport à la notion d'ensemble des être vivants.
• Biota incertae sedis -> supprimer l'infobox, rajouter des précisions dans la description
• Cytota -> supprimer l'infobox, retravailler l'introduction pour séparer l'idée de la Clade Cytota, et la notion de vie cellulaire, je m'avance peut-être mais ne faudrait-il pas renommer l'article en Vie cellulaire (en plus ça harmonise) ?
• Prion (protéine) -> pas sûr
• Vie non cellulaire -> supprimer l'infobox, mettre les domaines englobés par la vie non cellulaire dans le corps de l'article, rajouter une partie sur l'utilisation en tant que classification.

Qu'en pensez-vous ?

Petite note, en regardant un peu plus loin, j'ai vu que les sous-catégories de Biota incertae sedis comme Clonophycus utilisaient Biota dans leur Taxobox (là une vraie taxobox) et ici de façon assez bizarre : Isuasphaera où c'est classé en Fungi avant de revenir sur Biota. Je ne sais pas si c'est quelque chose qu'on peut vouloir laisser ou changer.
Mat.duf (discuter) 5 août 2022 à 22:33 (CEST)

Proposition au label BA : Rhinesuchidae

Le 6 août 2022, Rhinesuchidae a été proposé pour être reconnu comme « Bon article ». Vous pouvez donner votre avis sur cette proposition. Amirani1746 (discuter) 6 août 2022 à 15:19 (CEST)

Varanoidea - question aux herpétologistes

Bonjour à toutes et à tous,
Je reprends ici la discussion commencée sur la page de @FredD (ici) et qui avait pour objet l'auteur/autrice de cet infra-ordre.
Pour l'instant figure Muenster, 1834 mais en essayant de retrouver ce nom je me suis rendu compte que des sources telles que Index to Organism Names donnaient Camp, 1923. En voulant en savoir plus je suis tombé sur cet article où il n'est pas fait mention de Muenster, 1834 mais uniquement de Camp, 1923 avec pour publication originale « Classification of the lizards » (que l'on peut trouver ici mais au rang de super-famille).
Qu'en pensez-vous ? Quelqu'un a-t-il plus d'informations ? D'avance merci. Amicalement Givet (discuter) 9 août 2022 à 15:19 (CEST)

En ajoutant quelques noms du projet herpétologie j'aurais peut-être plus de chance - @Hexasoft, @NicolasMachiavel, @Salix, @Totodu74, @Goodshort et @Eveha - mais la discussion est ouverte à toutes et à tous Givet (discuter) 10 août 2022 à 08:14 (CEST)

@Givet, Varanoidea est construit comme une super-famille : donc Varanoidea Hardwicke & Gray, 1827 comme Varanidae Hardwicke & Gray, 1827. Mais si un auteur a élevé les Varanoidea a un niveau ordinal, sans changer le nom, Varanoidea doit prendre cet auteur quand il est considéré comme un infra-ordre, mais je ne vois pas qui l'a fait, si quelqu’un l'a fait... Amicalement, NicolasMachiavel (discuter) 12 août 2022 à 20:33 (CEST)

@NicolasMachiavel merci beaucoup , cela fait bien avancer la discussion car les différentes sources que j'ai regardées indiquent toutes que Varanoidea est une sous-famille (mais bien souvent en indiquant simplement Gray, 1827). Du coup je vais mettre à jour selon cette définition qui a le mérite d'être sourcée. Encore merci . Givet (discuter) 13 août 2022 à 09:41 (CEST)

Proposition au label BA : Castorocauda

Le 9 août 2022, le mammaliaforme Castorocauda a été proposée pour être reconnue comme « Bon article ». Vous pouvez donner votre avis sur cette proposition. Amirani1746 (discuter) 9 août 2022 à 17:34 (CEST)

Taxons monotypiques

Dispose-t-on de règles écrites concernant les taxons monotypiques ? si on privilégie le genre monotypique à l'espèce pour les fossiles, il semble y avoir beaucoup de flottement pour les autres.

• page wikidata ? (il y a des articles nommés par le genre qui pointent sur l'espèce)
• catégorie commons ?
• que privilégier quand on a toute une lignée monotypique : espèce, genre, le rang le plus élevé ? (ex. Nucleariida) A1AA1A (discuter) 17 août 2022 à 21:36 (CEST)

Bonjour @A1AA1A, la règle, c'est de nommer l'article au plus bas niveau taxinomique : pour un genre monotypique c'est du nom de l'espèce, sauf pour les dinosaures et assimilés nommés du nom du genre par exception. Donc pour les Nucleariida l'article devrait se nommé Nuclearia si le groupe était monotypique, mais il y aurait les Pompholyxophryidae et divers autres genres Pinaciophora, Vampyrellidium dans cet ordre... Cordialement, NicolasMachiavel (discuter) 19 août 2022 à 16:11 (CEST)

Merci NicolasMachiavel pour cette réponse. C'est finalement assez logique. Une page de conventions pourrait être utile sur le sujet mais surtout une harmonisation à l'international (pour Wikidata & Commons). Pour les genres de Nucleariida, je regarderai où en en est plus tard. --A1AA1A (discuter) 19 août 2022 à 16:36 (CEST)

Merci pour la question A1AA1A, je venais poser exactement la même pour Berlanguella scopae. Triton (discuter) 29 août 2022 à 11:33 (CEST)

Je vois que (pour ce cas) les liens wikidata fonctionnent aux deux niveaux (genre et espèce) en anglais, français, néerlandais avec en français redirection du genre vers l'espèce ; le contraire pour les 2 autres. En italien et cébuan, seule la page espèce existe. En espagnol seule la page genre existe. Moralité impossible de passer de l'espagnol à l'italien par interwiki. Bref, un gros cafouillage. Je propose que nous mettions en chantier une page guide francophone pour à terme la proposer à l'international (à vérifier s'il en existe déjà). --A1AA1A (discuter) 29 août 2022 à 14:34 (CEST)

La page pourrait s'appeler Wikipédia:Conventions relatives aux taxons monotypiques si accord. L'idée serait de privilégier le rang le plus bas, à l'exception des fossiles où on se limite au genre (si monotypique). Idem sous commons. On lie les pages de renvoi sous wikidata (au rang adéquat). --A1AA1A (discuter) 29 août 2022 à 14:59 (CEST)

Plutôt s'inspirer de Projet:Biologie/Comment trouver et traiter les noms français ou scientifiques ou Wikipédia:Prise de décision/Nommage des taxons supérieurs au genre selon le formalisme/besoin de débat qu'on souhaite ;) Triton (discuter) 29 août 2022 à 16:34 (CEST)

Je propose ce brouillon à travailler ensemble : Projet:Biologie/Conventions relatives aux taxons monotypiques. --A1AA1A (discuter) 29 août 2022 à 17:48 (CEST)

Bonjour à tous, très bien le brouillon à travailler ensemble par contre je suis très mitigé, voire réticent pour que cela soit plus que des recommandations, en tout cas pour la bactériologie. Cela fait des semaines que je corrige justement des taxons dit monotypiques. En effet, de très très nombreux articles ont été créé pour des bactéries avec des redirections car étant soi-disant monotypiques alors que dans les faits, ils ne le sont pas et parfois depuis depuis plus d'une dizaine d'année pour certains que j'ai corrigé. Et à chaque fois cela engendre des corrections dans les liens sur plusieurs articles voire même des erreurs de classifications. Deux trois exemples (pas encore corrigés, je vais le faire) :

• on a les redirections Thermotogales et Thermotogaceae qui redirigent vers Thermotogae (qui n'est même pas le taxon le plus bas... ni le plus haut). Thermotogae est considéré comme monotypique sur WP du Phylum, à la jusqu'à la famille Thermotogaceae, soit Phylum=>Classe=><Ordre=>Famille alors que 1/ le nom du phylum est devenu Thermotogota, 2/1 seule classe, OK, 3/ désormais 4 ordres depuis 2014 soit depuis 8 ans 4/ et non pas 1 seule famille, ni 4 (vu qu'il y a 4 ordres) mais 5 familles.
• Xylella redirige vers Xylella fastidiosa comme si c'était la seule espèce or il en existe 2 depuis 2016 et cela change tout car la définition/Description du genre doit être reprécisée.
• Shewanellaceae redirection vers Shewanella or désormais il y a 3 genres différents depuis 2014 !
• Et ne parlons même pas des Spirochètes qui mélange classification ICSP et de Cavalier-Smith pour en faire une taxonomie monotypique de l'embranchement (Phylum) jusqu'à l'Ordre avec des noms plus utilisés depuis longtemps voire rejetés officiellement depuis 2014. De cette lignée monotypique, on compte désormais 4 ordres (depuis 2014 !).

Par conséquent, pour un axe de recherche tel que la taxonomie bactérienne, où le nombre de nouvelles espèces est énorme chaque mois, sans compte les innombrables "candidatus" déjà existant et plus ou moins en cours de validations, la reclassification suite aux séquençages des génomes complets redistribuent aussi énormément les cartes et font disparaître de très nombreux taxons dit monotypiques. Et pendant ce temps, des pcW, en toute bonne foi, créent des articles de taxons bactériens "monotypiques" qui n'en sont pas (en se basant par exemple sur ITIS ou Catalogue of Life ce qui est catastrophique pour les bactéries) et en créant des redirections inadaptées (ce qui a pour conséquence de désorganiser involontairement WP). J'ai pu ainsi découvrir que de nombreuses espèces, y compris parmi les plus anciennes, n'étaient représentées que par une redirection alors que le genre compte plusieurs espèces. Cordialement. GF38storic (discuter) 30 août 2022 à 15:28 (CEST)

Effectivement il y a du gros boulot à faire (Merci de t'y être mis) et c'est normal qu'il y ait fréquemment du nouveau (c'est pareil pour les virus). Ça confirme bien que la monotypicité des espèces vivantes est révocable à tout instant et c'est bien ce qui justifie le regroupement sur le rang inférieur comme tu le montres pour les Thermotogae (en plus, plus on monte dans la « hiérarchie », plus on est sujet à des réaménagements de rangs). Dans le cas de Xylella, on sort des conventions et on crée la page Xylella en remplacement de la redirection. Ça arrive souvent (par ex. Thiomargarita). --A1AA1A (discuter) 30 août 2022 à 22:53 (CEST)