Discussion:Hybridation entre les humains archaïques et modernes

Proposition de fusion entre Génome de Néandertal et Hybridation entre les humains archaïques et modernes

Discussion transférée depuis Wikipédia:Pages à fusionner
Les trois quarts de l'article Génome de Néandertal sont hors sujet et traitent en fait d'hybridation entre les humains archaïques et modernes, ce qui fait doublon avec l'article du même nom.
L'article Génome de Néandertal devrait plutôt présenter les objectifs, les étapes de développement, les difficultés rencontrées, et les résultats de séquençage obtenus par l'Institut Max Planck de Leipzig sur ce projet, sans entrer dans la question des hybridations qui est un autre sujet, déjà traité dans l'article dédié.
En tout état de cause, on peut fusionner les trois quarts du premier article dans le second.

Cordialement, Keranplein (discuter) 1 juillet 2018 à 23:28 (CEST)

1.  Plutôt contre. Si je comprends les arguments présentés, je pense néanmoins qu'il vaudrait mieux avoir deux articles séparés mais, je suis d'accord, mieux distincts :
   • le premier article devrait plutôt avoir pour titre « Génome de Néandertal », voire « Génétique de Néandertal » comme on a « Génétique humaine » (mais je préfère le premier titre dans l'état actuel des connaissances), car toutes les découvertes concernant ce génome n'ont pas été acquises dans le cadre du projet. Le projet y tiendrait bien sûr une place de choix, et en revanche l'hybridation avec Homo sapiens n'y serait que résumée (avec renvoi vers l'article détaillé) ;
   • le second article serait essentiellement consacré aux observations et spéculations concernant l'hybridation, avec juste un renvoi en bonne place vers le premier article.
     Ariel (discuter) 2 juillet 2018 à 04:35 (CEST)
2. Contre idem — Les Yeux Noirs (discuter) 2 juillet 2018 à 09:07 (CEST)
3. D'accord avec le diagnostic de Keranplein, mais c'est un problème de contenu éditorial.
   Contre la fusion, car les deux sujets sont bien distincts avec uniquement une petite partie commune (l'hybridation entre Néandertal et Homo Sapiens).
   -- -- El Caro ^bla 2 juillet 2018 à 10:05 (CEST)

Oui, bien entendu je ne propose pas la fusion pure et simple des deux articles, qui ont bien un objet distinct, mais le transfert depuis le premier vers le second de tout ce qui concerne l'hybridation entre espèces, et qui représente actuellement les trois quarts du texte du premier article. Ce dernier pourra ensuite être redéveloppé en respectant mieux son propre sujet.
Cordialement, Keranplein (discuter) 2 juillet 2018 à 12:17 (CEST)

1. Contre la fusion. Je suis pour le transfert d'une partie du contenu du premier article vers le second. Comme j'ai rédigé la partie sur l'hybridation croisée, je me propose de faire le transfert de cette partie avec quelques ajustements. Je suis également pour la proposition de renommer le premier article « Génome de Néandertal ». Stefanos Stefanos (discuter) 2 juillet 2018 à 17:02 (CEST)

   Bonjour,

   Renommer le premier article Génome de Néandertal élargirait sensiblement son sujet, en y incluant potentiellement les évènements d'hybridation de Sapiens et de Denisova vers Néandertal, ainsi que les recherches génétiques sur Néandertal non liées au Max-Planck de Leipzig.

   Vous avez raison.

   Mais en ce cas, il faudrait peut-être songer à réduire le sujet de l'article Hybridation entre les humains archaïques et modernes en le renommant par exemple Hybridation du génome d'Homo sapiens par des humains archaïques, ou un titre équivalent.

   Et il resterait encore à considérer le génome et les hybridations vers Denisova : dans un article Génome de Denisova ?

   Cordialement, Keranplein (discuter) 2 juillet 2018 à 18:24 (CEST)

   À mon sens, l'idée de renommer l'article sur le « Projet génome de Néandertal » serait d'éviter, avec l'accumulation de résultats à rédiger sur le génome de Néandertal, qu'un autre contributeur ne créer l'article avec le titre « génome de Néandertal » et entre en conflit avec le premier, ce qui n'était pas forcément à redouter au départ. Pour l'article Hybridation entre les humains archaïques et modernes, comme l'a mentionné Ariel Provost, on a un article sur la génétique humaine qui semble très bien coexister pour l'instant avec celui sur l'hybridation. Le titre de l'article Hybridation entre les humains archaïques et modernes me semble correctement choisi. Quant à votre suggestion d'envisager un article sur le génome de Denisova, à mon avis, la quantité d'informations concernant les hybridations avec les Denisoviens et, a fortiori, les autres humains archaïques, Néandertal mis à part, ne le justifie pas forcément pour l'instant. Cette option devrait toutefois être envisagée plus tard advenant le cas d'un afflux important de résultats dans ces domaines. Cordialement. Stefanos Stefanos (discuter) 2 juillet 2018 à 20:21 (CEST)

    Stefanos Stefanos J'ai rajouté du texte pour Denisova. Pensez-vous qu'il manque du texte pour un nouvel article ?

   Les Yeux Noirs (discuter) 2 juillet 2018 à 20:27 (CEST)

    Les Yeux Noirs Effectivement vous avez fait un ajout substantiel. Il faudra discuter de votre question sur la page de discussion de l'article. Après avoir lu votre ajout, dans l'état actuel des choses, je verrais plus son contenu dans la section hybridation de l'article sur l'Homme de Denisova et j'attendrais encore avant de créer un article sur la génétique de l'homme de Denisova. Sinon, il faudrait alors penser mettre un renvoi dans la section que je viens de mentionner vers la section concernée de l'article Hybridation entre les humains archaïques et modernes mais nul doute que tôt ou tard - et sans doute bientôt au rythme où vont les choses - cet article devrait exister. Stefanos Stefanos (discuter) 2 juillet 2018 à 20:36 (CEST)

   Merci bien

   Clôture selon le consensus. 3 juillet 2018 à 15:59‎ Les Yeux Noirs.

Intitulé

Bonjour Ariel Provost (d · c · b),

Il serait peut-être pertinent d'envisager l'évolution de l'intitulé de cet article. En effet, les épisodes d'hybridation n'ont pas eu lieu seulement entre Homo sapiens et espèces archaïques mais aussi entre différentes espèces archaïques, par exemple entre Néandertaliens et Dénisoviens (cf. Denny (hominien hybride)), et aussi entre espèces connues et espèces encore inconnues (par exemple Denisova avec archaïque indéterminé). Il y a également le cas des hybridations entre Homo sapiens archaïques et par exemple Néandertaliens : devrait-on classer les premiers chez les archaïques ou chez les modernes ?

On pourrait donc proposer par exemple l'intitulé Hybridation entre espèces humaines.
[Hybridation entre populations humaines] ne conviendrait probablement pas car il me semble que le terme d'hybridation concerne conventionnellement ce que l'on nomme (à tort ou à raison) des espèces.

Cordialement, Keranplein (discuter) 30 janvier 2019 à 15:01 (CET)

(1) Je suis d'accord pour changer le titre, et d'accord aussi pour le titre proposé (mais voir mon point n^o 2), d'accord enfin pour ne pas parler d'hybridation entre populations. Si le titre proposé ne reçoit pas l'assentiment général, on peut se rabattre sur Hybridations au sein du genre Homo ou Hybridations entre espèces du genre Homo.

(2) Actuellement Espèce humaine redirige vers Homo sapiens. On peut changer en une redirection vers Homo ou plutôt en faire un article (très) court redirigeant vers Homo et Homo sapiens. Je dis plutôt car « l'espèce humaine » et « les espèces humaines » ont des sens différents.

Attendons d'autres avis. — Ariel (discuter) 30 janvier 2019 à 15:19 (CET)

Comme j'ai vu que Espèces humaines redirigeait aussi vers Homo sapiens, je me suis retroussé les manches (NHP) et j'ai remplacé la redirection Espèce humaine par une page d'homonymie (parce qu'il existe un livre intitulé L'Espèce humaine). Et maintenant Espèces humaines redirige vers Espèce humaine . — Ariel (discuter) 30 janvier 2019 à 16:45 (CET)

Fossiles de Riparo Mezzena (Italie)

Mandibule Mezzena https://www.nature.com/articles/srep29144

109.40.129.168 (discuter) 3 mars 2019 à 11:42 (CET)

Mezzena n'est pas un Néandertalien https://www.nature.com/articles/srep29144

— Le message qui précède, non signé, a été déposé par Hunan201p (discuter), le 12 août 2019 à 15:08‎.

Merci à tous deux pour ce signalement. J'ai jeté un coup d'œil à cet article (disponible in extenso sans abonnement) et il semble convaincant (bien étayé scientifiquement). Il faudrait revoir sérieusement la section Controverse de cet article (sans oublier les deux images montrant le site et la mandibule de Mezzena), mais aussi la section Premières études de l'article Homme de Néandertal (cf. la dernière réf du paragraphe). — Ariel (discuter) 12 août 2019 à 18:42 (CEST)

Bonjour Ariel,

J'ai l'intention de m'en occuper.

Il y a encore un gros boulot de mise à jour à prévoir sur ces deux articles (la note AdQ se périme vite).

Cordialement, Keranplein (discuter) 22 août 2019 à 15:37 (CEST)

Afrique

Bonjour Ariel Provost (d · c · b),

Quelles sont les 5 sous-populations africaines dont vous parlez ?
En effet, on distingue en Afrique, d'une part les populations nord-africaines et est-africaines, qui sont en grande partie originaires d'Eurasie, et qui ont donc amené avec elles leur part de gènes néandertaliens, aujourd'hui en quantité proche de celle trouvée chez les Eurasiens, et d'autre part les populations subsahariennes qui ont des gènes néandertaliens en quantité très faible à nulle, avec un éventail de proportions dans les zones de contact.

Il est donc important de préciser de quelles populations vous parlez, et de préciser aussi si les 0,3 % trouvés par l'étude de janvier 2020 sont éventuellement représentatifs de l'Afrique subsaharienne en général, où s'ils représentent au contraire des ilots dans un sous-continent subsaharien à 0 % (ou epsilon %) de gènes néandertaliens.

Cordialement, Keranplein (discuter) 4 février 2020 à 21:59 (CET)

Bonjour Keranplein . Bonne question. Pour y répondre il va falloir que je lise le papier de Cell in extenso (l'article de Science, qui n'est qu'un compte-rendu du précédent, parle de « sous-populations représentatives du continent »), ce que je n'ai pas fait hier. À bientôt. — Ariel (discuter) 5 février 2020 à 06:45 (CET)

P.S. As-tu accès à Cell, et sinon, veux-tu que je t'envoie le pdf de l'article ?

Dans l'article de Cell les sous-populations sont désignées par LWK, GWD, MSL, YRI et ESN, sans autre explication (!). Ces sigles doivent être familiers aux spécialistes (ça te dit quelque chose ?). — Ariel (discuter) 5 février 2020 à 09:09 (CET)

J'ai trouvé (ici) : LWK = Luhya in Webuye, Kenya, GWD = Mandika from The Gambia, MSL = Mende from Sierra Leone, YRI = Yoruba from Ibadan, Nigeria et ESN = Esan from Nigeria.

Ariel (discuter) 5 février 2020 à 09:22 (CET)

Merci Ariel Provost (d · c · b) pour ces précisions.

Il manque des échantillons d'Afrique centrale et d'Afrique australe pour que cette étude me paraisse complètement probante.

De plus, le Nord-Nigéria et le Nord-Kenya sont justement des zones de contact.

À supposer que ces 5 groupes soient réellement représentatifs du reste de l'Afrique subsaharienne, cette étude montrerait que tous les Subsahariens auraient une part d'ascendance eurasienne. Serait-elle aussi élevée que 17 % (0,3 / 1,8 = 1/6e) ? Ce point reste à élucider.

Cordialement, Keranplein (discuter) 5 février 2020 à 20:02 (CET)

Covid-19

Entendu ce matin (rediffusion de C dans l'air) une virologue expliquer qu'un gène hérité de Néandertal (sans doute conservé en raison d'un avantage sélectif [c'est moi qui l'ajoute]) augmentait les risques de complications de la Covid-19. Quelqu'un a-t-il vu passer ça dans une source admissible ? Si c'est statistiquement sérieux c'est intéressant (un peu, mais a contrario, comme l'anémie falciforme et le paludisme). — Ariel (discuter) 2 octobre 2020 à 05:58 (CEST)

J'ai vu ça sur France 24, Le Monde et Sciences et Avenir. Le Monde donne ses sources, pas lu le reste.

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3

Ypirétis (discuter) 2 octobre 2020 à 07:46 (CEST)

Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure attribuant avec réserves une surmortalité à un ou plusieurs gène associés au groupe sanguin A, prolongé par un article dans Nature qui attribue le segment correspondant à un gène néandertalien. Je n'ai pas accès à l'article de Nature, mais en l'état de laprimo-analyse, cela semble demander une confirmation pour la conclusion de Nature. (Et si ça se révèle exact, pourra-t-on parler d'avantage sélectif ;) ? ).---Pa2chant.bis (discuter) 2 octobre 2020 à 08:19 (CEST)

Merci pour ces sources, que je vais regarder ( Pa2chant.bis : si ça t'intéresse je peux t'envoyer le pdf de l'article de Nature). Quand je parlais d'avantage sélectif, c'est entre la période des hybridations et aujourd'hui (c'est probable mais pas nécessairement établi pour tous les gènes hérités) ; avec la Covid-19 ça peut devenir un désavantage, sauf que tant que les complications touchent surtout des personnes âgées la sélection darwinienne s'en fiche, et sauf aussi que cette pandémie a de bonnes chances d'être un phénomène minuscule à l'échelle de l'histoire de l'humanité. — Ariel (discuter) 2 octobre 2020 à 08:46 (CEST)

Merci pour ta proposition, il faudrait que je me crée une BAL spécifique pour Wikipédia, mais je n'ai pas franchi le pas. J'attendrai une confirmation ou une critique à l'article de Nature. (Pour l'avantage sélectif, j'avais mis un clin d'oeil.) . --Pa2chant.bis (discuter) 2 octobre 2020 à 08:54 (CEST)

Ah, pas vu le clin d'œil (pas transformé en émoticône sur mon écran). Pas encore lu l'article, mais l'abstract est alléchant. Le segment chromosomique en question est porté par 50 % des gens en Asie méridionale et par 16 % en Europe : son absence chez les Africains subsahariens pourrait être l'un des facteurs expliquant l'assez faible morbidité de la Covid en Afrique (hypothèse perso, pas vu si l'article l'évoque). — Ariel (discuter) 2 octobre 2020 à 09:44 (CEST)

L'article de Nature parle en effet de l'Afrique (sans dire, à ce que j'en comprends, que le continent est "protégé" pour autant) ; voir ça aussi, de l'OMS sur l'Afrique, si ça intéresse quelqu'un : https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/332705/SITREP_COVID-19_WHOAFRO_20200624-eng.pdf Ypirétis (discuter) 2 octobre 2020 à 09:56 (CEST)

 Pa2chant.bis : j'ai l’impression d'avoir eu accès au pdf (preprint) sans m'être identifié : https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3_reference.pdf — Ariel (discuter) 2 octobre 2020 à 14:02 (CEST)

Merci. Je ne comprends pas leur cheminement intellectuel Nature s'appuie donc sur ça pour dire que «  Recently, a new dataset was released from the COVID-19 Host Genetics Initiative where the region on chromosome 3 is the only region significantly associated with severe COVID-19 at the genome-wide level » ? Dans la source en question, pas de mention de ce dataset, ni de ce chromosome. Entre le 20 juin et e 20 juillet (date de leur pré-print) je ne trouve qu'une étude faisant mention du chromosome 3, et il porte sur la souris. De plus, ils mentionnent sous le fameux jeu de données « Data modified from the COVID-19 Host Genetics Initiative2 » . Pour le moment, cela me parait léger, à moins que j'ai manqué un bout de l'histoire. --Pa2chant.bis (discuter) 2 octobre 2020 à 15:50 (CEST)

La réf n^o 2 de l'article dans Nature ne donne effectivement qu'une description du COVID-19 Host Genetic Initiative, le fil d'Ariane vers les données analysées par les auteurs de l'article est indiqué en page 5 (section Data availability), les (nombreux) fichiers de données sont notamment téléchargeables à partir de l'adresse https://www.covid19hg.org/results/ (bon courage !).

Sinon, j'ai lu l'article et sa démonstration (de l'emprunt à Néandertal et pas à Dénisova ni à l'ancêtre commun Sapiens/Néandertal) m'a semblé convaincante. Les métadonnées établissant la forte corrélation entre le risque d'hospitalisation (multiplié par 1,6, à autres facteurs de morbidité égaux) et la séquence héritée (49 400 bases, tout de même !) sont disponibles à la même adresse que ci-dessus. — Ariel (discuter) 2 octobre 2020 à 19:18 (CEST)

Sinon, concernant l'Afrique, L'Obs a franchi le pas : Covid-19 : la faible mortalité en Afrique pourrait s’expliquer par… l’homme de Néandertal --Ypirétis (discuter) 3 octobre 2020 à 12:05 (CEST)

Bonjour,

La faible mortalité en Afrique pourrait aussi s'expliquer par la non-fiabilité des chiffres officiels, au moins en partie.

Quand on regarde les chiffres publiés par l'Afrique du Sud, on se dit qu'il doit y avoir un bug dans le reste de l'Afrique subsaharienne. À moins que les seules communautés significativement touchées en Afrique du Sud soient les Européens et les Indiens. L'Afrique du Sud serait d'ailleurs un bon moyen de tirer cette affaire au clair, si on avait dans ce pays des chiffres éclatés par communauté.

Dans de très nombreux pays de la planète, les chiffres officiels sous-estiment la mortalité réelle, et on n'aura des estimations crédibles pour l'année 2020 dans toute une série de pays qu'à partir du courant de l'année 2021.

Cordialement, Keranplein (discuter) 3 octobre 2020 à 14:24 (CEST)

Bien sûr, il n'est pas question de surinterpréter l'effet de cette séquence chromosomique. Il est intéressant de voir qu'il est significatif (au Royaume-Uni, doublement du risque d'hospitalisation dans la population d'origine bangladeshi — dont 60 % portent la fameuse séquence, dont 10 % d'homozygotes pour ladite séquence — sans grandes différences pour les autres facteurs), mais pour l'Afrique on est très loin de savoir pondérer l'impact des différents facteurs (outre ceux que tu as rappelés, l'âge moyen et la distance sociale entre la majeure partie de la population et les malades — genre distance en poignées de main, je crois que ça a un nom mais je ne sais plus, par exemple je suis à une poignée de mains de distance de Mao Zedong et autres personnalités donc à quelques unes d'un nombre incroyable de gens, ce n'est pas le cas du paysan malien moyen). Tiens, je remarque que l'article Pandémie de Covid-19 en Afrique ne dit rien de général (c'est bien d'être prudent, mais l’absence de contenu à part les stats m'étonne). — Ariel (discuter) 3 octobre 2020 à 15:12 (CEST)

Étude du petit monde ? Sinon, oui, L'Obs va un peu vite en besogne concernant l'Afrique ! Ypirétis (discuter) 3 octobre 2020 à 15:51 (CEST)

Tiens, je n'avais que parcouru brièvement notre article sur l'étude du petit monde et je n'avais pas remarqué (alors que ça crève les yeux) qu'il parle (ici) de l'expérience de Milgram, qui n'a strictement rien à voir avec le sujet de l'article : il me semble qu'il faut supprimer les deux premiers paragraphes de la section (peut-être les remplacer par une parenthèse rappelant que Milgram est surtout connu pour ça ?) ; d'accord ? — Ariel (discuter) 3 octobre 2020 à 16:31 (CEST)

Chai pas trop... Six degrés de séparation dit qu'il s'agit d'une théorie de 1929 reprise par Milgram en 1967. Je vous fais confiance. Et si, par ailleurs, quelqu'un veut faire faire quelque chose de potable concernant l'Afrique et le/a Covid, il a toute ma sympathie. Ypirétis (discuter) 3 octobre 2020 à 16:40 (CEST)

Ce n'est pas le problème, je ne conteste aucunement les travaux de Milgram sur la question, mais ce qu'on appelle « l'expérience de Milgram » est une expérience de psychologie sociale qui n'a rien à voir avec les expériences de Milgram sur le petit monde, qu'il convient naturellement de garder dans l'article. — Ariel (discuter) 3 octobre 2020 à 18:25 (CEST)

« Ce n'est pas le problème » : j'ai jamais dit qu'il y avait un problème, m'engueulez pas ! Je n'ai jamais dit que vous contestiez quoi que ce soit non plus ! Je vous fait confiance ai-je dit... Vous avez un problème avec moi ? --Ypirétis (discuter) 3 octobre 2020 à 23:12 (CEST)

Bon, j'ai enlevé le § inadéquat dans Étude du petit monde (je n'avais lu l'article qu'en travers). Si vous préférez qu'on n'interagisse plus, dites-le moi nettement, ça sera plus simple... --Ypirétis (discuter) 3 octobre 2020 à 23:26 (CEST)

Bonjour Ypirétis . Je tombe des nues, je n'imaginais pas que mes propos pussent être pris en mauvaise part. Je suis désolé. Non, je n'ai aucun problème avec vous, bien au contraire j'apprécie régulièrement vos interventions dans l'espace encyclopédique comme dans les discussions. On se rencontre souvent, sûrement parce que nous avons divers domaines d'intérêt en commun. Très amicalement, Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 08:00 (CEST)

Bonjour, OK, désolé à mon tour, je dois être exagérément susceptible... Ypirétis (discuter) 4 octobre 2020 à 08:56 (CEST)

Lluis Quintana-Murci annonce qu'il va vérifier les conclusions de Svante Pääbo sur le lien entre Covid-19 et gènes néandertaliens.

On aura probablement une confirmation (ou une contestation) dans quelques mois au plus tard. Il suffit d'être patient.

Cordialement, Keranplein (discuter) 3 octobre 2020 à 23:38 (CEST)

PS : Pourquoi les Bengalis ont-ils le gène incriminé bien plus fréquemment que les Européens ? Quelle est l'explication fournie, s'il y en a une ?

Au passage, les chiffres officiels du Covid-19 donnés par le Bangla Desh sont remarquablement bas, ce qui laisse songeur...

Aux Etats-Unis, les Noirs et minorités sont 4 fois plus victimes (fatales) de la Covid-19 que les Blancs (voir cette critique de en:John Hawks [1]). Et à partir d'une étude sur la corrélation et d'une pré-étude sur un lien avec Neandertal, la presse saute à pieds joints dans les interprétations de causalité abusives.--Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 05:08 (CEST)

@Ariel Provost J'ai trouvé. En fait ce sont des données déjà intégrées en bonne partie dans la première étude puis enrichies par les intervenants du projet (dont cette étude sur la Covid-19) et retraitées. (cf en:John Hawks [2]. Qui ne relève pas au passage le faible échantillon côté Néandertalien.) Coté biais de confirmation, c'est pas mal. L'argumentaire ne m'a pas convaincu avec ses raisonnement circulaires […] Assuming […] a split between Neandertals and modernhumans of 550,000 years (Prüfer et al. 2014), and interbreeding between the two groups ~50,000 years ago, […] we exclude that theNeandertal-like haplotype derives from the common ancestor (p = 0.0009). It thus entered the modern human population from Neandertals. Its close relationship to the Croatian Vindija 33.19 Neandertal is compatible with that this Neandertal has been shown to be closer to the majority of the Neandertals who contributed DNA to present-day people than the other two Neandertals (Mafessoniet al. 2020). A Neandertal DNA haplotype present in the genomes of people living today is expected to be more similar to a Neandertal genome than to other haplotypes in the current human population.. L'étude est toujours en cours de revue par les pairs, comme le signale Nature en incipit. L'étude de base sur la corrélation entre présence de cet haplotype et Covid-19 traite de la gravité des atteintes (USI contre oxygénation simple). Une formulation plus prudente que :

« Une étude indique que cette séquence a été acquise par contact récent avec des Néandertaliens »

m'aurait semblé préférable, par exemple :

« Une pré-étude estime que cette séquence aurait été acquise par contact récent avec des Néandertaliens. »

Cette discussion m'a donné l'occasion de découvrir cet article, et je suis surprise par son contenu (je suis novice sur la question, en dehors de notions polémiques que j'ai pu découvrir à droite et à gauche). Mais je suis étonnée que cette théorie soit annoncée comme prouvée, car les hypothèses présentées sont assez torturées, tout comme certaines sources à l'appui. Je me permets de faire une ou deux corrections de base, et ouvre une autre section pour un point qui m'échappe. --Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 05:08 (CEST)

« L'étude est toujours en cours de revue par les pairs, comme le signale Nature en incipit. » : non, il est écrit « This is a PDF file of a peer-reviewed paper that has been accepted for publication. », c'est-à-dire que la revue est faite, et le papier complètement accepté. La mis en garde de Nature concerne d'éventuelles corrections d'erreurs éditoriales (coquilles, etc.), la version finale étant soumise aux auteurs pour vérification. Remarque : depuis que l'on soumet les articles sous forme de fichier Word ou pdf directement utilisable par l'imprimeur (à part quelques modifs de mise en page, automatiques), il n'y a plus beaucoup d'erreurs de ce type, juste quelques coquilles ou lapsus ayant échappé aux auteurs comme aux reviewers, et repérées in extremis. — Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 08:40 (CEST)

Je me fiais à ce qui était indiqué sur l'article, je n'avais pas ouvert le PDF. (This is an unedited manuscript that has been accepted for publication. Nature Research are providing this early version of the manuscript as a service to our authors and readers. The manuscript will undergo copyediting, typesetting and a proof review before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers apply..). Du coup, je retire la mention de la pré-étude si personne n'a rectifié avant moi. --Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 09:20 (CEST)

C'était moins clair mais avec le même sens : « an unedited manuscript that has been accepted for publication » signifie bien que l'article a été accepté définitivement. Croyez-en ma longue expérience : tant que le tapuscrit (autrefois le manuscrit) n'a pas été accepté dans sa forme définitive la revue ne dit jamais que l'article est accepté (et, a fortiori, ne le rend pas public), même quand les relecteurs ne parlent dans leurs rapports que du besoin de modifications mineures. Quant au « unedited », voir ci-dessus. — Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 10:47 (CEST)

Bien. J'ai donc fait une erreur de compréhension sur proof review qui est à comprendre comme "relecture de 'épreuve". Sur ce détail, j'avais déjà corrigé dans l'article. Le vouvoiement soudain est-il dû à cette erreur ou à d'autres éléments, telle que ma demande ci-dessous ? . --Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 11:13 (CEST)

Mes excuses pour le vouvoiement (a priori je tutoie toujours), mais c'est que je venais de répondre (un peu plus haut) à Ypirétis qui m'avait vouvoyé (quand on me vouvoie je fais de même). Quant à l'erreur dont tu parles, elle est tout à fait naturelle, le processus de soumission d'un article est complexe et codifié, les mots y prennent un sens précis mais pas nécessairement clair. Notamment, quand un article me revient avec la demande de modifications mineures je suis super-content et je considère l'article comme accepté, mais l'éditeur de la revue se ferait plutôt brûler la plante des pieds que de le dire voire de le sous-entendre (on reçoit plutôt un mail du du genre « Merci de renvoyer une version corrigée de votre manuscrit dans un délai de deux semaines, accompagné d'une lettre dans laquelle vous expliquerez comment vous avez tenu compte des remarques des reviewers. »). — Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 21:53 (CEST)

Formulation RI

« L'ADN néandertalien représente entre 1,5 et 2,1 % du génome des Eurasiens. » Cette formulation peut laisser comprendre qu'il n'y aurait qu'1 à 2 % de génome commun. (Cf. aussi la contradiction avec une interprétation dans Génome de Néandertal). Je crois comprendre, sans certitude, que 1 à 2 % des haplotypes variants eurasiens a été retrouvée chez Néandertal ? --Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 05:08 (CEST)

Les Eurasiens hébergent (chacun) entre 1,5 et 2,1 % d'ADN néandertalien, mais ils n'hébergent pas tous les mêmes séquences néandertaliennes. Au total, c'est un beaucoup plus grand pourcentage de l'ADN néandertalien (je ne sais plus lequel, ça doit être écrit quelque part dans nos articles mais je n'ai pas le temps de chercher tout de suite) qui se retrouve (ici et là) dans l'ADN sapiens. — Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 11:07 (CEST)

« chacun de nous ne possède que 1 à 3 % d'ADN d'origine néandertalienne, en cumulant ces petits pourcentages sauvegardés chez les uns et les autres, on arrive à reconstituer près de 40 % du génome néandertalien ! » Science et Vie 2018 Ypirétis (discuter) 4 octobre 2020 à 11:14 (CEST)

Ma proposition de reformulation portait sur un autre point, puisque la part commune de génome entre humains et néandertaliens serait de 99,5 %. La subtilité qu'on parle en fait d'allèles spécifiques qu'on a retrouvé chez quelques échantillons de Neandertaliens et à qui on en attribue l'origine (si j'ai tout suivi) n'apparait pas à la lecture, cf encore le contresens fait sur la page Génome de Néandertal. --Pa2chant.bis (discuter) 4 octobre 2020 à 11:29 (CEST)

Bonjour,

Il faut faire attention que tous les pourcentages trouvés ici ou là ne sont pas calculés sur les mêmes bases et ne sont donc pas comparables.

Le mieux serait de présenter cette question de façon globale dans un chapitre à insérer dans l'article idoine de WP, afin que tous les autres articles concernés puissent s'y référer en lien interne sans avoir à tout réexpliquer à chaque fois.

Cordialement, Keranplein (discuter) 4 octobre 2020 à 11:54 (CEST)

D'accord avec Keranplein, il faudrait une section dédiée à ça dans l'un de nos articles sur l'évolution, ce qui permettrait d'insérer une note (y renvoyant) à chaque fois qu'on parle de pourcentage d'ADN commun entre nous (par exemple), Néandertal, le Chimpanzé, la Souris ou le Blé. J'ai lu (et cru comprendre) ça quelque part, mais je me rends compte que je ne sais plus bien. Déjà, quand on compare les ADN, prend-on en compte les zones qui ne ne sont pas des gènes ? Je pense que non. Tient-on compte des répétitions ? Je pense que non. Quand on compare notre ADN à celui du Blé, on comptabilise les gènes comme communs quand ils sont homologues, pas identiques, alors que quand on le compare à celui du Chimpanzé on est plus exigeant sur la ressemblance des gènes, non ? Ce que je viens de dire (dont je ne suis pas tout à fait sûr, on me corrigera) est sûrement incomplet, la section susdite manque cruellement (ou est trop discrète, car je ne connais pas assez bien nos articles pour affirmer qu'elle n'existe pas). — Ariel (discuter) 4 octobre 2020 à 21:39 (CEST)

L'article idoine me parait être :

• Distance génétique (génétique des populations)

Le problème est que la question est mathématiquement complexe. Dans un premier temps, on pourrait se contenter de présenter les concepts, afin d'éviter de noyer le lecteur avec des formules absconses.

Cordialement, Keranplein (discuter) 4 octobre 2020 à 23:28 (CEST)

En creusant un peu et sous réserve de mauvaise compréhension, c'est plutôt l'article Paléogénétique qui serait à compléter (il est quasiment vide). Ici (« L'ADN néandertalien représente entre 1,5 et 2,1 % du génome des Eurasiens »), on ne cherche pas à évaluer la distance, mais au contraire à traquer certaines ressemblances entres variantes génétiques humaines via les SNP et ADN connus des Néandertaliens. L'autre article complémentaire auquel il faudrait renvoyer serait donc Étude d'association pangénomique (GWAS). Cet article précise que c'est la totalité du génome qui est étudié, ce qui est cohérent avec le fait que certaines maladies sont favorisées ou corrélées avec des variantes présentes ailleurs que sur les gènes codants.

Pour lever l'ambiguïté sur la phrase du RI, on pourrait s'inspirer de la phrase « Les données suggèrent qu'entre 1 et 4% des génomes des personnes en Eurasie sont dérivés de Néandertal. » présentes dans cette source A Draft Sequence of the Neandertal Genome. (le taux important moins que le concept utilisé, le chiffre pouvant être actualisé par des sources plus récentes). Qu'en pensez-vous ? --Pa2chant.bis (discuter) 5 octobre 2020 à 11:13 (CEST)

Bonjour,

« Ma proposition de reformulation portait sur un autre point, puisque la part commune de génome entre humains et néandertaliens serait de 99,5 %. »

On est en train de mélanger plusieurs sujets différents. Mon intervention sur la distance génétique se voulait une réponse à cette partie de votre message.

Les questions d'hybridation entre espèces et d'héritage génétique sont un autre sujet. Les études de corrélation entre variants génétiques et expressions phénotypiques ou immunitaires sont un troisième sujet, différent des deux précédents. Il faudrait ouvrir un fil distinct pour chacun de ces sujets si on veut tous les traiter.

Je ne suis pas d'accord avec votre proposition de reformulation ci-dessus. Le RI actuel de l'article Hybridation entre les humains archaïques et modernes est à peu près correct. S'il ne parait pas suffisamment clair, on peut apporter toutes les explications nécessaires dans le corps de l'article, car un RI doit toujours rester concis et ne doit pas rentrer dans les détails.

Cordialement, Keranplein (discuter) 5 octobre 2020 à 13:29 (CEST)

Justement, l'ambiguité provient du fait que la formulation actuelle semble mélanger deux sujets différents. Mon intervention initiale précisait "Cette formulation peut laisser comprendre qu'il n'y aurait qu'1 à 2 % de génome commun." Je ne vous propose pas d'entrer dans les détails ni de rallonger le RI, mais d'inverser les termes de la phrase et de la remplacer par « Les données suggèrent qu'entre 1 et 4% des génomes des personnes en Eurasie sont dérivés de Néandertal. » ou quelque chose d'approchant. (ou 1,5 et 2,1 % si vous estimez que ce sont les chiffres les plus à jour). --Pa2chant.bis (discuter) 5 octobre 2020 à 13:43 (CEST)

Votre proposition de reformulation n'est pas plus précise que la formulation actuelle tout en étant de mon point de vue moins bonne.

Par ailleurs, vous avez bien fait de préciser que l'hypothèse émise en 2005-2006 sur la microcéphaline avait été récemment réfutée. Je pense qu'on peut aller plus loin en supprimant carrément tout le paragraphe, car un article ne doit pas devenir une collection de théories réfutées.

L'historique, en début d'article, est là pour rappeler les principales théories obsolètes qui ont été proposées dans le passé mais ne saurait être exhaustif en la matière, sauf à devenir plus long que tout le reste de l'article.

Cordialement, Keranplein (discuter) 5 octobre 2020 à 14:17 (CEST)

Oui, c'est une thèse raciste qui a été réfutée il y a plus de 8 ans, et que j'ai trouvé sur plusieurs pages de WP. Il peut être suffisant qu'elle soit présente sur l'article principal. La formulation que j'ai proposée me semblait plus claire, et moins de nature à induire en erreur, mais maintenant que j'ai compris de quoi on parlait (merci à vous trois), je ne vais pas insister non plus, mieux vaut que j'aille travailler sur d'autres articles pour réinvestir ces toutes fraiches connaissances. -- Pa2chant.bis (discuter) 5 octobre 2020 à 16:25 (CEST)

Quelques incertitudes concernant l'ADN de Néandertal en Afrique subsaharienne

Les méthodes de la nouvelle étude sont nouvelles et peut-être quelque peu controversées. Apparemment, certains scientifiques, comme David Reich, contestent l'idée qu'il existe une ascendance néandertalienne chez les Africains subsahariens. De l'article ici: https://www.nytimes.com/2020/01/31/science/neanderthal-dna-africa.html

"But while evidence has been building that modern humans left Africa in waves, and that those migrations began much earlier than once thought, some scientists disputed the evidence that people of African descent may be carrying Neanderthal genes.

David Reich, a geneticist at Harvard Medical School, praised much of the study but said he had doubts about how extensive the flow of DNA back to Africa could have been. “It looks like this is a really weak signal,” he said of the data."

Et ce qui précède en français:

«Mais alors que des preuves ont été construites que les humains modernes ont quitté l'Afrique par vagues et que ces migrations ont commencé beaucoup plus tôt qu'on ne le pensait, certains scientifiques ont contesté les preuves que les personnes d'origine africaine pourraient être porteuses de gènes de Néandertal.

David Reich, un généticien à la Harvard Medical School, a salué une grande partie de l'étude, mais a déclaré qu'il doutait de l'ampleur du flux d'ADN vers l'Afrique. «On dirait que c'est un signal vraiment faible», a-t-il dit à propos des données."

J'ai ajouté une breve mention à ce sujet à l'article. Skllagyook (discuter) 12 janvier 2021 à 04:39 (CET)