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Liste d'espèces dont le génome est séquencé

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La liste ci-dessous, non exhaustive, présente des espèces dont le génome a été complètement séquencé à la date du .

Projets de séquençage globaux, voire de tout le Vivant dans le monde modifier

Après que ce travail ait été fait (en 30 ans environ) chez l'Homme, il existe plusieurs projets visant à séquencer le génome d'un grand nombre d'espèces de quelques groupes taxonomiques[1] :

  • le projet Genoma 10K veut séquencer 10 000 génomes de vertébrés (environ pour chaque genre)[1] ;
  • le projet I5K souhaite déchiffrer le génome de 5000 arthropodes[1] ;
  • le projet B10K voudrait déchiffrer les génomes de chacune des environ 10 500 espèces d'oiseaux[1].

Et un autre projet, bien plus ambitieux encore (« Earth BioGenome Project » ou EBP, préparé depuis 2015 et présenté au BioGenomics2017 lors d'une réunion organisée par l'Initiative du Smithsonian sur la génomique de la biodiversité), vise à séquencer l'ensemble des espèces connues de la planète[1]. Selon ses auteurs cela coûterait plusieurs milliards de dollars, mais pas plus que la somme dépensée pour financer l'ensemble des démarches effectuées pour séquencer le génome humain[1]. L'EBP pourrait inclure les projets cités plus haut, mais plusieurs défis sont à relever : outre que le budget d'un tel projet serait sans doute plus difficile à réunir que celui qui a été nécessaire pour étudier le génome humain, il faudrait aussi trouver de l'ADN de qualité pour chaque échantillon à analyser, et l'associer à des métadonnées que les musées ne possèdent pas toujours (lieu exact du prélèvement, description fine de l'organisme, etc.)[1]. Des normes d'échantillonnage seraient à mettre en place avant l'opération.
Le Global Genome Biodiversity Network pourrait fournir à partir du réseau des muséums et banques biologiques une partie de l'ADN nécessaire, mais dans bien des cas il faudrait retourner dans la nature retrouver des spécimens vivants et en rapporter des biopsies ou sources d'ADN convenablement préparées pour ne pas contaminer les échantillons[1]. C'est un travail qui pourrait être plus couteux que les analyses génétique elles-mêmes[1]. Harris Lewin (spécialiste en génomique évolutionniste de l'Université de Californie estime qu'une première étape vers cet objectif audacieux serait l'analyse génomique précise d'un membre de chaque famille d'eucaryote (environ 9000 en tout comprenant des plantes, des animaux et des organismes unicellulaires). Ensuite un séquençage moins précis pourrait concerner une espèce choisie dans chacun des 150 000 à 200 000 genres, et enfin porter via un séquençage à basse résolution sur une partie du génome des 1,5 million d'espèces eucaryotes connues restant (avec possibilité d'affiner le séquençage pour des espèces d'intérêt particulier).
Selon ses auteurs un parallèle peut être fait entre ce projet d'EBP et le Human Genome Project qui il y a trois décennies était tout aussi ambitieux, controversé et, à l'époque « techniquement impossible », mais qui a néanmoins abouti et qui est devenu la base d'une industrie valant aujourd'hui environ 20 milliards de dollars.

Eubacteria modifier

Article détaillé : Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé.

Epsilonproteobacteria modifier

Deltaproteobacteria modifier

Alphaproteobacteria modifier

Betaproteobacteria modifier

Archaea modifier

Article détaillé : Liste d'espèces archéennes dont le génome est séquencé.

Eukaryota modifier

Voir la catégorie : Espèce eucaryote dont le génome est séquencé.

Plantes modifier

Quelques éléments de la Liste d'espèces de plantes dont le génome est séquencé:

Champignon modifier

Insectes modifier

Coleoptera

Diptera

Culicidae

Psychodidae

Drosophilidae

Syrphidae

Phoridae

Hemiptera

Hymenoptera

Formicidae

  • Acromyrmex echinatior fourmis (2011)[24]
  • Atta cephalotes, fourmis (2011)[25]
  • Atta colombica, fourmis (2012)
  • Camponotus floridanus, fourmis (2010)[26]
  • Cardiocondyla obscurior, fourmis (2012)
  • Cyphomyrmex costatus, fourmis (2011)
  • Formica selysi, fourmis (2012)
  • Harpegnathos saltator, fourmis (2010)[26]
  • Lasius flavus, fourmis (2019)
  • Lasius niger, fourmis (2019)
  • Linepithema humile, fourmis (2011)[27]
  • Monomorium pharaonis, fourmis
  • Myrmecia crosslandi, fourmis
  • Myrmecia pilosula, fourmis
  • Mystrium rogeri, fourmis
  • Odontomachus hastatus, fourmis
  • Paraponera clavata, fourmis
  • Paratrachymyrmex cornetzi, fourmis (2015)
  • Pogonomyrmex barbatus, fourmis (2011)
  • Pogonomyrmex colei, fourmis (2015)
  • Pseudomyrmex gracilis, fourmis
  • Solenopsis invicta, fourmis (2011)[28],[29]
  • Tetramorium caespitum, fourmis (2015)
  • Trachymyrmex septentrionalis, fourmis
  • Vollenhovia emeryi, fourmis (2015)
  • Vollenhovia nipponica, fourmis (2015)

Apidae

Pteromalidae

Lepidoptera

Bombycidae

Nymphalidae

Plutellidae

Phthiraptera

Pediculidae

Pediculus humanus, pou (2010)[35]

Autres Invertébrés modifier

Vertébrés modifier

Poissons modifier

Reptiles modifier

 
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Batraciens modifier

Oiseaux modifier

Mammifères modifier

Notes et références modifier

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Voir aussi modifier

Bibliographie modifier

Articles connexes modifier

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