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Liste d'espèces archéennes dont le génome est séquencé

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Cet article présente une liste (qui peut ne pas être à jour) d'espèces d'Archées dont le génome a été séquencé.

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Espèces archéennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Nombre de paires de bases Nombre de gènes Base de données de dépôt Numéro d'entrée
Aeropyrum pernix[1] K1 1,669,695 2,694 EMBL/GenBank/DDBJ AP000058-AP000064
Archaeoglobus fulgidus[2] DSM4304 2,178,400 2,436 GenBank AE000782
Haloarcula marismortui[3] ATCC43049 (total) 4,274,642 (total) 4242 (total) GenBank AY596290–AY596298[4]
Chromosome I 3,131,724 AY596298
Chromosome II 288,050 AY5962907
réplicon pNG700 410,554 AY596296
réplicon pNG600 155,300 AY596295
réplicon pNG500 155,300 AY596294
réplicon pNG400 155,300 AY596293
réplicon pNG300 155,300 AY596292
réplicon pNG200 33,452 AY596291
réplicon pNG100 33,303 AY596290
Halobacterium species[5] NRC-1 (chromosome) 2,014,239 2,111 GenBank AE004437
NRC-1
(réplicon pNRC100) 		191,346 197 AF016485
NRC-1
(réplicon pNRC200) 		365,425 374 AE004438
Methanobacterium thermoautotrophicum[6] delta-H 1,751,377 1,855 GenBank AE000666
Methanocaldococcus jannaschii[7] DSM2661 (1 chromosome circulaire + 1 grand ECE circulaire + 1 petit ECE circulaire) 1,664,976+58,407+16,550 1,738=1682+44+12 Genome Sequence Database[réf. nécessaire] L77117, L77118, L77119
Methanococcoides burtonii[8] DSM 6242 2,575,032 2,273 GenBank (autres ?) CP000300
Methanococcus maripaludis[9] S2 1,661,137 1,722 EMBL/GenBank/DDBJ/ORNL[10] BX950229
Methanopyrus kandleri[11] AV19 1,694,969 1,692 GenBank AE009439
Methanosarcina acetivorans[12] C2A 5,751,492 4,524 GenBank AE010299
Methanosarcina barkeri[13] Fusaro
(Chromosome) 		4,837,408 3,680 GenBank/JGI IMG[14] GenBank:NC_007355
JGI:623520000
Fusaro
(Plasmide) 		36,358 18 GenBank:NC_007349
JGI: 623520000
Methanosarcina mazei[15] Goe1 4,096,345 3,371 ERGO[16]/GenBank/G2L[17] GenBank: AE008384
Methanosphaera stadtmanae[18] DSM3091 1,767,403 1,534 EMBL/GenBank/DDBJ CP000102
Methanospirillum hungatei[19]


(pas de publication)

JF-1 3,544,738 3,304 GenBank NC_007796
Nanoarchaeum equitans[20] Kin4M 490,885 552 EMBL/GenBank/DDBJ AACL01000000
Natronomonas pharaonis[21] DSM 2160
(chromosome) 		2,595,221 2,675 EMBL CR936257
DSM 2160
(réplicon PL131) 		130,989 132 CR936258
DSM 2160
(réplicon PL23) 		23,486 36 CR936259
Picrophilus torridus[22] DSM9790 1,545,900 1,535 GenBank AE017261
Pyrobaculum aerophilum[23] IM2 2,222,430 2,587 GenBank AE009441
Pyrococcus abyssi[24]


(pas de publication)

GE5 1,765,118 1,788[25] EMBL AL096836
Pyrococcus furiosus[26] DSM3638 1,908,256[27] 2228[27] GenBank AE009950[27]
Pyrococcus horikoshii[28] OT3 1,738,505 2,061 EMBL/GenBank/DDBJ AP000001-AP000007
Sulfolobus acidocaldarius[29] DSM639 2,225,959 2,292 EMBL/GenBank/Sulfolobus database[30] GenBank/EMBL:CP000077
Sulfolobus solfataricus[31] P2 2,992,245 2,995 EMBL/GenBank AE006641
Sulfolobus tokodaii[32] 7 2,694,756 2,826 EMBL/GenBank/DDBJ AP000981–AP000990
Thermococcus kodakaraensis[33] KOD1 2,088,737 2,306 EMBL/GenBank/DDBJ AP006878
Thermoplasma acidophilum[34] DSM1728 1,564,905 1,509 EMBL AL139299
Thermoplasma volcanium[35] GSS1 1,584,799 5,321 (mais voir discussion dans l'article source) GenBank AP000991–AP000996

Notes et références modifier

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « List of sequenced archaeal genomes » (voir la liste des auteurs).
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  32. ↑ (en) Kawarabayasi Y, Hino Y, Horikawa H, et al., « Complete genome sequence of an aerobic thermoacidophilic crenarchaeon, Sulfolobus tokodaii strain7 », DNA Res., vol. 8, no 4,‎ , p. 123–40 (PMID 11572479, DOI 10.1093/dnares/8.4.123, lire en ligne)
  33. ↑ (en) Toshiaki Fukui, Haruyuki Atomi, Tamotsu Kanai, Rie Matsumi, Shinsuke Fujiwara et Tadayuki Imanaka, « Complete genome sequence of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1 and comparison with Pyrococcus genomes », Genome Research, vol. 15, no 3,‎ , p. 352-363 (ISSN 1088-9051, DOI 10.1101/gr.3003105, lire en ligne)
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  35. ↑ (en) Kawashima T, Amano N, Koike H, et al., « Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasma volcanium », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 97, no 26,‎ , p. 14257–62 (PMID 11121031, PMCID 18905, DOI 10.1073/pnas.97.26.14257, lire en ligne)

Annexes modifier

 
Il existe une catégorie consacrée à ce sujet : Espèce archéenne dont le génome est séquencé.

Articles connexes modifier

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