Dès 2020, Jan Christen domine les catégories de jeune dans son pays. En 2021, pour sa première année en tant que juniors (17/18 ans), il gagne une étape du Tour du Valromey[1] et remporte quatre championnats de Suisse : le contre-la-montre sur route, l'omnium sur piste, le VTT cross-country et le cyclo-cross. Au cours de la saison 2022, il défend avec succès ses titres sur route, en VTT et en cyclo-cross. Sur le plan international, il devient champion du monde de cyclo-cross juniors en janvier, à l'issue d'un sprint à trois à Fayetteville (États-Unis)[2]. Sur route, il remporte à domicile le Tour du Pays de Vaud, une manche de la Coupe des Nations Juniors et devient en solitaire champion d'Europe sur route juniors en juillet[3],[4]. En août, il décroche une médaille d'argent aux mondiaux de cross-country juniors, sa troisième médaille sur des championnats internationaux.
En raison de ses succès dans les différentes disciplines cyclistes, il est alors considéré comme un talent prometteur et est comparé à Tom Pidcock. Il souhaite se concentrer sur une carrière sur route, tout en restant actif sur le cyclo-cross et le VTT le plus longtemps possible[5]. En mai 2022, alors qu'il n'a pas encore 18 ans et court toujours chez les juniors, il signe un contrat de cinq ans avec l'équipe World Tour UAE Team Emirates[6]. Cependant, il rejoint dans un premier temps, lors de la saison 2023, l'équipe continentale américaine Hagens Berman Axeon pour acquérir de l'expérience et pouvoir courir des courses du calendrier des espoirs (moins de 23 ans), notamment le Tour de l'Avenir qu'il souhaite gagner[7]. Dès sa première course, il se classe deuxième du Trofej Umag-Umag Trophy, une course de l'UCI Europe Tour où il est devancé par Adam Ťoupalík[8]. Le 15 avril, il arrive pour la gagne sur Liège-Bastogne-Liège espoirs, où il prend la huitième place. En mai, il gagne en solitaire la 7e étape du Tour d'Italie espoirs. Le 1er août 2023, il rejoint officiellement l'effectif de l'équipe UAE Emirates[9],[10].
Après quelques courses disputées avec l'équipe première dès 2023, dont la Bretagne Classic, il commence sa saison 2024 par le Tour de la Communauté valencienne, qu'il achève 44e mais avec un top 10 sur la dernière étape[11]. Il obtient sa première place d'honneur fin février, sur le Trofeo Laigueglia, finissant 5e, mais ayant été le dernier à suivre le vainqueur, Lenny Martinez[12].