Discussion:Techniques de comparaison des génomes
Relecture de votre article : derniere relecture le 11/01/2016 --MULLER Alain (discuter) 12 janvier 2017 à 00:45 (CET)
modifier- Lynda, j'ai encore rajouté quelques observations ce jour (désolé car tardives....) :
- Ce n'est pas grave pour le retard car "vaux mieux tard que jamais", je crains juste ne pas arriver à prendre en considération tous les commentaires bien qu'ils sont constructifs--Lynda.S (discuter) 15 janvier 2017 à 11:22 (CET).
- - méthode de séquençage : voir plus bas dans rubrique Méthode de séquençage commentaire que j ai rajouté ce matin 11:32.
- - méthode heuristique : il me semble que les méthodes Wu-Manber et MAROSE en font partie. voir detail de mon commentaire dans rubrique heuristique. j ai mis une source pour Wu-Manber. (à vérifier de prêt car j ai lu en diagonale ...
- - mon commentaire du 30/12/2016 : Le sujet étant "Techniques de comparaison des séquences génomiques" j'ai trouvé que les parties "Le séquençage d'un génome" et "Séquence génomique" étaient un peu "trop" volumineuses... : limite hors sujet car on s'éloigne trop du sujet (je l'ai évoqué avec M. Grimaud).
- - concernant le copier coller : conseil de M. Grimaud : mettre le texte copié entre guillemets et bien citer la source.
- - toujours les liens qui ne sont pas faits correctement : consulte notre wiki CoAP tu verras comment c est fait ou va voir les explications à M. Grimaud sur site projet2.0
- Oui on en a parler aussi à ces propos, merci--Lynda.S (discuter) 15 janvier 2017 à 11:22 (CET)
- Avec M. Grimaud nous pensons que l'article manque de sources... malheureusement je n ai pas a t'en proposer.
- Oui, et je ne trouve pas toujours les bons articles auxquels se référencé (ou bien c'est moi qui n'ai pas bien chercher!!!)--Lynda.S (discuter) 15 janvier 2017 à 11:22 (CET)
- Alignement des séquences : tu ne respecte pas la philosophie de mise en page de wiki en mettant en gras L'alignement local, global , optimal .... -> suggestion : liste à puces ;-)
- Mais je l'ai déjà fais ça!!!--Lynda.S (discuter) 15 janvier 2017 à 11:22 (CET)
- Bon courage !
- --MULLER Alain (discuter) 11 janvier 2017 à 23:28 (CET)
- J ai relu l article le 30/12 - mes nouvelles observations sont datées dans les différentes rubriques --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:26 (CET).
- Bonjour,
Je suis Lynda SAHNOUNE, je vous présente tous mes remerciements pour ces remarques que je tiens à prendre en compte pour l’amélioration de l'article. En effet la dernière partie n'est pas encore complétée pour une raison matérielle (panne de la machine sur laquelle j'ai la suite) mais elle sera complétée le plutôt possible à fin que vous puissiez la lire et y mettre vos remarques bénéfiques. très cordialement.
- Bonjour,
Je suis Alain MULLER, élève en MASTER TIIR formation à distance. Je suis un de vos relecteurs et j’utiliserai cette page de discussion pour vous faire part de mes observations après lecture de votre article. Cordialement.
Mes observations sur la forme lors de la première lecture du 16/12/2016
modifierRésumé introductif
modifier- Pouvez vous me dire si la lecture du document été aisée et que le contenu est compréhensible? parce que, tout comme vous, je ne suis pas du domaine alors je veux savoir si le message passe ou je dois l’améliorer, merci.
Le sujet m'étant inconnu la lecture a cependant été compréhensible.
- Le sujet étant "Techniques de comparaison des séquences génomiques" j'ai trouvé que les parties "Le séquençage d'un génome" et "Séquence génomique" étaient un peu "trop" volumineuses, cependant elles permettent de comprendre la suite... J aurais peut être un peu élagué ces 2 rubriques pour laisser l essentiel et ne pas faire de hors sujet --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 17:46 (CET) - pour laisser l essentiel et ne pas faire de hors sujet --MULLER Alain (discuter) 12 janvier 2017 à 00:21 (CET)
- Puisqu'elles aident à comprendre la suite, je prefere les laisser mais j'ai porte quelques modification dessus--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 00:33 (CET).
- Je ne commencerai pas le résumé introductif par le lien vers le site 'Bookshelf/Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics.' qui par ailleurs ne fonctionne pas. En effet, au premier coup d’œil on a l’impression que la rédaction de l article n est pas terminée.
- J'ai mis le lien en bas, je crois qu'ainsi est faisable!!! en plus il marche vous aurais dû prendre juste "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20253", car le reste c'est des détails pour indiquer ce qu'on doit trouver dans ce lien--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 00:33 (CET)
- ne pas laisser dans le résumé introductif le lien : N'hesitez pas à consulter le website:'Bookshelf/Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics.' En effet les sources doivent en priorité être placées dans le corps de l’article. cf https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:R%C3%A9sum%C3%A9_introductif --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:38 (CET)
- Oui, finallement vous avez tout à fait raison à propos de ça, car j'ai vu que dans tous les articles de qualités il n'y a jamais de liens--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 16:26 (CET).
- je n aurais pas mis de : apres de gènes correspondant à des cibles thérapeutiques : mais tout simplement un point.
- Au fait je devais mettre une virgule.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 00:33 (CET)
- la parallélisassions -> j’écrirais parallélisation.
- En effet oui.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 00:33 (CET)
- « base de donné » -> base de données
- Oui oui.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 00:33 (CET)
- apres phylogénétique, il faudrait mettre un point et pas une , --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:38 (CET)
- c'est fait--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 16:55 (CET).
- Tu indiques que « Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de chromosomes : la génomique comparée. » -> c est vague, plutôt indiquer en quelle année elle est née. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:38 (CET)
- Malheureusement j'ai pas trouvé de date--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 16:55 (CET).
- …la parallélisations -> il , y a pas de s à parallélisation --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:38 (CET)
- Merci, c'est corrigé--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 16:55 (CET).
- leur taille augmente exponentiellement avec une durée de temps de l’ordre de 15 à 18 mois. -> si tu précises une durée « avec une durée de temps de l’ordre de 15 à 18 mois » je pense qu il faut dans ce cas indiquer la valeur de la croissance (doublée, triplée ? sur cette durée) triplée ?) ou alors tout simplement enlever « une durée de temps de l’ordre de 15 à 18 mois. » --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:38 (CET)
- Effectivement oui--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 16:57 (CET).
Analyse comparative des séquences génomiques
modifierLe séquençage d’un génome :
modifier- le séquençage d’un génome : mettre un L majuscule pour commencer la section.
- c'est corrigé.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Pour la même raison que le résumé introductif je ne mettrai pas les liens vers les 2 articles détaillés en tête de section.
- Je ne suis pas du même avis que vous parce-que ça ce fait essayer de voir d'autre article de encyclopédie.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- je les mettrai juste dans la bibliographie... --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- élémentaires (nucléotides,acides aminés). 1 : mettre le point après la référence.
- Oui, ce n'était malheureusement pas par ignorance, mais juste comme ça, et je l'ai fait pas mal de fois.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- génome fonctionne: que fait les différents gènes qui composent le génome ?, comment : que font … : ne pas mettre de, après le ? et mettre une majuscule au Comment .
- Oops, par fois on fais n’importe quoi sans se rendre compte, à la première écriture je mettais des virgules, puis je me suis dis qu'il vaux mieux que ça soit des ? à la place, et tout bêtement j'ai mis les ? sans suppression des ,. --Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- que fait les différents gènes qui composent le génome ? -> que font les différents.... --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 17:21 (CET)
- différents gènes ?, et comment : ne pas mettre de , après ? et C majuscule à Comment
- Vérifiés.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- ? et Comment sont coordonnées les différentes parties du génome ? -> mettre un E à Et et une minuscule à comment ou alors supprimet le et pour commencer la phrase avec Comment. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 17:26 (CET)
- Ben! dans cette partie j'ai carrement reformulé parcequ'on a meme pas le droit de poser des questions!!!!!!!--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 17:55 (CET)
- génome ?. C'est-à-dire : ne pas mettre de . après le ?
- Vérifiés.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Dans cette section vous faites référence à 2 reprises à la source Jean-Baptiste Waldner 2007 qui est un livre, ce qui empeche de vérifier la source…. N’auriez vous pas une seconde source, informatique par ex ?
- Malheureusement non, mais j'essayerai de creuser encore.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Si un patient est porteur d'une maladie, les brins extraits de l'ADN d'un patient : répétition de patient, vous pourriez mettre les brins extraits de son ADN par exemple.
- l'ADN de ce malade, je crois que ça résout le problème de répétition.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- les brins extraits de l'ADN d'un patient, vont hybrider avec les brins d'ADN : j’enlèverais la virgule après patient et mettrais vont s’hybrider…
Séquence génomique
- le génome : mettre un L majuscule à Le
- qui est nécessaires : enlever le s à nécessaire
- l’évoluer et pour se reproduire, l’étude de génome constitue l'un des défis scientifiques majeurs :j aurais mis un . apres se reproduire plutôt qu’une ,
- Remarque prise en considération.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- d'acide nucléique ou de protéine, Ces macromolécules : mettre un point avant Ces
- Remarque prise en considération.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- La séquence est généralement représentée sous forme d'une chaîne de caractère : mettre caractère au pluriel
- Remarque prise en considération.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Une séquence protéique est l'enchaînement des vingt types d'acides aminés le long d'un polypeptide ; cette séquence est classiquement représentée par une chaîne de caractères qui utilise un alphabet de vingt lettres5. : j aurais mis plutôt une , qu’un ; apres polypeptide et elle au lieu de répéter cette séquence pour éviter la répétition.
- Remarque prise en considération.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- tu mets : On dénombre à ce jour près de 25.000 gènes chez l'Homme2. mais le lien 2 ne permet pas de vérifier cette affirmation. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- que fait les différents gènes qui composent le génome ? -> que font les différents gènes… --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- oui, merci--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET).
Méthode de séquençage
- Mettre un é à séquençage
- Séquenase : vous pourriez faire un lien externe vers la définition de ce mot
- en effet je cherche, mais pas encore trouver.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Qu’une seule référence pour cette section et non consultable…
- si si elle est consultable.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Cette section est-elle située au bon endroit dans le plan, est-il nécessaire d’en faire une section ?
- oui, le plan à ete discuté avec le prof--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:04 (CET).
- le lien vers Sanger n’est pas le bon (page d’homonymie ), je pense que le lien devrait être fait vers : https://fr.wikipedia.org/wiki/Frederick_Sanger --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- Au fait, je l'ai fait éxpré parcequ'on trouve dans le lien que j'ai mis tout ceux à quoi Sanger peut faire référence y compris Frederick_Sanger, mais je vais voir ça avec le prof--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:04 (CET).
- le lien de réaction envoie également vers page d homonymie. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- oui, pareil parceque dans ce lien on parle de tout type de réaction--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:04 (CET).
- je trouve que la méthode de séquençage n est pas très explicite. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 01:46 (CET)
- c'est modifiée --LyndaSAHNOUNE (discuter) 11 janvier 2017 à 00:04 (CET).
- En effet, dans le plan on va du plus important au plus anecdotique en respectant les proportions.
- Oui, si vous suivez bien l'enchaînement des points traités vous constaterai qu'il est conforme, car pour parler des algorithmes et matériels de comparaison des séquences génomiques, il a bien fallu définir qu'est ce qu'une séquences, parler des méthodes et l'analyse...etc, pour que le lecteur estime bien l’intérêt des séquences suivantes et les comprend plus facilement, et le plan comme j'ai déja dis à été discuté avec le prof.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
Depuis les années 2000 de nouveaux séquenceurs à haut débits sont apparus, ils sont indépendants de la méthode de Sanger.
Les techniques actuelles de séquençage à haut débit : Pyroséquencage - Séquençage à l'aide de terminateurs réversibles - Séquençage par ligation -> ne faudrait-il pas en parler ici ? --MULLER Alain (discuter) 11 janvier 2017 à 11:32 (CET)
sources :
http://www.academie-medecine.fr/publication100036433/
https://interstices.info/jcms/int_63223/les-sequenceurs-a-haut-debit
http://www.translad.org/axes-fondateurs/innover/plateforme-sequencage-haut-debit/le-sequencage-haut-debit.html
http://ansm.sante.fr/var/ansm_site/storage/original/application/0edd877424b6f7301df42c2aff2a9a5a.pdf
- !!!!
L’analyse de séquences génomiques
- je ne mettrais pas « Pour les articles homonymes, voir Alignement. » en début de section
- Si si c'est sa place (regardez d'autre articles).
- À l'échel mondial : échelle mondiale
- C'est déja corrigé.--Lynda.S (discuter) 28 décembre 2016 à 23:27 (CET)
- lorsqu on utilise une liste à puces, on met des virgules à la fin de chaque ligne et un point à la dernière.
- Corigé.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- utiliser le code « * » pour les listes à puces
- Bien utile, merci.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- pas une seule référence pour cette section.
- c'est juste pas encore mises.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Les difficultés résident dans La disponibilité - La disponibilité : mettre un l minuscule à la --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- je ne comprends pas la dernière phrase : Pour qu’ensuite, développer des Recherches sur les protéines à partir de la traduction de séquences nucléiques connues 9. et le lien est hs. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- Ben si les chercheurs ne cherchent pas de nouveaux moyens qui pouront les aider à determiner les propriétés citées, ils n'avanseront pas dans leurs recherches, j'espere que là tu vois bien le sens!--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:04 (CET)
Comparaison de séquences
- des majuscules qui ne sont pas en début de phrase : Des proches parents, Contenues dans la base, Sont utilisés pour effectuer --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
Alignement de séquences
- pourquoi mettre en gras base de données ? --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- pour les listes à puces mêmes remarques que précédemment.
- C'est fait.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- je ne mettrais pas en gras les mots « local », « global », « optimal », « multiple » ni « base de données »
- C'est modifié .--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- le référencement n est pas fait correctement : BLAST [9][10][11].
- traité.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
Annotations
- ceux-ci doivent être prédit : il manque un s à prédits
- Ajouté.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- une prédictions : il n y a pas de s à prédiction.
- Supprimé.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- anglicisme i.e : plutôt utiliser c'est-à-dire
- Oops tombée dans le piège. --Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- importantes dans les génomes ; les séquences : pourquoi utiliser le ; plutôt que la ,?
- apres etc on met …
- Une seule référence pour toute la section c est peu.
- Je creuse encore, c'est pas facile à en trouver.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
Objectif de la comparaison des séquences génomiques
- la séquence du génome peut être considérer : considérée
- Corrigé.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Le séquençage du génome est une étape importante vers sa compréhension et la séquence du génome peut être considérer comme un raccourci du chemin aidant les scientifiques à trouver des gènes beaucoup plus facilement et rapidement. Une séquence génomique peut contenir même des indices sur l'endroit où se trouvent les gènes. : ce st des affirmations, en conséquence il manque des références.
- Toute la partie été soulevée de la même référence.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- On observant les mutations temporelles : certainement En observant
- Dans la science pas de certitude.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- dans quel gène elle apparaissent, : elles au pluriel
- On observant les mutations temporelles qui peuvent avoir des incidents sur les protéines et donc leurs rôles et voir aussi dans quel gène elle apparaissent, permet d’induire les disfonctionnements . : leurs roles -> leur fait référence à quoi ? elle fait référence à quoi ?
- Rôles des protéines.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- Cette phrase (ci dessus) est difficilement compréhensible, éventuellement la reformuler pour qu elle soit plus claire ? --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- an d'y trouver les séquences similaires ; non comprehensible --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- érreur de saisie, "à fin de ..."--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:30 (CET)
- la dernière phrase (C'est également en comparant des séquences de génomes d'espèces actuelles qu'il est possible de reconstruire des arbres phylogénétiques qui rendent compte de l'histoire évolutive20.) existe déjà plus haut dans le texte (juste apres la phrase Un biologiste qui détient une nouvelle séquence s'intéresse en premier temps à parcourir ces bases de données, an d'y trouver les séquences similaires et de faire hériter à la nouvelle séquence les connaissances qui leur sont associées.) --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- C'est juste que je l'ai saisie deux fois sans me rendre compte--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:30 (CET).
- Le paragraphe " La comparaison de séquences ... qui rendent compte de l'histoire évolutive." est un copier / coller de l article https://interstices.info/jcms/c_10593/alignement-optimal-et-comparaison-de-sequences-genomiques-et-proteiques "pourquoi comparer des séquences" -> à éviter --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 11:31 (CET)
- Oui, merci--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 19:30 (CET).
- Lynda, mets ce paragraphe que tu as copié/collé entre guillemets et cite bien la référence et tant qu à faire fait un lien vers la source. -> conseil de M. Grimaud !
- oui on en a parler, merci --LyndaSAHNOUNE (discuter) 11 janvier 2017 à 00:30 (CET).
profits tirés de la comparaison des génomes
- listes à puces : même observations que dans section L’analyse de séquences génomiques
- Oui c'est fait.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
- pas assez de références
- c'est tout ce que j'ai pu lire pour le moment.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:03 (CET)
Algorithmes de comparaison des séquences génomiques
modifierMéthode de la programmation dynamique
- pas de référence
- en ajoutant +3 (soit une identité) à la valeur -7 [(case (3,1)]. Celà correspond à l'alignement du "C" de la séquence 1 avec le "C" de la séquence 2. •en ajoutant -5 (soit un gap) à la valeur 1 [(case (3,2)]. Celà correspond à l'alignement du "C" de la séquence 1 avec un gap dans la séquence 2. : je suppose que c est une liste à puces, dans ce cas il faudrait aller à la ligne apres séquence 2 ;
- C'est ça oui, je ne sais pas pourquoi ça à donné ce résultat, mais c'est pas grave je vais remettre en bon format.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- ne pas mettre de : apres Principe: --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
- mettre un point apres global de 2 séquences --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:00 (CET)
Méthode heuristique
- C’est des méthodes : comme c est des méthodes je pense qu il faut mettre le titre au pluriel --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:36 (CET)
- C'est vrai--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:18 (CET).
- mettre un point a la fin de la phrase : C’est des méthodes qui recherchent des similitudes dans une base de séquences Note 2 --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:36 (CET)
- Ahhhhhhhh!la penctuation, c'est dificile--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:18 (CET).
- Programme FASTA25,26,Note 3 « ». : des « » inutiles --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:36 (CET)
- suuprimées--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:18 (CET).
- Commencer le paragraphe avec une majuscule : C’est…
- Corrigé.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- c’est des méthodes qui recherchent des similitudes dans une base de séquences (dites aussi : base de donnée génomiques ou banq de données) : M. Grimaud n’aime pas les parenthèses.
- Hihi,c'est pas qu'il n'aime pas mais il veut qu'on suivent la bonne structure et faire les choses comme des pros, je met comme note alors?--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
tres bonne idee --MULLER Alain (discuter) 9 janvier 2017 à 20:59 (CET)
- Préférer les listes à puces plutôt que les «-»
- Oui, c'est déjà fait.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- Voir aussiwebsite:Multiple Séquences Alignement Tools : mettre le lien dans les liens externes.
- Je pense qu'il est mieux placé ici car il ne concerne que cette section.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- Programme FASTA2021Note 1 ' : pour séparer les références mettre le code ,. Exemple : Programme FASTA[1] , [2] , [Note 1]
- Oui, et c'est dailleur ce que j'ai fais pour la séparation des autres références (loupé).--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- 'Recherche : enlever le ‘ devant Recherche. Il manque un point avant Recherche.
- Au fait j'ai mis la signification de BLAST entre en français et j'ai mis une note pour l'anglais.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- 'Recherche de Régions de Similarité Locales' : Si vous vouliez mettre des guillemets mettre les guillemets français « ».
- C'est vrai c'est plus adéquat, merci.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:43 (CET)
- d apres ce que j ai vu et compris il existe également la méthode Wu-Manber et tu ne l'évoque pas. j ai trouvé le doc suivant : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2647288/#B17 -> j ai lu en diagonale, alors assure toi que c est pertinent avant de le mettre. --MULLER Alain (discuter) 12 janvier 2017 à 00:10 (CET)
- il y a aussi la méthode MAROSE me semble t-il, mais là je n ai pas de référence. --MULLER Alain (discuter) 12 janvier 2017 à 00:10 (CET)
Méthode d’apprentissage machine
- pas assez de références.
- Je vais essayer d'enrichir un peut--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:22 (CET).
- Basic Local Alignement Search Tool.
Accélération matériel de la comparaison des séquences génomiques
modifierMatériels de comparaison GPU FPGA
- directement la quantité de, la surface, de la puce consommée38. des virgules en trop ? --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:33 (CET)
- Je ferai attention à ça merci--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:38 (CET).
ASIC
- Application-specific integrated circuit / faire un lien vers https://fr.wikipedia.org/wiki/Application-specific_integrated_circuit ? --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:33 (CET)
- Je l'ai juste loupé--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:38 (CET).
- les FPGAs peuvent fournir plus de vitesse que les CPU, mais ne réalisent guère mieux que les ASIC. ne réalisent quoi ? --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:33 (CET)
- "les traitements" quand on saisie parfois, ça arrive d'avoir l'impression d'avoir deja taper un mot alors que c'est pas fait--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:38 (CET).
- C'est bon c'est fait, je vous ai laisser un mot pour vous éxpliquer pourquoi.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 05:00 (CET)
Historique
modifier- Pas terminé ?
- Je cherche toujour--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:56 (CET).
- tu ne cites pas les dates du document : http://histoire-cnrs.revues.org/1324?file=1, en particulier Le 14 avril 2003, la fin du séquençage du génome humain est annoncée. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:38 (CET)
- Merci ce lien me sert beaucoup--LyndaSAHNOUNE (discuter) 6 janvier 2017 à 20:56 (CET).
Divers
modifier- quand on clique sur les références le lien vers l article ne fonctionne pas --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:38 (CET)
- dans les références les pages des documents concernés ne sont pas indiqués --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:38 (CET)
- dans les articles il y a 2 fois : Venter, « GENOME SEQUENCING », Genome News Network is an editorially independent online,2000 - 2004 J. Craig Venter Institute., 15 janvier 2003 (lire en ligne) --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:38 (CET)
- agrémenter l article de schémas ou de synoptiques pourrait améliorer la compréhension.
- pour les références tu peux t inspirer de notre article CoAP pour voir comment les liens sont faits. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 03:38 (CET)
- Merci, j'ai déjà commencé à revoir ça
Notes
modifierRéférences
modifier- les pages des articles ne sont pas précisées
- Je les préciserai.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:45 (CET)
Bibliographie
modifier- J ai l impression qu il y a beaucoup de références qui ne sont pas utilisées. Possibilité de mettre une plume à celles qui le sont pour plus de visibilité.
- Elle sont toutes utiles, je les mettrais à leurs place.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:47 (CET)
- Il n’y a pas les DOI
- C'est parceque je ne trouve pas les DOI dans tous les articles.--Lynda.S (discuter) 23 décembre 2016 à 04:47 (CET)
Voir aussi
modifier- sur 2 colonnes non identiques…
Séquençage de l'ARN : lien vers un article inexistant. --MULLER Alain (discuter) 30 décembre 2016 à 11:44 (CET)
Relecture de l'article - Guillaume.f
modifier03/01/2017
modifierAnalyse comparative des séquences génomiques
modifierMéthode de séquençage
modifier- Plutôt que de rediriger vers une page d'homonymie pour la méthode de Sanger, mettre un liens vers l'explication en Français ou l'explication en Anglais (plus détaillée). --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Au fait j'ai mis un lien vers Sanger car on y trouve tout à quoi il réfère mais je croix que votre avis est meilleur--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 13:58 (CET)
L'analyse de séquences génomiques
modifier- Paragraphe 1, ligne 1: [...] une représentation du chromosome original et l'annotation et l'analyse de cette représentation. => une représentation du chromosome original, ainsi que l'annotation et l'analyse celle-ci.
--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Merci--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:20 (CET)
- Paragraphe 1, ligne 2 à 3 : Les difficultés résident dans La disponibilité des données génomiques permettant de vérifier et/ou de tester beaucoup d'hypothèses et dans l’organisation de telle masses énormes d'informations pour offrir un accès aisé, à l'ensemble de la communauté des chercheurs, aux informations désirées. => J'ai du mal à saisir le sens ce cette phrase. Que veux tu dire par "la disponibilité des données génomiques" ? Est-ce lié à leur stockage ? --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui c'est lié, car quand on étudie une séquence génomique et qu'on trouve par exemple une partie non connue, ben on cherche dans la base de données des génomes si elle a déjà été rencontrée ou si il y a quelque chose qui lui ressemble pour faire la comparaison, donc c'est important d'avoir une grande quantité de données mais c'est pas facile de parcourir les base de données de grande masse. --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:20 (CET)
- Telle masses énormes de d'informations => grande quantité d'informations --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Mais ça veux dire la mémé chose 'une quantité grande' ou 'une masse énorme' je ne voix pas le problème --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:20 (CET)
Comparaison de séquences
modifier- Paragraphe 1, ligne 1 : Dans la plupart des cas, le problème auquel l'utilisateur est confronté prend la forme suivante => Cette forme laisse penser qu'il y a d'autres cas, mais aucune information sur ceux-ci. Il faudrait donc reformuler la phrase ou introduire les autres cas. --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Le lien vers la page Wikipedia pour la base de données Prosite est incorrect. => https://fr.wikipedia.org/wiki/PROSITE --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Ah! oui c'est parceque je l'ai écris en minuscule alors je devais l'écrire en majuscule, merci d'avoir attirer mon intention --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:45 (CET)
- Des liens pour les outils FASTA et BLAST sont disponibles, il peut être intéressant de les ajouter.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je les ai mis un peux plus loin dans l'article, mais j'aurais peut être du des leur première apparition--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:45 (CET)
Alignement de séquences
modifier- Paragraphe 3, ligne 1 : Dans la plupart des cas, le problème auquel l'utilisateur est confronté est de la forme [...] => C'est quasiment le même paragraphe que la section "Comparaison de séquences" ainsi que le même exemple. --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Erreur j'ai pas remarquer que je l'ai écris ici et ce n'est pas ça place, --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 14:45 (CET)
Annotation
modifier- Paragraphe 1, ligne 2 à 3: Mais il existe aussi des « gènes morcelés » ou codons des ARN fonctionnels, ceux-ci doivent être prédits par des algorithmes différents. => Quels algorithmes ? Je pense qu'il serais intéressant d'avoir un exemple, servant de base pour les recherches d'algorithmes pour gérer ce genre de cas. --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
Objectif de la comparaison des séquences génomiques
modifier- Paragraphe 4, ligne 1: En observant les mutations temporelles qui peuvent avoir des incidents sur les protéines et donc leurs rôles (rôles des protéines/fonction des protéines) et voir aussi dans quel gène elles apparaissent, permet d’induire les dysfonctionnements . => La formulation de cette phrase n'est pas claire. Est-ce que tu voulais dire qu'en observant les mutations à travers le temps on est capable de détecter les changements de fonction des protéines, et donc induire les dysfonctionnements liés à ce changement ? --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui c'est ça --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:14 (CET)
- Je pense qu'il n'est pas nécessaire de mettre le lien vers la page inexistante "rôle des protéines".--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Mais j'ai pas mis pour roles parceque avec ce terme oui ça n'existe pas mais avec le terme fonction si et c'est celui que j'ai mis --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:14 (CET)
- Paragraphe 4, ligne 3 à 6: Il y a une répétition de la phrase "Un biologiste qui détient..." --Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je ne vois pas ça non!!!--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:14 (CET)
- Ce n'est plus présent dans la version actuelle, c'est donc corrigé. (historique: https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Utilisateur:Lynda.S/Brouillon&oldid=133272504) --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 23:35 (CET)
- Je ne vois pas ça non!!!--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:14 (CET)
Profits tirés de la comparaison des génomes
modifier- Je ne comprends pas le lien entre la comparaison de génomes et la greffe d'organes. Est-ce que la comparaison entre en jeux au moment de la sélection d'un donneur compatible ? Dans ce cas quelle est l’utilité lors de l'auto-greffe ?--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui ça entre en jeux dans le cas d'un organe d’autrui, et j'ai cité l'autogreffe juste pour que le lecteur sache qu'il y'a deux type de greffe--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:53 (CET)
- Je pense qu'il faut donc préciser que la comparaison de génomes entre en jeux pour la sélection d'un donneur. Pour l'autogreffe, je pense que c'est superflu et prête à confusion. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- j'ai reformuler ce point, j’espère que y a plus confusion --Lynda.S (discuter) 11 janvier 2017 à 00:53 (CET)
- Je pense qu'il faut donc préciser que la comparaison de génomes entre en jeux pour la sélection d'un donneur. Pour l'autogreffe, je pense que c'est superflu et prête à confusion. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Oui ça entre en jeux dans le cas d'un organe d’autrui, et j'ai cité l'autogreffe juste pour que le lecteur sache qu'il y'a deux type de greffe--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:53 (CET)
- Je pense que "Recherche dans un laboratoire" est très général, et donc reprends les éléments déjà énoncés. Par exemple : "Aide à la création de nouveaux médicaments" et "Aide à la création de tests et de systèmes de diagnostics destinés aux laboratoires d'analyses médicales, aux centres de transfusion sanguine et aux laboratoires de contrôle industriel." sont compris dans "Recherche dans un laboratoire"--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui c'est général mais je l'ai utilisé pour désigné les autres domaines de recherche que je n'est pas cité comme dans la végétation "rassembler les gènes de deux fruits pour faire ressortir un nouveau", etc...--Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:53 (CET)
- La section "En Informatique" ne me semble pas énoncer ce qu'apporte la comparaison de génomes à l'informatique, mais plutôt ce qu'elle utilise de l'informatique.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Ah! je t'explique, si la biologie n'a pas eu besoin d'outils développés les informaticiens n'auront pas penser à y créer, donc en quelque sorte ces besoin en pousser l'avancement de l'informatique dans ce domaine --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:53 (CET)
- Je voulais dire que la section est "Profits tirés de la comparaison des génomes" donc elle regroupe ce qui bénéficie de la comparaison de génomes. La première sous-section "En médecine" énonce bien ce que la médecine bénéficie de la comparaison de génomes. Par contre la section "En informatique" n'énonce pas ce que l'informatique tire profit de la comparaison de génomes, mais ce que la biologie utilise de l'informatique pour se développer. C'est surtout cette différence entre les deux sous-sections qui me gène. Pour moi le développement des outils est un effet de bord pour l'informatique. Par contre l'utilisation de la comparaison de génomes en Agriculture serait intéressant à ajouter. Source 1 Source 2 --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 08:13 (CET)
- Ah! je t'explique, si la biologie n'a pas eu besoin d'outils développés les informaticiens n'auront pas penser à y créer, donc en quelque sorte ces besoin en pousser l'avancement de l'informatique dans ce domaine --Lynda.S (discuter) 9 janvier 2017 à 15:53 (CET)
Algorithmes de comparaison des séquences génomiques
modifierMéthode de programmation dynamique
modifier- Il manque l'algorithme de Hirschberg qui est une version "Diviser pour régner" de l'algorithme de Needleman–Wunsch, utilisé principalement pour obtenir l'alignement global maximal.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Merci infiniment j'ai pas trouver ça dans les documents que j'ai lu--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 09:40 (CET).
- Dans "Exemples illustratif de l’Application de Needleman & Wunsch", à la fin du paragraphe, l'alignement des points a, b et c n'est pas consistent, d'ailleurs pourquoi sont ils encadrés ?--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Cette exemple je l'ai carrément supprimé parce que j'ai pas mis d’exemples au autres et je crois que c'est mieux!!!--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 09:40 (CET)
Méthode heuristique
modifier- Dernière ligne de la section: Voir aussi website:Multiple Séquences Alignement Tools => Le lien est cassé, et il faut trouver un autre moyen de l'introduire.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je ne sais pas pourquoi tu dis qu'il ne marche pas parce qu'il marche normal!!!!!!--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 09:43 (CET)
- Il fonctionne pour moi aussi maintenant, ça devais être temporaire. Mais ça ne change pas qu'il faudrait trouver un autre moyen de l'introduire. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Je ne sais pas pourquoi tu dis qu'il ne marche pas parce qu'il marche normal!!!!!!--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 09:43 (CET)
Méthode d’apprentissage machine
modifier- La définition de l'apprentissage machine devrais être plus spécifique à la comparaison de génomes. Pour des informations complémentaires, rediriger vers l'article existant sur l'apprentissage automatique.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je ne vois pas l'utilité de la mise en gras dans le nom des méthodes.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Ben ça permet de mettre en valeur le sujet en question c'est tout--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
- Plutôt que de mettre en gras des mots, je pense que mettre un lien vers la page Wikipedia de la méthode serait plus intéressant. (https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9seau_de_neurones_artificiels par exemple) --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- C'est mieux comme ça oui,--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 23:41 (CET)
- Plutôt que de mettre en gras des mots, je pense que mettre un lien vers la page Wikipedia de la méthode serait plus intéressant. (https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9seau_de_neurones_artificiels par exemple) --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Ben ça permet de mettre en valeur le sujet en question c'est tout--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
- Il faudrait séparer les méthodes d'apprentissage machine supervisées et non-supervisées.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je ne veux pas refaire ou répéter la meme chose que celle qui existe déjà, il y a un article qui en parle en détail, alors je vois pas l'interert--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
- Ok, comme tu veux. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 16:46 (CET)
- Je ne veux pas refaire ou répéter la meme chose que celle qui existe déjà, il y a un article qui en parle en détail, alors je vois pas l'interert--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
- Il manque la méthode du réseau Bayésien. Source 1 - Source 2--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Merci, sauf Source 1 ne marche pas--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
- Plus d'explications sur la Source 1 : http://genome.crg.es/datasets/splidlbns2004/ --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Merci, oui là ça marche!--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 23:41 (CET)
- Plus d'explications sur la Source 1 : http://genome.crg.es/datasets/splidlbns2004/ --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Merci, sauf Source 1 ne marche pas--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:53 (CET)
Accélération matériel de la comparaison des séquences génomiques
modifierMatériels de comparaison
modifierFPGA
modifier- Paragraphe 1, ligne 1: Les tendances récentes de la technologie informatique ont connu une progression rapide, comme les FPGA. => Mal formulé, je ne pense pas que lier la progression des FPGA à celle de l'informatique est judicieuse.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- C'est la progression de technologie informatique qui a fait l'apparition de FPGA qui est mis en œuvre dans plusieurs domaines tel que la Bio-informatique.--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:29 (CET)
- Je pense que reformuler pour dire que l'on a atteint les limites de l'informatique pour le traitement de séquences génomiques, et que le matériel ne suit plus et les algos actuels ont besoin de beaucoup de puissance de calcul. Donc nous nous sommes tournés vers les FPGA pour obtenir de meilleures performances. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Ok! puisque ça vous sera plus compréhensible une fois reformulé, je crois que ça sera le cas d'autres lecteurs aussi--Lynda.S (discuter) 11 janvier 2017 à 00:24 (CET)
- Je pense que reformuler pour dire que l'on a atteint les limites de l'informatique pour le traitement de séquences génomiques, et que le matériel ne suit plus et les algos actuels ont besoin de beaucoup de puissance de calcul. Donc nous nous sommes tournés vers les FPGA pour obtenir de meilleures performances. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- C'est la progression de technologie informatique qui a fait l'apparition de FPGA qui est mis en œuvre dans plusieurs domaines tel que la Bio-informatique.--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:29 (CET)
- Paragraphe 1, ligne 1: FPGA figure parmi les plates-formes informatiques prometteuses pour l'informatique scientifique. => Mal formulé, un FPGA est un circuit intégré logique re-programmable, et n'est donc pas directement lié à l'informatique.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Je crois que t'as pas bien compris qu'est ce qu'un FPGA!! lis l'article sur FPGA j'ai mis un lien ou li l'article Circuit logique programmable--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:29 (CET)
- Ce qui me gène c'est que tu met les FPGA dans "plate-formes informatiques" alors que c'est un composant électronique. Je pense que mettre ce que l'utilisation des FPGA pour la comparaison de génomes permet serait plus cohérent. (traitement plus rapide entre autre) --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Je crois que t'as pas bien compris qu'est ce qu'un FPGA!! lis l'article sur FPGA j'ai mis un lien ou li l'article Circuit logique programmable--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:29 (CET)
- Paragraphe 1, ligne 2 à 3: La mise en œuvre FPGA utilise Xilinx Virtex II XC2V6000, une plate-forme pouvant accueillir 92 éléments de traitement avec une vitesse d'horloge maximale de 34 MHz3 => Ceci est lié à une expérience dans un article. Toutes les utilisations de FPGA du domaine ne sont pas sur ce modèle. Il faut donc le préciser.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
ASIC
modifier- Paragraphe 1, ligne 3: En termes de vitesse, Il est reconnu qu'un ASIC est typiquement, 3 à 10 fois, plus rapide qu'un FPGA. => Reconnu par qui, quelle est la source ?--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- J'ai mis la source dans laquelle j'ai trouvé l'information --Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:31 (CET)
- Je reformule, je pense qu'il faudrait mettre "D'après X, les ASIC..." à la place de "Il est reconnu" en plus de la référence. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- Ah! je comprend ce que tu veux dire--Lynda.S (discuter) 20 janvier 2017 à 12:27 (CET)
- Je reformule, je pense qu'il faudrait mettre "D'après X, les ASIC..." à la place de "Il est reconnu" en plus de la référence. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- J'ai mis la source dans laquelle j'ai trouvé l'information --Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:31 (CET)
CPU
modifier- Paragraphe 1, ligne 1: En exploitant la répartition d'instructions SIMD extension de (SSE) montée sur les CPU moderne => Mal formulé, "En exploitant les instructions SSE des CPU moderne"--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- SIMD est une éxtension d'instruction du processeur SSE--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:49 (CET)
- Non, SIMD est un mode de fonctionnement : Une instruction exécutée sur plusieurs données. SSE est le nom du jeux d'instructions du processeur. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- SIMD est une éxtension d'instruction du processeur SSE--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:49 (CET)
- Paragraphe 1, ligne 2: De plus, les technologies émergentes du processeur comme le multi-core combinent deux processeurs indépendants ou plus ; en un seul paquet. => Mal formulé : ?Paquet?, Utiliser le lien vers la page Wikipedia Microprocesseur multi-cœur--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Paragraphe 1, ligne 2 à 3: Mal formulé, SIMD est un mode de fonctionnement pour un ordinateur capable de parallélisme : "instruction unique, données multiples" (rediriger vers l'article Wikipedia Single_instruction_multiple_data--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- ?--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:49 (CET)
- SIMD est le fonctionnement : une instruction exécutée sur plusieurs données. SSE est le nom du jeux d'instructions du CPU utilisé pour faire du traitement de type SIMD. Il y en a plusieurs versions d'ailleurs. --Guillaume.f (discuter) 10 janvier 2017 à 14:29 (CET)
- ?--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 11:49 (CET)
Références
modifier- La forme des références est incorrecte, celles-ci ne sont pas liées à la bibliographie, et il faut rester consistent dans leur déclaration.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui, je réglerai ce problème
Bibliographie
modifier- Certains articles n'ont pas de DOI ou de lien, on doit donc aller les chercher manuellement. Il y a également des DOI inconnus.--Guillaume.f (discuter) 3 janvier 2017 à 15:00 (CET)
- Oui, c'est parce que je ne trouve pas toujours les DOI--Lynda.S (discuter) 10 janvier 2017 à 10:56 (CET)
11/01/2017
modifierGlobalement: Attention, Il manque beaucoup de sources dans tes affirmations.
Introduction
modifier- Je trouve que tu abuse des liens vers les autres pages Wikipedia. Je ne pense pas nécessaire de mettre un lien vers "Séquences", "Techniques", "Discipline", "Accélération", "Technologies" et autres mots du genre. Je pense que c'est du vocabulaire de base. Par contre, pour le vocabulaire lié à la biologie (macromolécules, ARN...) ou l'informatique (FPGA, SIMD, SSE...) c'est tout à fait justifié. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 2, ligne 1: "par la robotisation et la parallélisation des méthodes d’analyse," : Je pense que le mot "automatisation" serait plus approprié. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 2, ligne 2: "assemblage de la gigantesque « base de données »" : Un lien vers Base de données serait plus cohérent. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Merci pour toutes tes remarques, elle m'ont presque toutes servies--Lynda.S (discuter) 20 janvier 2017 à 13:14 (CET)
Analyse comparative des séquences génomiques
modifierLe séquençage d'un génome
modifier- Paragraphe 2, ligne 1 : "La taille du génome est très variable en fonction des organismes. Elle varie de quelques milliers à plusieurs millions de paires de bases." : Attention il n'y a pas de sources pour cette affirmation. La source de ce paragraphe n'est valide que pour l'exemple sur le génome humain. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 3, ligne 1 : "Ainsi le séquençage du génome..." : L'utilisation de "Ainsi" implique quelque chose que tu as précédemment énoncé. Je ne comprend pas à quoi tu fais référence. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 3 : La source de ce paragraphe est en erreur 404. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- J'ai carrément modifié les deux parties sur le séquençage et "séquence", J'ai trouvé que c'est ce qu'il y a de mieux à faire d'après vos remarques --Lynda.S (discuter) 20 janvier 2017 à 13:22 (CET)
Séquence génomique
modifier- Paragraphe 1, ligne 2 : "Ces macromolécules sont en effet des polymères linéaires" : Un lien vers Polymère pourrait être utile. (première apparition) --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 2, ligne 1 : "forme d'une chaîne de caractères (données numériques) stockée dans un fichier informatique au format texte utilisant (Dans le cas d'une séquence d'ADN) l'alphabet des quatre lettres A, C, G et T, ..." : chaîne de caractères => données numériques => quatre lettres A, C, G, T. Je pense que "données numériques" prête à confusion. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 2 : Il n'y a pas de sources pour ce paragraphe. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Section--Lynda.S (discuter) 20 janvier 2017 à 13:28 (CET) déja modifiée
Méthode de séquençage
modifier- Cette section est incomplète, il n'y a qu'une seule méthode de présentée. Pour d'autres méthodes : Source 1 Source 2 --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Ok! c'est à revoir
- Vu le 11/01/2017, détailler cette section serait hors sujet. Ne prends pas en compte cette remarque. --Guillaume.f (discuter) 16 janvier 2017 à 08:30 (CET)
- Non non, j'ai juste cité les différentes méthodes sans entrer dans les détails --Lynda.S (discuter) 21 janvier 2017 à 01:30 (CET)
- Vu le 11/01/2017, détailler cette section serait hors sujet. Ne prends pas en compte cette remarque. --Guillaume.f (discuter) 16 janvier 2017 à 08:30 (CET)
- Ok! c'est à revoir
L'analyse de séquences génomiques
modifier- Paragraphe 2 : Ce paragraphe n'a pas de source affirmant la grande quantité de données. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Paragraphe 4 : La source ne fonctionne pas (voir commentaire dans "Références") --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Comparaison de séquences
modifier- Paragraphe 1, ligne 1 à 2 : "Dans la plupart des cas, le problème auquel l'utilisateur est confronté est formalisé comme suit: une nouvelle séquence est disponible et il est souhaitable de rechercher dans la base de données et de savoir si un ou des proches parents de cette séquence ont déjà été signalés." : Pas de source sur ce problème étant considéré comme le plus commun. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Alignement de séquences
modifier- Un lien vers Alignement de séquences serait plus intéressant que vers "Alignement". --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Je pense qu'il faudrait mettre une liste à puces pour les différents alignements. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Attention, il n'y a pas de sources sur les différents alignements pour cette section. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Annotation
modifier- Paragraphe 1 : Pas de source pour le paragraphe. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Objectif de la comparaison des séquences génomiques
modifier- Trop peu de sources sur tes affirmations pour cette section. Par exemple : "En médecine, elle peut être utilisée pour identifie...", "La comparaison de séquences est la tâche informatique la plus utilisée par les biologistes", "La motivation première est d'inférer des connaissances ", ... --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Algorithmes de comparaison des séquences génomiques
modifier- "Trois classe d’algorithmes de comparaison de séquences existent:" : Franchement, à part pour remplir le vide, je ne trouve pas ça nécessaire. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Méthode de programmation dynamique
modifier- Les algorithmes "Needleman-Wunsch" et "Smith et Waterman" ont beaucoup moins d'informations que l'algorithme de Hirschberg, je trouve cela dommage. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Méthode d’apprentissage machine
modifier- Je pense que mettre les abréviations redirigeant vers les pages d'homonymie (SVM et EM) n'est pas nécessaire, de toute façon l'abréviation est en haut des articles des méthodes avec un lien vers la page d'homonymie également. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Pour plus d'informations sur l'utilisation de l'apprentissage machine avec une grande liste des applications liées aux génomes. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 11:44 (CET)
Références
modifier- Le lien "http://www.abi.snv.jussieu.fr/erocha/French/stateofart.french.html" ne fonctionne pas et devrait être dans la bibliographie. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
Bibliographie
modifier- Le lien du document : "Venter, « GENOME SEQUENCING », Genome News Network is an editorially independent online,2000 - 2004 J. Craig Venter Institute., 15 janvier 2003" est en erreur 404. De plus, ce document est en double dans la Bibliographie. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- Le lien du document : "Cédric Notredame, « USE OF GENETIC ALGORITHMS FOR ANALYSIS OF BIOLOGICAL SEQUENCES », Université Paul Sabatier France, février 1998, p. 15" ne fonctionne pas en HTTPS, mais fonctionne en HTTP. --Guillaume.f (discuter) 11 janvier 2017 à 10:41 (CET)
- J'ai bossé sur les réfs et normalement c'est bon --Lynda.S (discuter) 21 janvier 2017 à 23:31 (CET)
Pourquoi pas simplement «comparaison des génomes» ?
modifierIl me semble que «comparaison des génomes» serait un titre plus simple, et tout aussi représentatif. --Roll-Morton (discuter) 31 janvier 2017 à 09:47 (CET)
- Mmmh, je vois qu'il existe Génomique comparative. Quelle est fondamentalement la différence entre les deux sujets, est-ce que ça ne vaut pas le coup de fusionner ? --Roll-Morton (discuter) 31 janvier 2017 à 10:07 (CET)
- Roll-Morton : Bonjour. Pas facile de naviguer entre plusieurs articles de sujets proches et je n'ai pas la compétence pour wikifier l'article au-delà des homonymies basiques (toutes corrigées maintenant). La situation est compliquée, il y des redites dans le texte, des liens imprécis ...En tous cas, d'accord pour dire qu'il faut simplifier. La première section cite 2 articles principaux : Séquençage de l'ADN et Séquençage des génomes (= Projet de séquençage de génome), et plus loin Alignement de séquences (qui est cité comme un article "homonyme"). A mon avis Techniques de comparaison des génomes est surtout proche d'Alignement de séquences. Une fusion est-elle envisageable à ce niveau ? A peu près sur le même sujet, il y a aussi Arpentage chromosomique qui est cité dans Séquençage de l'ADN mais se limite à une ébauche sans sources, à fusionner aussi, ou supprimer à mon avis. Quant à Génomique comparative, il me semble que c'est un sujet plus général du type contexte-objectifs-résultats, proche de Projet de séquençage de génome comme indiqué au début de la première section, avec sans doute des redondances à supprimer à ce niveau ? Je mets un mot sur le café des biologistes pour redemander un avis.--Frenouille (discuter) 25 mai 2017 à 14:39 (CEST)
- Voir la réponse du café des biologistes et la discussion des PàF. --Frenouille (discuter) 26 mai 2017 à 16:07 (CEST)
- Bonjour, merci d'avoir pris ça en charge, j'avoue que je m'y étais perdu et avais abandonné ! --Roll-Morton (discuter) 26 mai 2017 à 17:22 (CEST)
- Bonsoir, c'est la première fois que je fais ça ! j'avance en suivant aide:fusion. Les bandeaux sont maintenant posés dans les deux articles et un message est apparu automatiquement sur le café des biologistes. J'ai aussi mis des messages (tant bien que mal) sur Discussion Projet:Informatique théorique, sur Projet:Langues/Café des linguistes et sur les 2 pages de discussion de l'auteur initial. Est-ce qu'il y a d'autres projets ou contributeurs à consulter ? Cordialement --Frenouille (discuter) 27 mai 2017 à 00:26 (CEST)
- Je notifie les contributeurs principaux, sur cet article LyndaSAHNOUNE, (:Julien:), Rehtse, Cobra bubbles et Lynda.S : et sur l'autre : BonifaceFR, Mikyx2003 et Xqbot :. --Roll-Morton (discuter) 28 mai 2017 à 12:33 (CEST)
- Merci --Frenouille (discuter) 28 mai 2017 à 21:31 (CEST)
- Je notifie les contributeurs principaux, sur cet article LyndaSAHNOUNE, (:Julien:), Rehtse, Cobra bubbles et Lynda.S : et sur l'autre : BonifaceFR, Mikyx2003 et Xqbot :. --Roll-Morton (discuter) 28 mai 2017 à 12:33 (CEST)
- Bonsoir, c'est la première fois que je fais ça ! j'avance en suivant aide:fusion. Les bandeaux sont maintenant posés dans les deux articles et un message est apparu automatiquement sur le café des biologistes. J'ai aussi mis des messages (tant bien que mal) sur Discussion Projet:Informatique théorique, sur Projet:Langues/Café des linguistes et sur les 2 pages de discussion de l'auteur initial. Est-ce qu'il y a d'autres projets ou contributeurs à consulter ? Cordialement --Frenouille (discuter) 27 mai 2017 à 00:26 (CEST)
- Bonjour, merci d'avoir pris ça en charge, j'avoue que je m'y étais perdu et avais abandonné ! --Roll-Morton (discuter) 26 mai 2017 à 17:22 (CEST)
- Voir la réponse du café des biologistes et la discussion des PàF. --Frenouille (discuter) 26 mai 2017 à 16:07 (CEST)
- Roll-Morton : Bonjour. Pas facile de naviguer entre plusieurs articles de sujets proches et je n'ai pas la compétence pour wikifier l'article au-delà des homonymies basiques (toutes corrigées maintenant). La situation est compliquée, il y des redites dans le texte, des liens imprécis ...En tous cas, d'accord pour dire qu'il faut simplifier. La première section cite 2 articles principaux : Séquençage de l'ADN et Séquençage des génomes (= Projet de séquençage de génome), et plus loin Alignement de séquences (qui est cité comme un article "homonyme"). A mon avis Techniques de comparaison des génomes est surtout proche d'Alignement de séquences. Une fusion est-elle envisageable à ce niveau ? A peu près sur le même sujet, il y a aussi Arpentage chromosomique qui est cité dans Séquençage de l'ADN mais se limite à une ébauche sans sources, à fusionner aussi, ou supprimer à mon avis. Quant à Génomique comparative, il me semble que c'est un sujet plus général du type contexte-objectifs-résultats, proche de Projet de séquençage de génome comme indiqué au début de la première section, avec sans doute des redondances à supprimer à ce niveau ? Je mets un mot sur le café des biologistes pour redemander un avis.--Frenouille (discuter) 25 mai 2017 à 14:39 (CEST)
Boites ?
modifierEn passant, que pensez-vous du fait de mettre les relectures précédentes dans des boites déroulantes, pour plus de lisibilité ? --Roll-Morton (discuter) 31 janvier 2017 à 09:51 (CET)
- Je me suis permis de le faire. --Roll-Morton (discuter) 31 janvier 2017 à 19:03 (CET)
Fusion abandonnée entre Techniques de comparaison des génomes et Alignement de séquences
modifierDiscussion transférée depuis Wikipédia:Pages à fusionner
Bonjour, plutôt qu'une wikification de la page récente Techniques de comparaison des génomes, je propose une fusion avec Alignement de séquences. Les deux pages portent sur des sujets proches, le but de la fusion serait d'enrichir Alignement de séquences avec les éléments nouveaux et sourçables qu'amèneraient la page récente. Au passage si nécessaire quelques éléments pourront être déplacés dans Génomique comparative et/ou Projet de séquençage de génome afin de clarifier la structure des articles. Au final Techniques de comparaison des génomes deviendrait une page de redirection vers Alignement de séquences. Cordialement,--Frenouille (discuter) 26 mai 2017 à 14:22 (CEST)
- D'accord. Par contre, après une lecture rapide, y'a des paragraphes qui n'ont rien à faire dans une fusion : sur l'annotation, sur le machine learning (dans le parag y'a aucune mention de comparaison de séquences, ah ptet le clustering d'un tas de génomes mais SVM, NN ou autres, je vois pas ce que ça fait là). Je vois pas trop non plus ce que vient faire le portail linguistique. Cordialement, (:Julien:) ✒ 27 mai 2017 à 10:50 (CEST)
- Bonjour Frenouille et (:Julien:), en remontant dans l'historique de l'article, je m'aperçois qu'il a été rédigé dans le cadre d'un projet pédagogique lié au Master TIIR de l'Université de Lille. Du coup, que penseriez-vous de les informer de ce projet de fusion ? (personnellement, je n'ai pas d'avis sur la question car je manque d'expérience dans la maintenance). Cordialement. --13okouran (discuter) 7 juin 2017 à 12:11 (CEST)
- Bonjour 13okouran : je n'ai pas d'expérience non plus mais à tout hasard j'ai mis un nouveau sujet dans les pages de discussion de Projet:Informatique_2.0 et Gilles.Grimaud : espérant à la fois un avis et une participation au travail de maintenance. Cordialement --Frenouille (discuter) 8 juin 2017 à 15:25 (CEST)
- Bonjour Frenouille et (:Julien:), en remontant dans l'historique de l'article, je m'aperçois qu'il a été rédigé dans le cadre d'un projet pédagogique lié au Master TIIR de l'Université de Lille. Du coup, que penseriez-vous de les informer de ce projet de fusion ? (personnellement, je n'ai pas d'avis sur la question car je manque d'expérience dans la maintenance). Cordialement. --13okouran (discuter) 7 juin 2017 à 12:11 (CEST)
• Contre Plutôt contre. Il y a en effet des redondances entre les deux articles, mais ce n'est pas le même sujet. L'alignement de séquence est une technique bio-informatique et n'est pas limitée à la comparaison de génomes. La comparaison de génome ne se limite pas à des questions d'alignement, même si elle utilise cet outil bio-informatique. En matière de comparaison de génomes, ll y a des problématiques fonctionnelles et mécanistiques sur les réarrangements génomiques, les amplifications de séquences répétées, la synténie, la pseudogénisation. Ma suggestion serait de raccourcir la partie redondante dans l'article Techniques de comparaison des génomes et de renvoyer vers Alignement de séquences comme article détaillé. --Fdardel (discuter) 13 juin 2017 à 11:24 (CEST)
- Convaincu par les arguments de Fdardel. --Roll-Morton (discuter) 13 juin 2017 à 18:38 (CEST)
En conclusion : pas de fusion. Merci d'avoir participé à la discussion. --Frenouille (discuter) 15 juin 2017 à 15:23 (CEST)