Discussion:Arbre phylogénétique

Un gros travail en perspective Papillus 30 nov 2004 à 15:23 (CET)

Incertitude

Pour les Euthériens, y'a un truc pas net, faut que je revois ça Papillus 8 déc 2004 à 21:19 (CET)

Les protostomiens je dois encore les développer. Papillus 8 déc 2004 à 21:25 (CET)

Il y a des différences avec Eukaryota par exemple avec les champignons. Fafnir 21 déc 2004 à 03:56 (CET)

Mise en page

Si quelqu'un sait transformer cet arbre via latex comme pour la page Eukaryota qu'il ne se gène pas ! Papillus 22 déc 2004 à 21:29 (CET)

J'ai fait la mise en page pour essayer. Pour l'instant, il y a encore les deux. À voir ce qu'on utilise. C'est plus dur à maintenir mais on utilisant le copier/coller à bon escient on peux facilement rajouter des branches sans trop se fatiguer. Didier 6 jan 2005 à 21:24 (CET)

J'ai déplacé la première version mais elle est toujour visible si il y'a des gens qui sont pas convaincus que c'est mieux, mais l'arbre est très loin d'être complet, certaines pages ont dans leur taxobox des données que ne possède pas l'arbre (comme Preptothériens). Papillus 11 jan 2005 à 19:56 (CET)

Question de frontière

Qu'est ce qu'on fait des virus ? D'accord c'est pas aussi bien classifié que les "animaux" mais vous avez une petite idée ?

--Zanfib 27 déc 2004 à 01:16 (CET)

Le virus n'est pas un être vivant puisque il ne peut pas se reproduire seul (j'entends par là, sans cellules hôte).--David 6 jan 2005 à 21:01 (CET)

bon nom pour le sujet ?

Bonjour à tous (et bonne année 2005 ;),

Est-ce-que l'article nommé "arbre phylogénétique" ne devrait pas plutôt parlé de comment sont produits ces arbres et à quoi ils servent ?

On devrait peut-être renommé cet article "arbre phylogénétique du monde vivant" ou un approchant (plus court ...).

Vous en pensez quoi ?

--Zanfib 1 jan 2005 à 17:49 (CET)

Peut être, mais on peut aussi appeller ce que tu suggère : Construction d'un arbre phylogénétique, non ? Papillus 11 jan 2005 à 19:59 (CET)

Je remarque justement qu'il n'existe pas d'article décrivant ce qu'est un arbre phylogénétique, quels différents types existent et comment on les construit, je veux bien m'y coller mais je lui donne quel nom du coup ? D'où ma question et la réponse qui suit ! (merci Papillus) --Zanfib 18 jan 2005 à 00:11 (CET)

Si vous voulez créer cette page voir Classification phylogénétique du vivant, il y'a durant l'introduction les méthodes utilisées pour la construction des arbres. Papillus 20 jan 2005 à 11:00 (CET)

A mon avis, toute la partie Arbre phylogénétique du vivant doit etre bougée vers Classification phylogénétique du vivant, qui traite exactement de ce thême... -- FreeCorp

Question aux passants

A part Zanfib, qui est pour renommer cet article Arbre phylogénétique du vivant ?? Pour avoir une idée des préférences. Papillus 13 jan 2005 à 21:02 (CET)

• Moi je suis pour : mieux vaudrait créer l'article arbre phylogénétique du vivant distinctivement d'un autre parlant des arbres phylogénétique en général (dont les racine peuvent être prises n'importe où...). Dakdada 14 mar 2005 à 21:52 (CET)
• Pour aussi, c'est l'évidence même, regardez l'article dans les autres langues... Mais bon, il faut donc faire l'article général concernant les arbres phylogénétiques, en regroupant d'ailleurs les infos sur les autres pages de la wikipedia qui en parlent. -- FreeCorp 17 Mai 2005

Bon endroit pour le sujet

Je me pose une question, Wikispecies ne serait-il pas plus apte à recevoir ce genre d'article?--David 6 jan 2005 à 21:05 (CET)

C'est pas la même approche, c'est censé être un page globale et en plus elle s'appuie sur la systématique la plus récente, ce que ne fais pas forcement wikispecies. Papillus 11 jan 2005 à 19:53 (CET)

d'accord, c'était juste une question, je n'avais pas vu la chose dans ce sens.--David 11 jan 2005 à 20:52 (CET)

Discuter:Arbre phylogénétique/début de l'arbre

A cette adresse j'ai placé le début de l'arbre, avant que ça en soit vraiment un.Papillus 11 jan 2005 à 19:53 (CET) Il aurait été possible de le maintenir pour son interet éventuel pour les taxobox, mais il ne seras a mon avis plus actualisé, était il utile a votre avis ? Papillus 13 jan 2005 à 21:10 (CET)

hors cadre

L'arbre dépasse du cadre, quelqu'un a une solution ? Remarquez c'est pas bien grave mais c'es pas esthetique Papillus 14 jan 2005 à 12:47 (CET)

ça devait être mon ordi avec un autre pas de pb de cadre Papillus 17 jan 2005 à 11:18 (CET)

Exemple

Pour chaque terminaison de branche ce serait bien d'avoir un ou plusieurs exemples. Papillus 22 jan 2005 à 18:01 (CET)

Ça va vite devenir illisible, non? David Mitrani 5 septembre 2005 à 10:01 (CEST)

Si on ne donne pas d'exemple pour les termes intermédiaires, je crois que ce sera lisible. Papillus 5 septembre 2005 à 18:34 (CEST)

A propos des noeuds ("derniers ancêtres communs")

Bonjour,

• J'ai remarqué que l'on avait placé les homo à la suite, chacun étant un ancêtre de l'autre ; or à un noeud ne peut correspondre qu'un ancêtre commun et non une espèce (comme si on disait que "l'homme descend du singe"...).
• En outre, les différents homos cités ne sont-ils pas que des exemples du genre homo, et ainsi ne devraient-ils pas être traités en tant que tels (des exemples) ?

Je pense que certaines modifications s'imposent. Qu'en pensez-vous ? --Dakdadaah 11 mar 2005 à 23:18 (CET)

On a juste donné un nom a un ancêtre commun (qui etait forcement une espèce), ou est le problème. Je trouve que tes modifs sont beaucoup moins précises. Papillus 12 mar 2005 à 17:19 (CET)

Ce que je veux dire c'est que (par exemple) homo sapiens et homo neandertalensis ne sont que des espèces cousines : elles ont toutes 2 un même ancêtre commun ; hors rien ne nous dit que cet ancêtre ne ressemblait pas plus à homo sapiens qu'à homo neandertalensis ; auquel cas on pourrait aussi bien placer homo sapiens avant Neanderthalensis (et chambouler l'ordre descendant qu'il y avait précédemment). J'admet que cela est bien moins précis mais je pense tout de même que c'est plus rigoureux. --Dakdadaah 13 mar 2005 à 00:07 (CET)

j'ai modifié encore l'arbre : de cette manière il est plus précis, sans perdre sa rigueur (prise en compte de dates et d'affinités). Est-ce mieux ? (je t'invite à regarder ma page de discussion pour plus de détails) http://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion_Utilisateur:Darkdadaah --Dakdadaah 13 mar 2005 à 13:02 (CET)

Le choix précédent était celui des systématiciens Lecointre et le Guyader, faudrait voir quels étaient leur motivations pour ce choix. Papillus 13 mar 2005 à 15:04 (CET)

Dakdadaah avait raison, la partie Homo de l'arbre n'est plus un arbre phylogénétique. Selon la cladistique, il n'y a pas de clade ancêtre d'un autre, sinon le premier est paraphylétique. Il n'y a que des groupes frères. David Mitrani 17 septembre 2005 à 10:50 (CEST)

Plathelminthes

J'ai adopté ici les plus récentes classifications phylogénétiques des vers plats, selon lesquelles le terme de Plathelminthes est équivalent à celui de Turbellariés, les Trématodes, Cestodes et autres ayant trouvé leur place à l'intérieur des anciens Turbellariés. Par contre, les Acoelomorphes et les Caténulides sont vraisemblablement des Protostomiens de base, et devraient sans doute être sortis des Plathelminthes qui se limiteraient alors aux Rhabditophores.
Par ailleurs, on trouve de plus en plus les Bilatériens divisés en trois groupes (Deutérostomiens, Ecdysozoaires et Lophotrochozoaires), les Protostomiens disparaissant en tant que tels (ce que Le Guyader et Lecointre suggéraient déjà).
David Mitrani 15 septembre 2005 à 12:13 (CEST)

Langues

J'ai séparé l'arbre en trois, en développant (en coupant-collant) à part les Angiospermes (partie longue, quoique étroite) et les Gnathostomes (encore courte, mais appelée à se développer en rajoutant notamment les clades fossiles).

J'ai déjà signalé (dans la discussion de l'article Classification APG), qu'un certain nombre de taxons de plantes portaient un nom anglais, c'est-à-dire non traduit (Eurosids pour Eurosidées, par exemple). J'ai découvert depuis, au fil des articles, qu'à de nombreux endroits les noms des taxons (y compris animaux), voire la nomenclature elle-même, restaient en anglais (subclass pour sous-classe, Flatworms pour Vers plats, etc.). Je ne suis pas sûr de prendre le temps de tout corriger (les noms des articles, les liens, les mots à l'intérieur, etc.). Y a-t-il en ligne un amateur ?

Par ailleurs, dans cet arbre-ci, outre ce problème, on alterne les noms latins et français. Certains noms sont dans les deux langues sans intérêt majeur (ex.: Glaucophytes et Glaucophyta...). Les familles d'Angiospermes sont en latin alors qu'il aurait suffi de transformer la finale -ceae en -cées, et rajouter parfois un accent aigu, pour avoir les noms utilisés couramment. Quelle règle faudrait-il avoir (et corriger noms et liens, voire noms d'articles, en fonction) ? En latin dans l'arbre, renvoyant à l'article en français ? Autrement ? Quelqu'un a une idée ?

David Mitrani 17 septembre 2005 à 11:04 (CEST)

Pour les termes anglais, il t'est possible de demander un passage de bot (demande sur le bistro, j'ai oublié la page des demandes), pour le choix latin ou français, j'ai une petite préférence pour le latin pour que l'arbre serve plus facilement aux autres langues, quelque soit la décision, il faut une règle commune. Ton découpage est une bonne idée. Papillus 17 septembre 2005 à 11:48 (CEST)

Je ne sais pas trop comment fonctionnent les bots. Mais quand on n'y connaît rien, comment reconnaître à vue le nom anglais d'un taxon ?!... Sinon, j'ai aussi remarqué des choses étranges dans les redirections d'articles : du singulier au pluriel (français), du français au latin... J'aurais pensé à l'inverse, dans les deux cas, selon les principes de la wikipédia (le principe du singulier me semble bizarre, mais il est là). Non ? Enfin, vu ta réponse plus haut, je me demande s'il ne faudrait pas faire l'arbre en latin et au pluriel (ex: Eukaryota), avec renvoi aux articles en français et au singulier (ex: Eucaryote). Qu'en penses-tu ? David Mitrani 17 septembre 2005 à 20:03 (CEST)

Il est logique d'harmoniser tout cela, ton initiative est bonne, le problème c'est que cela concerne un grand nombre d'article, un vote est peut être necessaire, parle en sur le bistro et sur le portail biologie, si il n'y a pas d'objection fait comme il te semble bon, sinon faudra voter. Je pensais a un boot pour des termes comme subclass si il y'a de nombreuses pages touchées, si cela ne concerne que quelques pages, oublie ce que j'ai dit. Pour le singulier, il me semble que cela a un peu été abandonné etant donné l'usage en vigueur en biologie, mais une redirection en singulier doit être créée a chaque fois. Un problème proche est l'usage sur un grand nombre d'articles de faune ou de flore de l'ancienne classification (règne, ordre...) qu'il faudrait remplacer, t'imagine l'ampleur de la tâche et les résistances. Papillus 17 septembre 2005 à 20:17 (CEST)

Ça a été discuté et tranché sur Wikipédia:Prise_de_décision/nommage_des_taxons_supérieurs_au_genre. Donc, titres en latin (du coup, dans l'arbre aussi, c'est clair), redirections du français singulier et pluriel. David Mitrani 22 septembre 2005 à 23:35 (CEST)

Ah oui, je m'en souviens maintenant, ma mémoire n'est pas d'une grande aide. Papillus 23 septembre 2005 à 07:02 (CEST)

Original

Vu l'ampleur des développements de l'arbre ici (et de quelques changements dus d'une part au fait que le livre de Lecointre et Le Guyader était de la vulgarisation, d'autre part au fait qu'il commence à dater un peu), je pense qu'il faudrait remettre leur arbre à eux, mais dans l'article sur leur bouquin. Je vais tâcher de faire... David Mitrani 23 septembre 2005 à 08:01 (CEST)

Tu fais du bon boulot. Papillus 2 novembre 2005 à 15:02 (CET)

Merci ! David Mitrani 2 novembre 2005 à 18:55 (CET)

Arbre phylogénétique à recycler ?

(copie du message adressé à La Cigale)
Salut !
Tu as mis un bandeau « à recycler » sur cet article, et je ne comprends pas bien pourquoi.
Il se compose d'une première partie (que d'autres avaient écrite) présentant ce qu'est un arbre, d'une seconde comportant l'arbre du vivant, et d'une troisième avec les liens. La seconde est très développée, comportant des remarques introductives (régulièrement augmentées et mises en ordre) et l'arbre lui-même, découpé par commodité comme c'est expliqué dans les remarques. L'arbre est assez complet (c'est en cours...) et donc très long et touffu, mais... c'est la vie !
Comment penses-tu qu'on pourrait « amélior[er cette page] en l'organisant et en la clarifiant » ? Merci de répondre dans la page Discussion de l'article.
Cordialement, David Mitrani 20 novembre 2005 à 22:12 (CET)

Salut! Effectivement, je pensais moins à l'organisation proprement dite qu'à la longueur de la page; elle est extraordinairement longue à mes yeux. Comme il est apparamment coutume de scinder les articles difficiles à lire, j'ai pensé voir cet article découpé en plusieurs, en suivant peut-être le plan; il pourait y avoir ainsi un article Arbre des Amniotes, un autre Arbre des Thériens, etc. Comme c'est un sujet pointu auquel je n'ai pas de compétence (du tout...), je laisse les auteurs maîtres de l'article! En tout cas, j'admire ceux qui ont la patience de construire de tels arbres :) La Cigale 21 novembre 2005 à 18:58 (CET)

Le but de cette page est, a mon sens, de regrouper ces différents arbres dans un seul, répondant aux exigences de la classification phylogénétique, permettant par exemple a un contributeur d'une page sur un animal de pouvoir y placer une classification pertinente. C'est aussi une fenètre vers les nombreuses pages donnant les caractéristiques de chaque taxon.

Si scission doit être faite, par exemple séparer la méthode et l'arbre lui même (ce qui ne m'enchante pas mais bon, cela se discute si la méthode grossit un peu), elle ne doit, selon moi, pas tronçonner l'arbre. Si certains veulent un arbre plus court, ils peuvent aller voir celui qui ne comporte que les taxons ayant encore des représentants vivants. Pour la patience, il faut feliciter David Mitrani. Papillus 22 novembre 2005 à 11:17 (CET)

C'est vrai que séparer la méthode et l'arbre lui même n'est pas terrible. Donc l'idée de découper tout ça ne vous plaît pas? Je dis ça parce que l'article a tendance à développer chez moi une angoisse grandissante lorsque je fait défiler son contenu. Le principal, c'est que la recherche d'information soit facile dans l'article. Pour moi elle ne l'est pas, mais il est vrai que je ne suis pas habitué à lire ce genre d'infomations. Sentez-vous libre de retirer le bandeau si vous pensez sincèrement que l'article est au top! La Cigale 22 novembre 2005 à 13:01 (CET)

L'article n'est pas au top, un nombre faible d'article y sont. Papillus 22 novembre 2005 à 13:55 (CET)

Bon, alors, en attendant que quelqu'un augmente de façon significative la pauvre petite première partie (je n'en suis pas capable), on reste comme ça et je continue à augmenter l'arbre. C'est ça ? (Au fait, j'enlève le bandeau.)

À plus, et bon courage à chacun dans ses propres œuvres. David Mitrani 22 novembre 2005 à 14:17 (CET)

Oui. Papillus 23 novembre 2005 à 14:14 (CET)

Acantharea, Aegythinidae et Acanthuroidea

Peux-tu me dire s'il est justifié de renommer Acantharea en Acantharia, Aegythinidae en Aegithinidae et Acanthuroidea en Acanthuroidei ? Merci, Bbullot 15 décembre 2005 à 14:02 (CET)

Pour Aegy-, c'est moi qui me suis trompé, semble-t-il. Je corrige.

Pour les Acanthaires, la finale en -ea est le nouveau nom, et correspond à une modification de la classification des ex-Protozoaires. C'est la finale en -ia qui est obsolète. Je vais renommer l'article.

Pour les Acanthuroïdés, les deux noms existent, celui en -ei comprend plusieurs -ea, dont celui-ci. Il faut donc laisser les deux, chacun à sa place.

À plus. Bon courage pour la suite, et joyeux Noël en attendant. David Mitrani 15 décembre 2005 à 17:08 (CET)

Anabantoidei

Bonjour,

Faut-il corriger le lien vers Anabatoidei en Anabantoidei ? Bbullot 19 décembre 2005 à 13:15 (CET)

Fait. Merci. David Mitrani 19 décembre 2005 à 22:40 (CET)

Argentinosaurus, Arthroleptidae et Arhythmacanthidae

Idem pour Argentinosaurus / Argentinasaurus, Arthroleptidae / Arthrolepidae et Arhythmacanthidae / Arythmacanthidae ? Bbullot 21 décembre 2005 à 14:52 (CET)

Fait. David Mitrani 21 décembre 2005 à 21:45 (CET)

Bataguridae

Idem pour Bataguridae/Batagurinae ? Bbullot 22 décembre 2005 à 14:40 (CET)

Non. -idae désigne une famille, -inae une sous-famille, dans la classification classique des animaux. Dans l'arbre actuel de cet article, le groupe considéré a rang de sous-famille, tandis que dans "son" article il a gardé rang de famille. Mais c'est bien le même groupe. Je fais un renvoi vers l'article. David Mitrani 23 décembre 2005 à 09:34 (CET)

Brachyphyllinae, Caluromyinae et Brachiosauridae

Et pour Brachiosauridae/Branchiosauridae, Caluromyinae/Calyromyinae et Brachyphyllinae/Brachyphylliinae? Bbullot 27 décembre 2005 à 16:26 (CET)

La chauve-souris et l'opposum ont retrouvé leur bonne orthographe (c'était évident, mais l'erreur venait cette fois de ma source - je n'avais qu'à réfléchir avant de recopier servilement). Par contre, l'amphibien préhistorique gardera son "n" pour ne pas le confondre avec un brachiosaure, dinosaure bien connu par ailleurs.

C'est super, je trouve, que tu me repères mes fautes de frappe ou de copie. Merci... et surtout, ne t'arrête pas avant le Z ! Bon courage et amitiés. David Mitrani 27 décembre 2005 à 16:46 (CET)

Desfontainiaceae et Dicaeidae

Et pour Desfontainiaceae/Desfontaineaceae et Dicaeidae/Decaeidae ? Bbullot 30 décembre 2005 à 11:56 (CET)

Fait. David Mitrani 4 janvier 2006 à 09:03 (CET)

segmentation?

Pour essai, j'ai fait une page MAGNOLIOPHYTA en vue de proposer une segmentation. Il n'y a rien d'enlevé sur l'arbre principal, sauf le lien vers l'article, mais que l'on retrouve en tête du sous-arbre. La proposition vient de l'opposition entre les articles liés au noms de clades, et le découpage éventuel ultérieur des noms de clades. En mettant les pages sous arbres en majuscule, cela permet immédiatement la distinction, et le suivi de branche en branche. Le lien à l'article part ensuite sur la page fille, en calligraphie normale. Ça me semble plus efficace que de développer des sous-chapitres sur la même page. Le non-respect de la calligraphie réglementaire permet une filiation de lien en lien spécifique et indépendante du reste. Merci de mettre vos commentaires. Gordjazz allô? 3 janvier 2006 à 23:42 (CET)

A priori je suis assez hostile à l'usage de titres en majuscule, il me semble que c'est acceptable provisoirement en attendant que les articles s'adaptent mais de façon permanente cela me plait pas trop. Papillus 4 janvier 2006 à 11:13 (CET)

Pourquoi pas un truc du genre Magnoliophyta/arbre ? Papillus 4 janvier 2006 à 18:05 (CET)

N'y aurait-il pas alors des doublons avec le projet wikispecies ? N☸Jhan 4 janvier 2006 à 19:53 (CET)

Magnoliophyta/arbre pourquoi pas, le tout est de conserver une distinction. Il me semble juste que c'est plus pratique d'avoir une page distincte que de circuler sur une page gigantesque, d'autant plus qu'on peut rétrécir la largeur à l'écran, on peut facilement en mettre deux en largeur. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 01:17 (CET)

Résultat des courses : les sous-arbres actuels (dont l'existence n'est due qu'à la largeur excessive de l'arbre du vivant sinon, au point de vue affichage) sont renvoyés vers des pages du type « Xxxx (arbre phylogénétique) » qui ne comporteront rien d'autre. Les éventuels liens d'autres articles vers l'arbre phylogénétique continuent de renvoyer vers ce seul article. Il ne s'agit pas de refaire un Wikispecies, qui, comme tout le monde ailleurs, oblige à jongler entre des tas de pages sans avoir de vue d'ensemble.

Si c'est OK, dites, et je fais.

David Mitrani 5 janvier 2006 à 08:12 (CET)

C'est ça. Pour bien préserver la spécificité de l'arbre, il faut un système de titre de page très particulier. Peu importe que ce soit des majuscules ou autre. Moi je prèfère les majuscules car justement c'est totalement inhabituel et on ne pourra pas confondre, de plus ça se voit bien lorsqu'on circule sur un arbre, sans qu'on soit obligé de mettre de pipe. Mais il faut d'abord voir si tout le monde est d'accord pour faire ce type de subdivision, après on choisira la typographie. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 10:59 (CET)

Je vois plusieurs solutions :

1. MAGNOLIOPHYTA ;
2. Arbre phylogénétique/Magnoliophyta ;
3. Magnoliophyta/arbre ;
4. l'utilisation des boites déroulantes pour réduire la taille des sections ;
5. le transfert des arbres sur Wikispecies, où il n'y a pas de contraintes de place, dues aux explications encyclopédiques.

Je trouve que l'utilisation de Wikispecies serait une bonne idée. N☸Jhan 5 janvier 2006 à 11:22 (CET)

Pour moi c'est simple, mon ordre de préférence suit ta présentation. Si personne n'y voit d'inconvénient, on peut faire un petit tableau des préférences pour que chacun place son ordre. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 13:05 (CET)

Plutôt Magnoliophyta (arbre phylogénétique) ou Arbre phylogénétique des Angiospermes ; plutôt pas de mot en majuscules ni de boîtes déroulantes (intérêt de l'arbre : tout visible). Pour Wikispecies, je ne me rends pas compte, je n'ai pas d'avis. David Mitrani 5 janvier 2006 à 15:45 (CET)

Évidemment, si quelqu'un s'avise ensuite de fusionner Magnoliophyta et MAGNOLIOPHYTA (quel que soit son titre), on a tout faux... David Mitrani 5 janvier 2006 à 15:48 (CET)

Encore moi... D'après ce que j'en ai vu, Wikispecies ne suit pas une classification phylogénétique, mais a gardé les cadres d'une classification linnéenne avec règnes, classes, etc. David Mitrani 5 janvier 2006 à 16:35 (CET)

Bon, il semblerait que ça se ressère. Pas de majuscules, pas de boites déroulantes, pas de wikispecies. En titre, pour éviter la fusion ci-dessus, on peut voir aussi Arbre phylogénétique (Magnoliophyta). Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 19:39 (CET)

Pas de risque de fusion non désirée si on utilise Magnoliophyta (arbre phylogénétique). Mais faut pas negliger l'interêt d'integrer un arbre dans les taxobox. Papillus 5 janvier 2006 à 19:29 (CET)

C'est-à-dire ? Les taxobox actuellement utilisées ne suivent pas la même classification que notre arbre (qui en a déjà changé plusieurs fois depuis ses débuts, y compris même depuis Noël...!), et il est hors de portée de les modifier partout où elles se trouvent, non ?

Alors, Magnoliophyta (arbre phylogénétique) ou Arbre phylogénétique (Magnoliophyta) ? ou en français dans le titre (Angiospermes au lieu de Magnoliophyta) ?

David Mitrani 5 janvier 2006 à 22:03 (CET)

ben pour mon point de vue l'un des 2 premiers, au choix, mais le 3° diminue l'exclusivité qu'il faut avoir pour ne pas confondre les pages de type arbre avec les pages de type article. Petite préférence pour le 2°, de façon à ce qu'on voit bien que l'on se dirige vers un arbre, et non sur un article comme avec les liens normaux vers des articles. Je le modifie dans l'arbre ppal pour voir ce que ça donne. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 23:27 (CET)

Bof, peut être trop marqué en fait. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 23:37 (CET)

Oui. Mais pourquoi modifies-tu ainsi dans l'arbre ? C'est le lien qui importe, non ?

Accessoirement : les articles portent eux aussi les noms latins des taxons qu'ils présentent.

On est partis pour « Arbre phylogénétique (Xxxx) » ? Adjugé !

David Mitrani 5 janvier 2006 à 23:45 (CET)

Je modifie dans l'arbre pour tester l'aspect visuel qui à mon avis est important dans un grand document comme celui-ci, et pour bien faire la différence entre les branches qui se poursuivent et les liens vers des articles. désolé si j'ai perturbé ton travail!. Gordjazz allô? 5 janvier 2006 à 23:50 (CET)

Voilà, c'est fait. J'espère que ça vous va. Bonne nuit. David Mitrani 6 janvier 2006 à 00:38 (CET)

Juste deux remarques mineures :

1. Le fait que wikispecies utilise une classification différente ne pose a priori pas trop de problème. Au contraire, plus il y aura de façon différentes de gérer la chose, plus ça me paraitra intéressant. Ceci dit, rien n'empêche de dupliquer sur les deux wiki (bien que je trouve que ce soit une mauvaise idée) ou de passer vers wikispecies après que le boulot ai été fait.
2. Les boites déroulantes peuvent être utiles pour garder une taille raisonnable, et permettre aux lecteurs de sauter facilement vers ce qui les intéressent via l'ascenseur (certains n'utilisent pas trop le sommaire, aussi étrange que cela puisse paraitre). De telles boites ne changent en rien la mise en page, il suffit de cliquer pour afficher l'arbre comme il serait affiché sans elles. N☸Jhan 6 janvier 2006 à 18:30 (CET)

Giganthorhynchidae

Faut-il renommer Giganthorhynchidae en Gigantorhynchidae? Merci, Bbullot 5 janvier 2006 à 12:37 (CET)

Fait. David Mitrani 5 janvier 2006 à 15:38 (CET)

Hippoglossina et Hydrochaeridae

Dans Arbre phylogénétique (Gnathostomata), faut-il corriger Hippoglossini en Hippoglossina ? Dans Arbre phylogénétique (Theria), faut-il corriger Hydrochoeridae en Hydrochaeridae? Merci, Bbullot 10 janvier 2006 à 15:12 (CET)

Pour le premier, c'est clairement non. Ce sont deux groupes différents.

Pour le second, mes sources divergent, mais il semble que ce soit en "-chaer" plutôt que "-choer". Je vais tâcher de vérifier, et je corrigerai éventuellement.

Merci et à plus. David Mitrani 10 janvier 2006 à 17:35 (CET)

En fait, le nom de la bestiole est Hydrochoeris hydrochaeris. Le groupe auquel elle appartient, quel que soit le niveau de classification linnéenne, doit donc s'écrire avec -choer. C'est l'article (titre et contenu) qui devrait être corrigé. Je mets un mot dans sa page de Discussion... David Mitrani 10 janvier 2006 à 23:32 (CET)

Korarchaeota

Et pour Korarchaeota/Korachaeota ? Merci, Bbullot 11 janvier 2006 à 11:14 (CET)

Évidemment ! Comment est-ce que j'ai pu laisser passer ça ?! Fait... David Mitrani 11 janvier 2006 à 12:35 (CET)

Quelques réflexions...

Salut à tous !

Tout d'abord, félicitations sans bornes à David Mitrani qui a eu un l'énorme courage de faire cet effroyable boulot !!!... Je n'ose pas imaginer les heures passées là-dessus ! Sinon, en tant que biologiste moléculaire et taxonomiste (keuff keuff !!!...), je me permet de ramener mon grain de sel sur le sujet depuis quelques temps (je ne suis pas sur Wikipédia depuis très longtemps mais ai eu le temps d'avoir une bonne idée de l'ensemble) (voir notamment Discussion Wikipédia:Projet/Zoologie). Et quelques remarques me sautent aux yeux (je sais que plein de choses ont été discutée et je ne suis pas au courant de tous les détails, donc pardon s'il y a des redondances)...

• Cette article est très précieux, mais vraiment très... Très long ! Difficile à charger par un ordi moyen. De plus, la lisibilité de l'ensemble n'est pas simple (pour la même raison). Il me semble donc (avis strictement personnel) indispensable de le scinder en plusieurs pages, chacune correspondant à un groupe donné, monophylétique quand c'est possible, et quelque soit son niveau dans l'arbre (classe pour les insectes, sous-ordre pour les vers de terre, etc...). Ainsi, chaque page concernant ce groupe pourrait s'y référer.

• Par ailleurs, Lecointre est un gars très bien, mais pas du tout spécialiste de tous les groupes, loin de là !... Son boulot (et celui de ses collègues) est précieux, mais je ne reviendrai pas sur les limites à apporter à la biologie moléculaire (Discussion Wikipédia:Projet/Zoologie), qui est un outil fantastique permettant des avancées sans précédent, mais qui n'a pas non plus force de lois (d'autant qu'en matière de phylogénie, elle est encore très balbutiante). Je considère son travail comme particulièrement interessant pour ce qui est des niveaux supérieurs de l'arbre. Pour les niveaux inférieurs, c'est très variable et beaucoup plus discutable dans de nombreux cas. L'usage en taxonomie est de se référer pour chaque groupe à la (ou aux) publication(s) y faisant figure de référence. Bien sur, de nombreux conflits ne rendent pas la chose toujours si simples, loin de là... Mais je crois qu'il serait bon d'utiliser Lecointre comme référence ici pour les niveaux supérieurs, et de définir groupe par groupe sur quoi on se base. Lecointre a beaucoup de lacunes au niveaux des familles, par ex. Il en manque un peu partout, et dans de nombreux groupes. Chez les vers de terre, la référence classique est Sims (1980) et des australiens démarrent tout juste la bio mol (Backer, Blackmore). Chez les bactéries, Stackebrandt est très indiqué.

Voilà quelques bricoles que j'ai en tête pour l'instant... :-) Elapied 6 février 2006 à 15:07 (CET)

PS: (ref à plus haut) Que les virus soient ou non des êtres vivants : question de définition arbitraire... Le mot "vivant" n'a de sens qu'en fonction de la définition qu'on lui donne, et qui est très variable...

Salut à toi.

Sur le fond, je n'ai pas grand chose à dire, je ne suis pas spécialiste, tout juste compilateur ! J'ai bien remarqué que le bouquin que tout le monde cite ici (et sur lequel je m'étais rué quand il est paru) est très approximatif sur pas mal de points, mais son sujet n'était pas la précision. La phylogénie des taxons de niveau supérieur utilisée ici a d'ailleurs beaucoup pris de distance, et reste parfaitement hypothétique : où s'enracine l'arbre général, où mettre les virus, où s'enracine l'arbre des Eucaryotes, la phylogénie des Protostomiens, etc.

Tu l'auras remarqué en lisant les discussions, le but est ici un arbre unique, pour éviter d'avoir à faire du collage pour repérer les cousins ! Il a déjà été tronçonné il y a peu pour toutes les grosses branches qui dépassaient à droite de l'écran de manière vraiment insupportable. Il n'est pas complet (je suis en ce moment sur les Brachiopodes et les Insectes, vaste programme), il reste du travail sur les Bactéries et pas mal de Protostomiens, pour les taxons de rang inférieur.

D'autres que moi ont écrit ou écrivent des articles sur plein de groupes différents (parfois, hélas, avec juste le titre et une classification obsolète, mais, bon, ça existe). C'est sans doute là le lieu de phylogénies limitées au groupe en question, avec références précises, etc.

Je ne tiens pas à défendre jusqu'au trépas l'arbre unique ! Mais laisse-moi encore un peu de temps pour tâcher de le compléter avant de savoir si on le saucissonne et comment...! Par ailleurs, il y a des arbres déjà débités en tranches sur d'autres sites (celui de Mikko Haaramo, par exemple).

À plus. David Mitrani 6 février 2006 à 16:25 (CET)

Loin de moi l'idée d'acculer quelqu'un jusqu'au trépas !!!... :-) J'aime bien la taxo, mais ya des limites !... Ce qui pourrait s'envisager aussi, c'est de couper l'arbre comme je le disais, mais tout en gardant une page où il serait complet. Sinon, je suis très circonspect quand à faire un arbre du même type chez les Prokaryotes (et je ne parle pas des virus). Les transferts latéraux d'ADN (de celule à cellule) étant permanents, l'évolution dichotomique classique ne s'applique pas du tout de la même façon. Bacillus subtilis, par ex, n'aurait que 15% de son génome provenant de ses ancêtres. Les 85% restant étant d'origine exogène via des transferts latéraux avec d'autres espèces, ce qui n'existe pas chez les Eukaryotes, au moins d'après ce qu'on sait et chez les multicellulaires. Au final, la représentation graphique de l'évolution des Prokaryotes ressemble plus à une maille qu'à un arbre, avec de multiples interactions entre des branches, parfois très éloignées (on sait que des plasmides bactériens se retrouvent chez des Archaea !). Donc OK, bosses tranquille et on touche à rien avant discussion. Et surtout, bon courage !... Elapied 6 février 2006 à 17:04 (CET)

quasi homonymie

1. galatheoidea -- galantheoidea ? phe 6 février 2006 à 20:30 (CET)

Corrigé. David Mitrani 7 février 2006 à 08:55 (CET)

Arbre résumé

Voilà. À force de rajouter des bestioles, il a quand même bien fallu faire une page à part (toujours aussi lourde et de plus en plus : il reste à développer les branches des Arthropodes, les plus nombreux !). Du coup, j'ai laissé ici un "petit" arbre très résumé.
Seulement, attention. Si quelqu'un doit apporter une modification à l'une des deux versions, il faut le faire en même temps sur l'autre ! Sinon on va se retrouver avec un nouvel arbre : il y en a déjà assez de différents dans les pages de cette Wikipédia !
David Mitrani 28 février 2006 à 08:17 (CET)

Changer de nom ?

Est-il encore d'actualité de changer le nom en Arbre phylogénétique du vivant ? On distingue dans cette page deux parties :

• Les méthodes de construction des arbres phylogénétiques ;
• Une classification phylogénétique actuelle du vivant (qui prend énormément de place).

Il me paraitrait plus pertinent de diviser cette page en deux : un article arbre phylogénétique qui traiterait des arbres phylogénétique en général et pas seulement de l’arbre général et synthétique (et magnifiquement réalisé soit dit en passant) présenté dans cette page ; et une page Arbre phylogénétique du vivant, qui contiendrait uniquement l'arbre reconstitué. Ce dernier devrait d'ailleurs être plus considéré comme un document que comme un article (au sens de "synthèse des connaissances sur un sujet"). - Dakdada (discuter) 28 février 2006 à 18:58 (CET)

L'arbre a énormément maigri hier soir, l'as-tu remarqué ? L'original se trouve sous Arbre phylogénétique (arbre général du vivant). Par ailleurs, avec d'autres contributeurs qui s'occupent de biologie et de zoologie, on est en train de réfléchir à la suite à y donner. Peut-être le début de l'article s'étoffera-t-il (moi, je ne suis pas compétent pour ça) ? Reviens aux nouvelles de temps en temps... David Mitrani 28 février 2006 à 19:06 (CET)

A propos de nom, il me semble que, pour être rigoureux, l'arbre phylogénétiquez c'est quand les lignes horizontales sont proportionnelles à la distance génétique, sinon c'est un cladogramme. Mais si j'ai raison alors les gens font jamais attention a cette nuance. Papillus (d) 28 juin 2008 à 10:50 (CEST)

Ouaip ! Tu as raison ! Mais je crois bien qu'on va continuer à ne pas y faire attention. En tout cas, je n'ai pas la compétence pour... :-(

Salut à toi. David Mitrani (d) 28 juin 2008 à 18:23 (CEST)

Arbre binaire ?

Si je comprends bien l'article, l'arbre phylogénétique est un arbre binaire (au sens informatique) par construction. Quand il y a plus de deux fils à un noeud, c'est plutôt une indétermination qu'on espère temporaire. Est-ce exact ? Si oui, pourquoi ne pas le dire clairement dans l'article ? Et si non, peut-on m'expliquer pourquoi / me fournir un contre-exemple ? GAllegre (d) 7 mars 2008 à 17:41 (CET)

La réponse est oui, et tu peux modifier l'article si tu trouves une meilleure formulation que ce qui est écrit. Merci à toi. David Mitrani (d) 7 mars 2008 à 21:23 (CET)

L'arbre de la vie est faux

Les trichomonades, Microsporidia et Diplomonades sont mal placés sur l'arbre illustrant la partie "Arbre phylogénétique du vivant". Les "Microsporidia" entre autre sont des champignons et donc dans la branche "fungi"

J'ai déplacé la phrase qui le disait, que j'avais ajoutée il y a quelques temps : elle est désormais plus visible, après les arbres.

Merci de signer tes "discussions" stp avec quatre tildes (~).

David Mitrani (d) 2 juillet 2011 à 23:04 (CEST)

Je sais que j'arrive longtemps après la guerre mais à ce tarif là si vous voulez des arbres justes il faut presque tous les remplacer : les eucaryotes et les archées sont des groupes plus récents que les eubactéries aussi ils devraient être placés à l'intérieur de celles-ci (ils émergent quelques part dans les bactéries Gram+ si je ne m'abuse) et pas à la base de l'arbre comme presque partout ici.

De façon générale je recommande la plus grande prudence avec les arbres phylogénétiques du vivant qu'on trouve aujourd'hui (même dans des ouvrages destinés aux étudiants en biologie), ceux-ci sont tous basés sur les travaux de Woese du début des années 90 qui tendaient effectivement à montrer que les eucaryotes, les archées et les eubactéries émergeaient et se séparaient tout les trois très tôt après le dernier ancêtre commun au vivant (à la base de l'arbre donc). On sait aujourd'hui que c'est faux. Rom0303 (discuter) 4 décembre 2014 à 17:52 (CET)

Fusion Arbre phylogénétique et Arbre évolutionnaire

Discussion transférée depuis Wikipédia:Pages à fusionner
Ces deux articles parlent de la même chose et désigne la même chose. Le premier aborde l'aspect plutôt actuel de la question tandis que le deuxième aborde plutôt l'aspect historique. Il est évident que ces articles doivent être fusionnés proprement. Je propose comme titre final de l'article Arbre évolutif, "évolutionnaire" étant un québécisme il est inacceptable. D'autres possibilités acceptables seraient "arbre évolutionniste" ou "arbre phylogénétique" mais ces deux dernières ne sont pas vraiment neutres, faisant implicitement référence aux systématiques évolutionniste ou cladiste. Iossif63 (d) 14 juin 2012 à 09:48 (CEST)

Les deux appellations semblent exister (en dehors du québécisme supposé), il semble y avoir une différence nette, l'un représentant tout (évol) et l'autre une partie (phylo). mikani (Disc) 15 juin 2012 à 17:57 (CEST)

Et même l'Arbre évolutionnaire est sur la théorie de Darwin plus généralement. mikani (Disc) 15 juin 2012 à 17:58 (CEST)

Pour Je suis tout à fait d'accord pour fusionner ces deux pages sous le nom français d'« Arbre phylogénétique » ("évolutionnaire" étant une francisation de l'anglais Evolutionary, calquée sur le mot "révolutionnaire"). "Évolutif" tout autant qu'"évolutionniste" sont connotés, et on parle en science de classification phylogénétique sans que cela ait nécessairement une connotation cladiste (même si aujourd'hui l'approche cladiste domine). Phylogénétique signifie simplement « formé d'embranchements ». --Spiridon Ion Cepleanu (d) 15 juin 2012 à 19:09 (CEST)

Fait. Jerome66 (d) 29 juin 2012 à 11:07 (CEST)

Informations sur les historiques

↳ Arbre phylogénétique (h · j · ↵) : 830 révisions sur 8 ans
↳ Arbre évolutionnaire (h · j · ↵) : 28 révisions sur 5 ans
La fusion des 2 historiques entraînera 29 changements d'articles (3%) sur 858 révisions.
Méthode suggérée pour respecter la licence (en cas de transfert de contenu) : utiliser {{Crédit d'auteurs|interne|titre de la source}} sur l'article et optionnellement {{auteurs crédités après fusion}} sur la page de discussion.

Confusions multiples

Je pose le bandeau à vérifier car cet article confond les notions suivantes et les amalgame toutes : arbre phylogénétique, arbre de parenté, diagramme phylogénétique, cladogramme, hiérarchie phylogénétique, etc. Je m'en occuperai moi-même si j'ai le temps, mais pas avant la fin de la semaine prochaine. BernZ (discuter) 29 mars 2018 à 08:42 (CEST)

Fabriquer son arbre

Bonjour, quelqu'un connait-il un logiciel pour faire des arbres phylogénétiques ? J'aimerais faire un arbre en demi-cercle, propre, et avec les taxons bien répartis les uns par rapport aux autres, mais sur paint la tâche devient vite compliquée... Si quelqu'un connait un site ou un logiciel à télécharger, merci d’avance ! — Le message qui précède, non signé, a été déposé par l'IP 82.250.164.30 (discuter), le 18 mai 2020 à 10:04 (CEST)