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Utilisateur:Chadi saad/Brouillon

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J'ai ajouté le tableau récapitulatif pour la comparaison

https://fr.wikipedia.org/wiki/S%C3%A9quen%C3%A7age_de_l'ADN (modifier la partie NGS)

<------------------------------------ Voici mes modifications ------------------------------------------------>

Séquençage haut débit (HTS) modifier

On désigne par séquençage haut débit (HTS pour high-throughput sequencing) aussi appelé NGS pour next-generation sequencing un ensemble de méthodes apparues à partir de 2005 produisant des millions de séquences en un run et à faibles coût. Le pyroséquençage appartient à ces nouvelles techniques. Elles se caractérisent par l'utilisation d'approches massivement parallèles, permettant de séquencer des centaines de milliers de fragments simultanément. Elles s'affranchissent des étapes de clonage et de constitution de banques génomiques. Elles permettent de séquencer à partir de molécules uniques d'ADN.

Comparaison des méthodes de séquençage nouvelle-génération[1][2] modifier

Méthode Longueur de la lecture précision Lecture par expérience temps d'expérience coût par 1 million de bases (en dollar américain $) Avantages Inconvénients
Séquençage d'une seule molécule en temps réel (Pacific Biosciences) 10,000 pb à 15,000 pb en moyenne (14,000 pb N50); longueur de lecture maximale >40,000 bases[3][4][5] 87%[6] 50,000 par cellule, ou 500–1000 megabases[7][8] 30 minutes à 4 heures[9] $0.13–$0.60 lectures longues. Rapide. Détecte 4mC, 5mC, 6mA[10] débit modérée,L'équipement peut être très coûteux
Ion semiconductor (Séquençage Ion Torrent) jusqu'à 400pb 98% jusqu'à 80 millions 2 heures $1 l'équipement le moins chère, rapide erreurs d'homopolymères
Pyroséquençage (454) 700 pb 99.9% 1 million 24 heures $10 lectures longues, rapide l'expérience coûte chère, erreurs d'homopolymères
Séquençage par synthèse (Illumina) 50 à 300 pb 99.9% jusqu'à 6 milliards 1 à 11 jours[11] $0.05 à $0.15 Potentiel de rendement élevé de séquence, selon le modèle de séquenceur et l'application souhaitée L'équipement peut être très coûteux. Nécessite des concentrations élevées d'ADN.
Sequençage par ligation (séquençage SOLiD) 50+35 ou 50+50 bp 99.9% NA 20 minutes à 3 heures $2400 lectures longues. Utile pour de nombreuses applications. Plus cher et peu pratique pour les grands projets de séquençage. Cette méthode nécessite aussi du temps pour l'étape de clonage de plasmide ou PCR.
  1. ↑ Michael A Quail, Miriam Smith, Paul Coupland et Thomas D Otto, « A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers », BMC Genomics, vol. 13,‎ , p. 341 (ISSN 1471-2164, PMID 22827831, PMCID 3431227, DOI 10.1186/1471-2164-13-341, lire en ligne, consulté le )
  2. ↑ Lin Liu, Yinhu Li, Siliang Li et Ni Hu, « Comparison of next-generation sequencing systems », Journal of Biomedicine & Biotechnology, vol. 2012,‎ , p. 251364 (ISSN 1110-7251, PMID 22829749, PMCID 3398667, DOI 10.1155/2012/251364, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ « New Products: PacBio's RS II; Cufflinks », sur GenomeWeb (consulté le )
  4. ↑ « After a Year of Testing, Two Early PacBio Customers Expect More Routine Use of RS Sequencer in 2012 », sur GenomeWeb (consulté le )
  5. ↑ (en-US) « Pacific Biosciences Introduces New Chemistry With Longer Read Lengths to Detect Novel Features in DNA Sequence and Advance Genome Studies of Large Organisms », sur GlobeNewswire News Room (consulté le )
  6. ↑ Chen-Shan Chin, David H. Alexander, Patrick Marks et Aaron A. Klammer, « Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data », Nature Methods, vol. 10,‎ , p. 563-569 (ISSN 1548-7105, PMID 23644548, DOI 10.1038/nmeth.2474, lire en ligne, consulté le )
  7. ↑ « De novo bacterial genome assembly: a solved problem? » (consulté le )
  8. ↑ David A. Rasko, Dale R. Webster, Jason W. Sahl et Ali Bashir, « Origins of the E. coli strain causing an outbreak of hemolytic-uremic syndrome in Germany », The New England Journal of Medicine, vol. 365,‎ , p. 709-717 (ISSN 1533-4406, PMID 21793740, PMCID 3168948, DOI 10.1056/NEJMoa1106920, lire en ligne, consulté le )
  9. ↑ Ben Tran, Andrew M. K. Brown, Philippe L. Bedard et Eric Winquist, « Feasibility of real time next generation sequencing of cancer genes linked to drug response: results from a clinical trial », International Journal of Cancer. Journal International Du Cancer, vol. 132,‎ , p. 1547-1555 (ISSN 1097-0215, PMID 22948899, DOI 10.1002/ijc.27817, lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ Iain A. Murray, Tyson A. Clark, Richard D. Morgan et Matthew Boitano, « The methylomes of six bacteria », Nucleic Acids Research, vol. 40,‎ , p. 11450-11462 (ISSN 0305-1048, PMID 23034806, PMCID 3526280, DOI 10.1093/nar/gks891, lire en ligne, consulté le )
  11. ↑ Arnoud H. M. van Vliet, « Next generation sequencing of microbial transcriptomes: challenges and opportunities », FEMS microbiology letters, vol. 302,‎ , p. 1-7 (ISSN 1574-6968, PMID 19735299, DOI 10.1111/j.1574-6968.2009.01767.x, lire en ligne, consulté le )
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