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Thiocyanate de guanidinium

composé chimique

Thiocyanate de guanidinium
Image illustrative de l’article Thiocyanate de guanidinium
Identification
Nom UICPA thiocyanate de guanidine
Synonymes

rhodanide de guanidinium

No CAS 593-84-0
No ECHA 100.008.922
No CE 209-812-1
PubChem 65046
SMILES
InChI
Apparence solide blanc sans odeur[1]
Propriétés chimiques
Formule brute C2H6N4S  [Isomères]
Masse molaire[2] 118,161 ± 0,008 g/mol
C 20,33 %, H 5,12 %, N 47,42 %, S 27,14 %,
pKa pH = 4,8 - 6,0 pour cc 1420 g/l à 20°C (solution saturée)[1]
Propriétés physiques
fusion 118 °C[1]
120−122 °C[3]
ébullition décomp. à T > 115 °C[1]
Solubilité H2O : 1 420 g·l-1 à 20 °C[1]
Masse volumique 1,29 g·cm-3 à 20 °C[1]
Précautions
SGH[3]
SGH05 : Corrosif
H314, H412, H302+H312+H332, P273, P280, P310, P305+P351+P338,
Transport[3]
-
   1759   

Unités du SI et CNTP, sauf indication contraire.

Le thiocyanate de guanidinium ou GITC est un sel composé des cations guanidinium, [CH6N3]+ qui est l'acide conjugué de la guanidine et d'anions thiocyanate. Il est principalement utilisé en biochimie comme agent de dénaturation des protéines général, donc comme agent chaotropique bien qu'il soit le plus communément utilisé pour l'extraction d'ADN et d'ARN[4].

Le thiocyanate de guanidinium peut être aussi utilisé pour désactiver un virus, comme le virus de la grippe qui a provoqué en 1918 la grippe espagnole, de sorte qu'il peut être étudié en toute sécurité. Cette application est vraisemblablement basée sur son activité de dénaturation.

Le thiocyanate de guanidinium est également utilisé pour lyser des cellules et des particules virales pour extraire ARN et ADN, et où, en plus de son action de lyse, il empêche en les dénaturant l'activité d'enzymes RNases et DNases qui pourraient endommager l'extrait.

Une méthode couramment utilisée est l'extraction "thiocyanate de guanidinium-phénol-chloroforme"[5],[6],[7]. Il n'est pas absolument nécessaire d'utiliser du phénol ou du chloroforme, si l'extraction est pour un northern blot ou un Southern blot, car l'électrophorèse sur gel suivie d'un transfert sur une membrane sépare l'ARN/ADN des protéines. En outre, étant donné que ces méthodes (northern ou Southern Blot) utilisent des sondes oligonucléotidiques marquées.[Quoi ?], des peptides qui parviennent à traverser le processus ne sont généralement pas d'importance, sauf si ce peptide a une activité RNase ou DNase, ou et seulement si une enzyme parvient à se renaturer, ce qui ne devrait pas se produire si les protocoles appropriés sont correctement suivis. Une exception possible peut être due à un travail avec des extrêmophiles hyperthermophiles parce que certaines enzymes de ces organismes peuvent rester stables dans des circonstances inhabituelles[8].

Notes et référencesModifier

  1. a b c d e et f [PDF] (en) feuille de données chez Merck.
  2. Masse molaire calculée d’après « Atomic weights of the elements 2007 », sur www.chem.qmul.ac.uk.
  3. a b c et d Fiche Sigma-Aldrich du composé Guanidine thiocyanate for molecular biology, ≥99%, consultée le 24/01/14.
  4. P. E. Mason et al., The hydration structure of guanidinium and thiocyanate ions: Implications for protein stability in aqueous solution, PNAS, 2003, vol. 100, no 8, p. 4557–4561. DOI:10.1073/pnas.0735920100.
  5. Chomczynski, P. & Sacchi, N., Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction., Anal. Biochem., 1987, vol. 162(1), p. 156-159. PMID 2440339.
  6. Chomczynski, P. & Sacchi, N., [PDF] The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on., Nat. Protoc., 2006, vol. 1(2), p. 581-585. PMID 17406285.
  7. Classic Protocols : [PDF] Purification of RNA from cells and tissues by acid phenol–guanidinium thiocyanate–chloroform extraction., Nat. Methods., 2006, vol. 3(2), p. 149.
  8. Shimomura O, Masugi T, Johnson FH, Haneda Y., Properties and reaction mechanism of the bioluminescence system of the deep-sea shrimp Oplophorus gracilorostris., Biochemistry, 1978, vol. 17(6), p. 994-8. PMID 629957.