Parvularia atlantis

Classification
Domaine	Eukaryota
Sous-domaine	Amorphea
Clade	Opisthokonta
Super-règne	Holomycota
Règne	Nucleariae
Classe	Fonticulea
Ordre	Fonticulida

Parvularia atlantis est une espèce d'amibes filopodiées qui a été isolée d'un lac à Atlanta et déposée dans l'American Type Culture Collection (ATCC) sous le nom de Nuclearia sp. ATCC 50694 de 1997 par T.K. Sawyer. Elle a été classée dans le genre Nuclearia du fait de sa ressemblance morphologique avec les espèces de ce genre, malgré sa petite taille (environ 4 µm de diamètre contre 9 à 60 µm pour les autres espèces). Par la suite, il a été déterminé qu'elle appartenait phylogénétiquement à une nouvelle lignée de Cristidiscoidea (ou Nucleariae)^[1], éloignée des genres Nuclearia et Fonticula — les deux autres genres précédemment décrits. On a attribué à cette espèce aux caractéristiques phylogénétiques et morphologiques particulières, un genre distinct (Parvularia) parmi les Holomycota.

P. atlantis n'est pas le premier cas où une amibe filopodiée a été attribuée par erreur au genre Nuclearia. L'amibe Capsaspora owczarzaki a déjà été décrite comme Nuclearia^[2], jusqu'à ce que les études phylogénétiques ne déplacent le genre Capsaspora des Holomycota aux Holozoaires^[3].

P. atlantis se nourrit de bactéries en forme de bâtonnets et présente des cellules uni- ou binucléées. Au cours de son cycle de vie, P. atlantis peut former des cellules kystiques sphériques qui contiennent une couche extracellulaire intégrée.

Ses données transcriptomiques sont disponibles^[4]^,^[5]^,^[6].

Position phylogénétique

Opisthokonta 1300 Ma

Holomycota

Nucleariae

	Parvularia

	Fonticula

Nuclearia

	Pompholyxophrys

	Lithocolla

Fungi s.l.

BCG2

FRESHOL1

	Fungi s.s. 410 Ma

Rozella

	Metchnikovellea

	Microsporea

Holozoa

Mesomycetozoa

Pluriformea

	Corallochytrium

	Syssomonas

Filozoa

Filasterea

Choanozoa 950 Ma

	Choanoflagellata

	Animalia 760 Ma

Notes et références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Parvularia atlantis » (voir la liste des auteurs).

↑ (en) David López-Escardó, Purificación López-García, David Moreira, Iñaki Ruiz-Trillo et Guifré Torruella, « Parvularia atlantis gen. et sp. nov., a Nucleariid Filose Amoeba (Holomycota, Opisthokonta) », Journal of Eukaryotic Microbiology, vol. 65, n^o 2,‎ 2017, p. 170–179 (ISSN 1550-7408, PMID 28741861, PMCID 5708529, DOI 10.1111/jeu.12450)
↑ A. Owczarzak, H. H. Stibbs et C. J. Bayne, « The destruction of Schistosoma mansoni mother sporocysts in vitro by amoebae isolated from Biomphalaria glabrata: an ultrastructural study », Journal of Invertebrate Pathology, vol. 35, n^o 1,‎ 1^er janvier 1980, p. 26–33 (PMID 7365267, DOI 10.1016/0022-2011(80)90079-8)
↑ (en) Iňaki Ruiz-Trillo, Christopher E. Lane, John M. Archibald et Andrew J. Roger, « Insights into the Evolutionary Origin and Genome Architecture of the Unicellular Opisthokonts Capsaspora owczarzaki and Sphaeroforma arctica », Journal of Eukaryotic Microbiology, vol. 53, n^o 5,‎ 1^er septembre 2006, p. 379–384 (ISSN 1550-7408, PMID 16968456, DOI 10.1111/j.1550-7408.2006.00118.x, S2CID 24862220)
↑ (en-US) Lab Multicellgenome et Torruella Guifré, « Transcriptome - Parvularia atlantis (Nuclearia sp. ATCC 50694) », Figshare,‎ 26 septembre 2017 (DOI 10.6084/m9.figshare.3898485.v4, lire en ligne)
↑ (en) Alex de Mendoza, Arnau Sebé-Pedrós, Martin Sebastijan Šestak, Marija Matejčić, Guifré Torruella, Tomislav Domazet-Lošo et Iñaki Ruiz-Trillo, « Transcription factor evolution in eukaryotes and the assembly of the regulatory toolkit in multicellular lineages », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 110, n^o 50,‎ 10 décembre 2013, E4858–E4866 (ISSN 0027-8424, PMID 24277850, PMCID 3864300, DOI 10.1073/pnas.1311818110 , Bibcode 2013PNAS..110E4858D)
↑ Hiroshi Suga, Guifré Torruella, Gertraud Burger, Matthew W. Brown et Iñaki Ruiz-Trillo, « Earliest Holozoan expansion of phosphotyrosine signaling », Molecular Biology and Evolution, vol. 31, n^o 3,‎ mars 2014, p. 517–528 (ISSN 1537-1719, PMID 24307687, PMCID 4342544, DOI 10.1093/molbev/mst241)

Bibliographie

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Parvularia atlantis, sur Wikispecies

(en) B. F. Lang, C. O'Kelly, T. Nerad, M. W. Gray et G. Burger, « The Closest Unicellular Relatives of Animals », Current Biology, Royaume-Uni, Cell Press et Elsevier, vol. 12, n^o 20,‎ 1^er octobre 2002, p. 1773-1778 (ISSN 0960-9822 et 1879-0445, OCLC 45113007, PMID 12401173, DOI 10.1016/S0960-9822(02)01187-9, lire en ligne).
(en) Bettina M. Scheel et Bernhard Hausdorf, « Dynamic evolution of mitochondrial ribosomal proteins in Holozoa », Molecular Phylogenetics and Evolution, Academic Press et Elsevier, vol. 76,‎ 13 mars 2014, p. 67-74 (ISSN 1055-7903 et 1095-9513, PMID 24631858, DOI 10.1016/J.YMPEV.2014.03.005).

Portail de la microbiologie

[1] (en) David López-Escardó, Purificación López-García, David Moreira, Iñaki Ruiz-Trillo et Guifré Torruella, « Parvularia atlantis gen. et sp. nov., a Nucleariid Filose Amoeba (Holomycota, Opisthokonta) », Journal of Eukaryotic Microbiology, vol. 65, n^o 2,‎ 2017, p. 170–179 (ISSN 1550-7408, PMID 28741861, PMCID 5708529, DOI 10.1111/jeu.12450)

[2] A. Owczarzak, H. H. Stibbs et C. J. Bayne, « The destruction of Schistosoma mansoni mother sporocysts in vitro by amoebae isolated from Biomphalaria glabrata: an ultrastructural study », Journal of Invertebrate Pathology, vol. 35, n^o 1,‎ 1^er janvier 1980, p. 26–33 (PMID 7365267, DOI 10.1016/0022-2011(80)90079-8)

[3] (en) Iňaki Ruiz-Trillo, Christopher E. Lane, John M. Archibald et Andrew J. Roger, « Insights into the Evolutionary Origin and Genome Architecture of the Unicellular Opisthokonts Capsaspora owczarzaki and Sphaeroforma arctica », Journal of Eukaryotic Microbiology, vol. 53, n^o 5,‎ 1^er septembre 2006, p. 379–384 (ISSN 1550-7408, PMID 16968456, DOI 10.1111/j.1550-7408.2006.00118.x, S2CID 24862220)

[4] (en-US) Lab Multicellgenome et Torruella Guifré, « Transcriptome - Parvularia atlantis (Nuclearia sp. ATCC 50694) », Figshare,‎ 26 septembre 2017 (DOI 10.6084/m9.figshare.3898485.v4, lire en ligne)

[5] (en) Alex de Mendoza, Arnau Sebé-Pedrós, Martin Sebastijan Šestak, Marija Matejčić, Guifré Torruella, Tomislav Domazet-Lošo et Iñaki Ruiz-Trillo, « Transcription factor evolution in eukaryotes and the assembly of the regulatory toolkit in multicellular lineages », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 110, n^o 50,‎ 10 décembre 2013, E4858–E4866 (ISSN 0027-8424, PMID 24277850, PMCID 3864300, DOI 10.1073/pnas.1311818110 , Bibcode 2013PNAS..110E4858D)

[6] Hiroshi Suga, Guifré Torruella, Gertraud Burger, Matthew W. Brown et Iñaki Ruiz-Trillo, « Earliest Holozoan expansion of phosphotyrosine signaling », Molecular Biology and Evolution, vol. 31, n^o 3,‎ mars 2014, p. 517–528 (ISSN 1537-1719, PMID 24307687, PMCID 4342544, DOI 10.1093/molbev/mst241)

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