La liste des musées de l'Yonne présente les musées du département français de l'Yonne.
Quatre musées du département ont été labellisés Label musée de France : le musée Leblanc-Duvernoy, le musée Saint-Germain, le musée de Sens et le musée Zervos.
| Nom du musée | Commune | Adresse | Coordonnées | Thèmes | Labels | Dateouverture | Datefermeture | Fréq. | Illustration
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| Avallonais !Musée de l'Avallonnais | Avallon !Avallon | 5, rue du Collège89120 Avallon | 47° 29′ 13″ nord, 3° 54′ 24″ est | Archéologie, ethnologie, art | 1862 | 
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| Vigne !Musée de la vigne de Coulanges-la-Vineuse | Coulanges-la-Vineuse !Coulanges-la-Vineuse | 46 Rue André Vildieu | 47° 41′ 59″ nord, 3° 34′ 41″ est | Vigne (pressoir) |  | ||||
| Fabuloserie !Fabuloserie | Dicy !Dicy | 1, rue des canes89120 Dicy | 47° 56′ 00″ nord, 3° 06′ 23″ est | Art brut | 1983 |
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| Musee en Florentinois !Musée en Florentinois | Saint Florentin !Saint-Florentin | Avenue du Général Leclerc89600 Saint-Florentin | à géolocaliser | Vie ruraleHistoire locale | Musée cantonal | 1982 |
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| Musee Leblanc Duvernoy !Musée Leblanc-Duvernoy | Auxerre !Auxerre | 9 bis, rue d'Egleny89000 Auxerre | 47° 47′ 43″ nord, 3° 33′ 58″ est | FaïencePeinture | Label musée de France | 2 664 (2007) |
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| Musee Saint-Germain !Musée Saint-Germain | Auxerre !Auxerre | 2 bis, place Saint-Germain89000 Auxerre | 47° 48′ 02″ nord, 3° 34′ 19″ est | HistoireArchéologie | Label musée de France |  | |||
| Musée de la Résistance-Groupe Bayard !Musée de la Résistance-Groupe Bayard | Joigny !Joigny | 5 Rue Boffrand, 89300 Joigny89300 | à géolocaliser | HistoireRésistance | 1945 |
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| Musee de Sens !Musée de Sens | Sens !Sens | Place de la Cathédrale89100 Sens | 48° 11′ 51″ nord, 3° 17′ 07″ est | Musée gallo-romainArchéologiePeintureSculpture | Label musée de France | 33 305 (2007) |  | ||
| Musee Zervos !Musée Zervos | Vezelay !Vézelay | Rue Saint-Étienne89450 Vézelay | 47° 27′ 50″ nord, 3° 44′ 36″ est | Art moderne | Label musée de France |  | |||
| Musee Colette !Musée Colette | Saint Sauveur en Puisaye !Saint-Sauveur-en-Puisaye | Place du château89520 Saint-Sauveur-en-Puisaye | 47° 37′ 21″ nord, 3° 15′ 39″ est | Littérature (Colette) | Label musée de France | 1995 |  | ||
| Musee Colette !Musée d'Histoire de Villeneuve-sur-Yonne | Villeneuve-sur-Yonne !Villeneuve-sur-Yonne | 48° 05′ 05″ nord, 3° 17′ 42″ est | ArchéologiePréhistoire | 1978 |  | ||||
| Musee du patrimoine de Saint-Julien-du-Sault !Musée du patrimoine culturel de Saint-Julien-du-Sault | Saint-Julien-du-Sault !Saint-Julien-du-Sault | 47° 58′ 55″ nord, 3° 23′ 51″ est | Patrimoine |  | |||||
| Moulin du Vanneau !Moulin du Vanneau | Saints-en-Puisaye !Saints-en-Puisaye | 47° 38′ 02″ nord, 3° 14′ 51″ est | Vie rurale |  | |||||
| Musée des fouilles des Fontaines Salees !Musée des fouilles des Fontaines Salées | Saints-Pere !Saint-Père | 47° 27′ 29″ nord, 3° 45′ 54″ est | Site archéologique des Fontaines Salées |  | |||||
| Musée de l'Aventure du Son !Musée de l'Aventure du Son | Saint-Fargeau !Saint-Fargeau | 47° 38′ 29″ nord, 3° 04′ 15″ est | Son | 1995 |  | ||||
| Musée des Arts populaires de Laduz !Musée des Arts populaires de Laduz | Laduz commune de Valravillon !Laduz | 22, rue du Monceau | 47° 52′ 58″ nord, 3° 25′ 08″ est | Arts populaires, métiers et artisanats populaires | Médaille d'or du tourisme | 1986 |
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| Musée d'art et d'histoire de Puisaye !Musée d'art et d'histoire de Puisaye | Villiers-Saint-Benoît !Villiers-Saint-Benoît | 5 Rue Paul Huillard | à géolocaliser | Art et histoire | Label musée de France |
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