Sofia trouve des preuves irréfutables que Whistler lui ment, il n'est pas pêcheur mais il a une identité secrète, c'est un membre haut placé de la Compagnie, c'est pour cette raison que la Compagnie souhaite tant le libérer.

Elle doute de lui, et trouve réconfort dans les bras de Lincoln. Ils tombent amoureux.

Michael, Whistler, T-Bag, Lechero, Mahone, Bellick s'échappent de Sona.

A leur sortie, ils se dispersent mais Michael, ses amis et Whistler se retrouvent face à la Compagnie.

Après de nombreux coups de feux, combats, etc... Michael, Lincoln, Sofia et Sucre s'en sortent sans LJ, mais ont gardé Whistler avec eux en otage.

L'intrigue de la saison 4 sera donc similaire à celle de la saison 2 : "S'enfuir".

La Compagnie est aux trousses des évadés, Michael et Lincoln doivent s'arranger pour faire l'échange entre Whistler et LJ.

En parallèle, il y aura beaucoup d'animosité entre Lincoln et Whistler, les 2 prétendants pour conquérir le coeur de la belle Sofia.