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Les premières traces d'habitations sur le territoire de la commune remontent IVe siècle avant J-C, avec la présence d'un comptoir commercial grec, Olbia d'un sanctuaire dédié au dieu Aristée, ainsi que d'une pierre à cupules situé sur la colline du Castéou, sur les hauteurs de la ville. Cependant, des traces bien plus anciennes attestent de la présence d'hommes préhistoriques sur les îles d’Hyères lors de la Préhistoire. Au IIe siècle avant J-C, des romains s'installent à proximité de la cité grecque d'Olbia et fondent leur propre colonie, Pomponiana.
Lors du Moyen Âge, la cité médiévale est citée pour la première fois en 963. En 972, Pons de Fos devient seigneur d'Hyères et, après avoir chassé les Sarrasins, construit l'actuel Château d'Hyères, en pierre, aujourd’hui en ruines, à l'emplacement d'un précédent château en bois. En 1254, au retour de la septième croisade, Saint-Louis séjourne à Hyères puis, quelques années plus tard, en 1257, les seigneurs de Fos, ruinés, doivent vendre toutes leurs terres au comte de Provence, Charles II d'Anjou. En 1347, une terrible épidémie de peste décime la population de la ville, qui passe de 5000 habitants à 1900, un siècle après l'épidémie. Un an plus tard, en 1348, la reine Jeanne séjourne à son tour au château et en 1481 la ville est intégrée au domaine royal.
Le dernier roi à venir à Hyères est Charles IX, qui y séjourne en 1564, avec sa mère, Catherine de Médicis. En 1580, une nouvelle épidémie de peste fait, à nouveau, de nombreux morts. C'est à cette époque, à la fin des guerres de religions, en 1620, que le château fort est démantelé, sous les ordres de Louis XIII.
Lors de la révolution française, quelques émeutes ont lieu. Lamartine séjourne dans la ville en 1840 et celle-ci se soulève le 5 décembre 1851, lors du coup d'État de Louis-Napoléon Bonaparte.