Discussion:Algorithme de Smith-Waterman
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Autocitation modifier
Bonjour,
Dans les références, j'ai cité un ouvrage dont je suis l'un des deux auteurs (Bioinformatique, Dardel & Képès). Vous pourriez considérer que c'est une forme d'autopromotion déplacée sur WP. D'un autre coté, c'est à ma connaissance l'un des seuls ouvrages en français qui explique en détails cet algorithme et j'ai réécrit l'essentiel de cet article, pour donner la même information (ou presque) sous licence libre, y compris les figures (refaites). On pourrait donc aussi considérer que je me tire une balle dans le pied en me privant de la possibilité de vendre mon ouvrage et de toucher des droits d'auteur (modestes...), puisque quasiment tout est désormais dans WP.
A vous de voir... Si vous trouvez que j'exagère, vous pouvez enlever la ref, je ne le prendrais pas mal...
--Fdardel (discuter) 29 mars 2014 à 09:23 (CET)
- À mon avis il n'y a pas de problème: le livre parait être une référence du domaine (traduit en anglais chez Wiley d'après ce que j'ai vu), et en plus il est en français, donc il a parfaitement sa place ici.
- Merci pour l'article ! --Roll-Morton (discuter) 8 avril 2014 à 13:35 (CEST)
Une formulation modifier
Bonjour,
dans la section "Alignement et score", je pense que l'on pourrait introduire la notion de similarité plus rapidement, quelques chose du type : "dans certains cas, notamment pour les séquences de protéines, certains allignements de caractères différents sont meilleurs que d'autres, c'est pourquoi on introduit la notion de similarité". C'est mal dit mais c'est l'idée, le developpement coupe un peu la lecture, surtout si on est interessé uniquement par l'algorithmique. Il peut être mis en note, et même developpé dans l'article "matrice de similarité" je pense.
Enfin c'est du pinaillage !--Roll-Morton (discuter) 8 avril 2014 à 13:28 (CEST)
Pénalité de gap (même soucis que dans Wunch et Neeelman) modifier
Bonjour, Vous parlez d'amélioration en transformant une pénalité de gap linéaire en affine (pas de soucis à ça). Mais vous oubliez de le rajouter dans l'algorithme (même en linéaire)... Ce n'est pas uniquement M(i-1,j)+Delta... mais max(x>=1)(M(i-x,j)+Delta(x)) qu'il faut prendre... et de même pour j... C'est du moins ce que j'ai dans mon cours...
Merci
- Ce que vous écrivez correspond à une pénalité de gap quelconque, non-linéaire. Le problème de cette manière de faire, parfaitement possible, est que le coût en temps de calcule passe de O(n2) à O(n3), où n est la longueur des séquences comparées. Cette augmentation provient de la nécessité de faire une boucle sur votre paramètre x (dans votre notation). Dans la pratique, cette augmentation d'un coût quadratique à un coût cubique est souvent prohibitive et la méthode que vous indiquez n'est donc pas utilisée. En revanche, l'algorithme de Gotoh,Smith & Waterman permet d'introduire des pénalités de gap affines (non-linéaires), tout en restant O(n2). Dans cette méthode, il y a une distinction entre le coût d'ouverture de gap (élevé) et le coût d'allongement d'un gap déjà ouvert (plus faible). Cette amélioration de l'algorithme de Smith-Waterman nécessite d'utiliser 3 matrices et plus 1 seule, pour gérer de manière distincte les coûts d'ouverture et d'allongement de gap. --Fdardel (discuter) 19 janvier 2015 à 19:17 (CET)