Caenorhabditis
genre de nématodes
Caenorhabditis
Caenorhabditis elegans hermaphrodite adulte.
| Règne | Animalia |
|---|---|
| Embranchement | Nematoda |
| Classe | Secernentea |
| Ordre | Rhabditida |
| Famille | Rhabditidae |
- Rhabditis (Caenorhabditis) Osche, 1952
Caenorhabditis est un genre de nématodes vivant dans des environnements riches en bactéries. Il contient l’organisme modèle Caenorhabditis elegans, ainsi que de nombreuses autres espèces dont le génome a été séquencé.
Le nom est formé des deux racines grecques caeno- (καινός (caenos), récent), et rhabditis (ῥάβδος (rhabdos), tige, bâton).
Liste d'espèces modifier
Selon NCBI (30 octobre 2019)[2], le genre appartient à la sous-famille des Peloderinae avec les genres Pellioditis et Pelodera, et comprend les espèces suivantes :
- Caenorhabditis afra
- Caenorhabditis angaria
- Caenorhabditis astrocarya
- Caenorhabditis becei
- Caenorhabditis brenneri
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis briggsae x Caenorhabditis nigoni
- Caenorhabditis castelli
- Caenorhabditis dolens
- Caenorhabditis doughertyi
- Caenorhabditis drosophilae
- Caenorhabditis elegans
- Caenorhabditis guadeloupensis
- Caenorhabditis imperialis
- Caenorhabditis inopinata
- Caenorhabditis japonica
- Caenorhabditis kamaaina
- Caenorhabditis latens
- Caenorhabditis macrosperma
- Caenorhabditis maupasi
- Caenorhabditis monodelphis
- Caenorhabditis nigoni
- Caenorhabditis nouraguensis
- Caenorhabditis nouraguensis x Caenorhabditis becei
- Caenorhabditis panamensis
- Caenorhabditis parvicauda
- Caenorhabditis plicata
- Caenorhabditis portoensis
- Caenorhabditis quiockensis
- Caenorhabditis remanei
- Caenorhabditis sinica
- Caenorhabditis sonorae
- Caenorhabditis sulstoni
- Caenorhabditis tribulationis
- Caenorhabditis tropicalis
- Caenorhabditis uteleia
- Caenorhabditis virilis
- Caenorhabditis vivipara
- Caenorhabditis waitukubuli
- Caenorhabditis wallacei
- Caenorhabditis yunquensis
- Caenorhabditis zanzibari
autres espèces de Caenorhabditis non nommées :
- Caenorhabditis sp. 1 TAC-2019
- Caenorhabditis sp. 1 TWN1898
- Caenorhabditis sp. 10 JR-2014
- Caenorhabditis sp. 10 TWN510
- Caenorhabditis sp. 11 RJ-2013
- Caenorhabditis sp. 16 NG-2017
- Caenorhabditis sp. 2 KK-2011
- Caenorhabditis sp. 2 TWN2542
- Caenorhabditis sp. 21 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 23 AD-2012
- Caenorhabditis sp. 26 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 3 TWN2594
- Caenorhabditis sp. 31 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 32 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 38 MB-2015
- Caenorhabditis sp. 39 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 4 TWN1772
- Caenorhabditis sp. 40 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 43 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 5 GVDU-2019
- Caenorhabditis sp. 6 TWN1824
- Caenorhabditis sp. 7 GVDU-2019
- Caenorhabditis sp. 8 KK-2011
- Caenorhabditis sp. 8 TWN1907
- Caenorhabditis sp. 9 AC-2009
- Caenorhabditis sp. 9 TWN2033
- Caenorhabditis sp. DF5070
- Caenorhabditis sp. JLR-2009
- Caenorhabditis sp. JU727
- Caenorhabditis sp. SB341
Génétique modifier
Liste des espèces séquencées modifier
- Caenorhabditis brenneri - génome séquencé
- Caenorhabditis briggsae - génome séquencé en 2003[4]
- Caenorhabditis elegans - génome séquencé en 1998[5]
- Caenorhabditis japonica - génome séquencé
- Caenorhabditis remanei - génome séquencé
Études phylogénétiques modifier
| Cladogramme des espèces de Caenorhabditis selon Félix et al. (avril 2014) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Cladogramme des espèces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer", une portion d'ADN située entre les gènes de la petite et de la grande sous-unité de l'ARN. |
Une étude phylogénétique réalisée en 2014 révèle la présence de deux super-groupes, 'Elegans' et 'Drosophilae et de deux groupes ('Elegans' et 'Japonica') au sein du super-groupe 'Elegans'. Cette étude révèle aussi que C. nigoni est l'espèce-sœur de C. briggsae tandis que C. elegans est seul, basal dans le groupe 'Elegans'[6].
Une autre étude de 2019 ajoute C. inopinata comme espèce la plus proche de C. elegans. Elle révèle aussi que C. monodelphis est l'espèce la plus basale dans l'arbre phylogénétique[7].
Notes et références modifier
- (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische Jahrbücher (Abt. 1), 81, p. 190–280.
- NCBI, consulté le 30 octobre 2019
- Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011
- (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, no 2, , p. 166–192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)
- (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282, , p. 2012–2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)
- (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI 10.1371/journal.pone.0094723
- (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, Marie‐Anne Félix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise Frézal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI 10.1002/evl3.110.
Liens externes modifier
- (en) Référence Catalogue of Life : Caenorhabditis Osche, 1952 (consulté le )
- (en) Référence Fauna Europaea : Caenorhabditis
- (fr + en) Référence ITIS : Caenorhabditis
- (en) Référence Animal Diversity Web : Caenorhabditis
- (en) Référence NCBI : Caenorhabditis (taxons inclus)
