Discussion Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Mai 2013

Rafraîchissement d'un BA

Bonsoir, comme pour le faucon pèlerin plus haut, je propose qu'on réactualise absolument le BA Archaeopteryx : les liens rouges me semblent assez nombreux ; la francisation en "archéoptéryx" me semble à éviter en dehors de l'introduction ; la taxinomie est trop peu développée, ne référençant qu'à peine l'étude de 2011 : le classant temporairement dans les Deinonychosauria, dans la famille des Archaeopterygidae, avec Wellnhoferia (possible synonyme), Anchiornis et Xiaotingia (aujourd'hui des Troodontidae) ; apparemment, il n'y a qu'une espèce valide ; l'ordre "Archaeopterygiformes" est peut-être obsolète ; une photo d'un fossile pour la taxobox est plus adaptée qu'une reconstitution hypothétique ; il manque l'info concernant les restes fossiles de la coloration du plumage ; il n'y a même pas la fameuse plume fossile, la première découverte ; Un point d'interrogation est présent dans "Éthologie" ; il n'y a pas de comparaisons avec l'hoatzin, Protoavis et éventuellement Archaeoraptor ; de plus, je suis sure que la partie "culture" peut être plus développée (ce piaf étant souvent considéré comme le "chaînon manquant")... Bref (j'ai d'autres petites remarques), tout cela pour éviter une éventuelle destitution de l'article. Ce serait peut-être le début d'une nouvelle labélisation ? 77.201.134.232 (d) 01 mai 2013 à 20:49 (CET)

bonne idée, je vais demander son avis à Von Tashounette. --Blagla (d) 2 mai 2013 à 13:39 (CEST)

Bonjour,

Le papier de 2011 de X. Xu se base essentiellement sur deux faits : la description du nouveau Xiaotingia, et la référence à la redescription en 2010 d'un nouveau specimen d'Archaeopteryx, plus complet, lequel laisse apparaître, notamment, la disposition particulière du deuxième orteil, typique des raptors. L'analyse phylogénétique de X. Xu place pour l'instant Xiatingia (sp. et gen. nov.), Archaeopteryx et Anchiornis dans un même taxon, faisant partie de celui des deinonychosaures.

A ma connaissance, ni Xiaotingia, ni Archaeopteryx n'ont jamais été inclus dans les troodontidae. Xiaotingia a été placé directement dans les Archaeopterygidae, créés spécialement pour lui, Archaeopteryx y a été déplacé depuis les Aves, et Anchiornis depuis les Troodontidae, effectivement.

X. Xu soulève le fait que cette découverte remet en cause beaucoup de choses concernant la taxonomie des oiseaux, et propose de prendre l'info avec précautions, en attendant confirmation.

Sans aucune prétention, je dois dire que l'analyse taxinomique que je peux faire avec les données qu'il propose me mène au même résultat. Pour le moment, aucun fait sérieux n'est venu ni étayer, ni contredire cette nouvelle théorie, mais Buffetaut a exprimé, dans une interview donnée à Sciences & Vie, un avis sur celle-ci, qu'il estime tout à fait plausible, à défaut de pouvoir l'étayer...

Sortir l'Archaeopteryx des oiseaux fait un choc... Mais fondamentalement, cela ne remet pas grand chose en question... Il est intéressant de noter que, selon le modèle proposé par Czerkas, l'extension des Aves pour y inclure les Deinonychosaures (qui pourraient être des descendants de formes volantes réadaptées secondairement au sol) met tout le monde d'accord, en acceptant la position de l'Archaeopteryx au sein des raptors et des oiseaux...

Pour ce qui est des différentes espèces d'Archaeopteryx, et éventuellement de Wellnoferia, il n'y a sans doute pas lieu de s'alarmer non plus... On est actuellement quasiment à un nom d'espèce par spécimen, ce qui ne devrait pas permettre d'en faire des description très élaborées si l'on s'y cantonne... Il y a bien quelques variations entre les spécimens (de taille, notamment), qui pourraient justifier un placement dans des espèces séparées, mais de là à ériger un genre...

Je pense que le fait que tous ces spécimens fassent partie d'un même taxon, qu'on le considère comme espèce, genre, ou même sous-famille, fait consensus, et c'est ce taxon-là qui intéresse le lecteur lorsqu'il recherche des infos sur l'Archaeopteryx... Les specimens attribuables à Wellnoferia devraient donc, imho, y être traités, quitte à être repris par ailleurs...

— Le message qui précède, non signé, a été déposé par TheF (discuter), le 15 mai 2013 à 09:31

Rebonsoir, un rebondissement extrêmement récent sur la classification dArchaeopteryx, une étude réaffirme le statut d'oiseau pour celui-ci depuis la découverte d'un probable piaf encore plus primitif : lAurornis. Je maintient toujours qu'il faut impérativement rajeunir ce BA, on peut éviter une possible rétrogradation de l'article. --77.195.116.118 (d) 30 mai 2013 à 21:01 (CEST)

Je reste sceptique, sur les articles de S&A... Je pourrai me prononcer quand j'aurai lu l'article original, et, surtout, les données utilisées. X. Xu fournit une base de donnée très exhaustive en complément de son article. Son étude se base notamment sur l'analyse de la redescription du dernier spécimen dArchaeopteryx, le mieux conservé. Certains indices laissent perplexes... notamment sur la position recourbée du deuxième orteil, considérée comme caractéristique des deinonychosaures... Si l'étude de Godefroit est exacte, à savoir que les Troodontidae sont le groupe frère des oiseaux, et que lArchaeopteryx est bien un oiseau, alors ce deuxième orteil serait un caractère ancestral des Paraves, et non des Deinonychosaures, avec une perte secondaire chez les oiseaux... Ce caractère étant apparemment bien présent chez Archaeopteryx, reste à savoir s'il était présent chez Aurornis... Ce dont l'article de S&A ne fait pas mention... Les photos publiées jusqu'à présent ne le montrent pas de manière évidente... J'aimerais vraiment lire l'analyse de Godefroit... -TheF (d) 31 mai 2013 à 15:32 (CEST)

Complétion de la taxobox ?

Bonsoir, je débute et j'ignore en fait si c'est possible, mais peut-on insérer deux images dans la taxobox ? Dans le cas contraire, ça pourrait être utile pour les taxons ayant un dimorphisme sexuel, un pelage (ou plumage) entre l'adulte et le juvénile, la saison de reproduction ou non et la saison d'été ou d'hiver trop différent. De plus, le rang « Micro-embranchement » (exemple : Eugnathostomata) n'existe pas et peut servir. J'ajoute que le bandeau « Présence fossile » (comme chez les anglophones) a peut-être son utilité dans la taxobox. 77.201.134.232 (d) 04 mai 2013 à 23:57 (CET)

Cela me parait être une très bonnes idées, mais imagine alors un champignon jeune, adulte, vieux, déliquescent: diviserais-tu l'image en quatre, pour un papillon, tu présenterais la chenille, le cocon, l'adulte, etc ...--Breugelius (d) 5 mai 2013 à 00:27 (CEST)

Bonjour. A propos de la seconde image dans la taxobox, on recommande plutôt d'avoir recours à une galerie dans la partie description du texte ou au photo montage (voir cette longue discussion). Pour l'échelle, voir la dernière discussion à ce propos, restée en suspens. Pour le micro-embranchement, il faudrait demander cela je pense à Utilisateur:Liné1. --Amicalement, Salix ^[Converser] 5 mai 2013 à 00:42 (CEST)

Conflit d’édition —

Voir Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Janvier 2013#Du ménage dans les taxobox ? (arbre à fruits non comestible inside).

Il est possible de mettre deux images dans la taxobox, mais ce n’est pas souhaitable. Il est possible de faire une demande à l’atelier graphique pour faire un montage et regrouper dans une seule image les images de dimporphisme sexuel, etc. cf. Wikipédia:Atelier graphique.

Et surtout : il est souhaitable de créer et remplir les sections de descriptions, accompagnées des illustrations adéquates. TED 5 mai 2013 à 00:43 (CEST)

Je plussoie, avec le même avis qu'à l'époque : il y a eu un gros travail de réduction de la longueur des taxobox. Ajouter des images dans celles-ci va à l'inverse de cette démarche.

Il y a d'autres cas où une espèce ne peut être visuellement décrite qu'avec de très nombreuses images : œuf, larve, juvénile, adulte(s) (il existe des espèces qui ont plusieurs formes adultes), dimorphisme. Et au delà les espèces avec forte variabilité interne : mélanisme (qui n'est pas exceptionnel chez certaines espèces), variétés locales (certains caméléons ou geckos ont des dizaines de variétés de couleurs/motifs).

Je pense qu'il ne faut pas considérer la taxobox comme une zone devant servir à une stricte identification visuelle, c'est avant tout un résumé taxinomique, présentant une illustration de l'espèce.

Comme dit plus haut la section Description est là pour prendre en compte la description détaillée de l'espèce, incluant les variations possibles au sein de cette espèce selon les individus, les régions…

Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2013 à 12:35 (CEST)

Mon avis ne diffère ni de celui de TED ni de celui d'Hexasoft. Je précise. Pour moi, la seule fonction de l'image de la taxobox est l'illustration : fournir une image du taxon considéré. Imaginerait-on, par exemple, fournir dans la taxobox d'un genre les images de toutes les espèces qui y sont rattachées sous prétexte qu'elles ne se ressemblent pas toutes ? Le corps de l'article et ses différentes sections sont là pour cela. Mais, évidemment, cela demande un effort de documentation et de rédaction. --Jymm (flep flep) 5 mai 2013 à 13:06 (CEST)

Parc provincial de Saint-Malo au label BA?

On reste sur notre fin avec cet article très court. Certes on peut labelliser mais bon...--80.118.74.192 (d) 5 mai 2013 à 14:56 (CEST)

On peut pas toujours écrire 6 à 7000 mots sur un parc. On parle d'un parc créé purement dans un but récréatif avec pas vraiment de patrimoine culturel et à peine plus au niveau naturel. C'est probablement le type de parc d'État ou provincial le plus courant en Amérique du Nord. Certains pars provinciaux du Manitoba ne sont que que haltes routières ou des accès publiques à un lac! Bon, pour ne pas trop vous laisser sur votre faim, j'ai un parc beaucoup plus long à soumettre après celui-ci. --Fralambert (d) 6 mai 2013 à 03:58 (CEST)

Et dire que l'IUCN classe ça en "aires protégée"...snif Triton (d) 6 mai 2013 à 09:03 (CEST)

Je vous invite à voter ici. --Fralambert (d) 2 juin 2013 à 01:49 (CEST)

Amibozoaires (suite)

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Nouveau message dans section oubliée. → Voir

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Renvoi ajouté par Amicalement, Salix ^[Converser] 6 mai 2013 à 15:16 (CEST).

Cas du mouflon

Bonjour, tout le monde sait que la classification des mouflons est extrêmement peu évidant, mais le gros travail serait de faire un tri massif des liens interwikis pour les articles suivants : Ovis orientalis (ou Ovis aries d'après MSW : le « Mouflon oriental »), l'Urial (Ovis orientalis vignei ?, sous-espèce orientale du premier) et le Mouflon corse (Ovis orientalis musimon : moutons marrons, à l'origine des mouflons en Europe)... Il y a de quoi choper le cancer... 77.201.134.232 (d) 06 mai 2013 à 16:15 (CET)

Prononciation de « Plancton »

Salut,
Je cherche des infos sur la prononciation de Plancton. Le Wikitionnaire m'indique que l'on dit /plɑ̃k.tɔ̃/, c'est d'ailleurs comme ça que je l'ai toujours entendu. Néanmoins, lors de plusieurs conférences liées au milieu marin que j'ai suivi, des chercheurs l'ont prononcé /plɑ̃k.tɔn/ (« Planctone » pour ceux qui, comme moi il y a 10 minutes, ne lisent pas l'alphabet phonétique couramment). Au début j'ai cru à un bafouillage, mais comme cette prononciation a été répétée dans des conf. différentes par des personnes différentes je cherche à comprendre. Avez vous déjà entendu cette prononciation et sauriez vous me l'expliquer ? — Mirgolth 13 mai 2013 à 17:14 (CEST)

Un glissement des usages comme taxonomie versus taxinomie [1] ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 13 mai 2013 à 18:09 (CEST)

Je dirais plutôt une influence de l'anglais, voire de l’allemand. On entend aussi parfois /plɑ̃.tɔ̃/, comme « planton »... - Cymbella (répondre) - 13 mai 2013 à 21:51 (CEST)

Le mot vient du grec, via l'allemand [2]. Dans ce cas, c'est plutôt une dé-francisation . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 13 mai 2013 à 21:57 (CEST)

Influence de l’anglais dans le milieu scientifique où nagent les chercheurs (et je sais de quoi je parle, ayant un doctorat en océanologie biologique et environnement marin). On doit dont bien prononcer en bon français : /plɑ̃k.tɔ̃/ (qui rime avec « bonbon », comme dirait Jacques Brel). TED 13 mai 2013 à 23:10 (CEST)

J'avais chercher du coté des racines grecques mais je n'avais pas pensé à un anglicisme de la prononciation. En tous cas vos messages me rassure quant à la prononciation « normale » du nom je commençait a m’inquiéter — Mirgolth 14 mai 2013 à 01:33 (CEST)

Si j'en crois Gotlib, on dit /plɑ̃k.tɔ̃/, puisque ça permet des jeux de mots désopilants sur le planton marin, celui qui fait le planton dans la marine. Après, pour ce que ça vaut... Goodshort (d) 13 mai 2013 à 23:36 (CEST)

Moi qui suis d'une génération probablement très antérieure à la vôtre (je suis entré en fac en 1959) et qui fus biologiste marin, je peux vous assurer que dans ces temps immémoriaux, la prononciation très majoritaire était « planctonne ». On n'entendait guère la prononciation francisée que dans la plaisanterie « Où s'planque-t-y c' plancton ? ». A priori, les grecs ne nasalisaient pas et le nu (ν) final devait se prononcer. Contrairement à votre sentiment, le glissement a donc eu lieu dans le sens inverse. En revanche, j'ai toujours entendu neuston et pleuston nasalisés. Mais cela a-t-il une quelconque importance ? --Jymm (flep flep) 14 mai 2013 à 07:51 (CEST)

Ce serait donc bien une dé-francisation . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 14 mai 2013 à 11:08 (CEST)

Pour le Tlfi, c'est bien /plɑ̃ktɔ̃/. Et "plancton" serait attesté en français depuis 1893. --82.250.193.250 (d) 14 mai 2013 à 15:51 (CEST)

Un seul article…

… et Portail:Biologie (29 865 catégories – 234 933 articles – Suivi) devient le sixième des portails comptant 100 000 articles ou plus ! Thierry Caro (d) 14 mai 2013 à 16:36 (CEST)

Comme Sittelle superbe ? L'est-y pas beau c't'oiseau ? Totodu74 (devesar…) 14 mai 2013 à 16:48 (CEST) PS : Y'a des gonfleurs de chiffres !

J’ai ajouté Catégorie:Portail:Biologie/Articles liés dans les modèles de portail en lien avec la biologie où il manquait :

• Modèle:Portail cétacés,
• Modèle:Portail écologie,
• Modèle:Portail paléontologie,
• Modèle:Portail virologie,
• et Modèle:Portail plantes utiles.

Cela devrait donc ajouter quelques pages.

La catégorie est déjà présente sur les autres modèles de bandeau portail en lien avec biologie (sauf si j’en ai oublié) :

• Modèle:Portail biologie (évidemment),
• Modèle:Portail biochimie,
• Modèle:Portail biologie cellulaire et moléculaire,
• Modèle:Portail biologie marine,
• Modèle:Portail microbiologie,
• Modèle:Portail arachnologie,
• Modèle:Portail entomologie,
• Modèle:Portail herpétologie,
• Modèle:Portail ichtyologie,
• Modèle:Portail mammifères,
• Modèle:Portail ornithologie,
• Modèle:Portail zoologie,
• Modèle:Portail botanique,
• Modèle:Portail mycologie
• et Modèle:Portail phycologie.

Il reste Modèle:Portail canidés où Totodu74 a autrefois supprimé la catégorisation, mais je n’ai pas trop compris pourquoi, mais du coup, je n’ai pas osé la remettre. TED 15 mai 2013 à 16:57 (CEST)

Au passage, ne faudrait-il pas semi-protéger tous ces modèles ? TED 15 mai 2013 à 17:07 (CEST) _{pour ceux qui ne l'étaient pas déjà --Chandres (✉) 16 mai 2013 à 14:11 (CEST)}

Ça se vandalise, ça ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 15 mai 2013 à 17:14 (CEST)

Conflit d’édition — Je ne sais pas, mais j’ai remarqué que Modèle:Portail herpétologie est semi-protégé. Ce sont des modèles qui sont utilisés sur beaucoup de pages. TED 15 mai 2013 à 17:20 (CEST)

Froud et Stouf (canidés) dans le portail bio ? Culture des îles Féroé ou Ecco the Dolphin (cétacés) aussi ? Totodu74 (devesar…) 15 mai 2013 à 17:19 (CEST)

Conflit d’édition — La bonne question serait plutôt : qu’est-ce que le Portail:Canidés vient faire sur Froud et Stouf ? et le Portail:Cétacés sur Culture des îles Féroé ? TED 15 mai 2013 à 17:23 (CEST)

La réponse est probablement que ces deux portails sont avant tout des portails culturels, pas scientifiques. D'ailleurs en s'arrêtant aux aspects biologiques de la cynologie il n'y aurait peut-être pas grand chose (seulement les races ?) et le portail des cétacés s'inscrit dans un cadre plus large que celui de la cétologie. Je ne sais pas si c'est normal ou si c'est peu souhaitable, mais c'est comme ça. Totodu74 (devesar…) 15 mai 2013 à 17:34 (CEST)

Pour le Portail:Canidés : vu son nom et la présentation, ce serait plutôt scientifique, mais le Projet:Cynophilie associé semble plus « culturel ». Encore que le fait qu’il y ait une part de culturel dans les articles liés aux portails scientifiques ne me dérange pas beaucoup. Il faudrait peut-être renommer le portail en ↳ Portail:Cynophilie (h · j · ↵) actuellement redirect vers le Portail:Canidés ? (à discuter avec le projet).

Il reste d’autres portails notés dans Portail:Accueil comme dépendant du champ de la biologie.

Deux ont déjà la catégorisation avec Catégorie:Portail:Biologie/Articles liés par le modèle de portail :

• Portail:Histoire de la zoologie et de la botanique avec Modèle:Portail histoire de la zoologie et de la botanique,
• Portail:Origine et évolution du vivant avec Modèle:Portail origine et évolution du vivant,

Les autres n‘ont pas de catégorisation en biologie par le modèle de portail :

• Portail:Bioéthique avec Modèle:Portail bioéthique,
• Portail:Écoatlas avec Modèle:Portail écoatlas,
• Portail:Neurosciences avec Modèle:Portail neurosciences,
• Portail:Agriculture et agronomie avec Modèle:Portail agriculture et agronomie,
• Portail:Jardinage et horticulture avec Modèle:Portail jardinage et horticulture,
• Portail:Bois et forêt avec Modèle:Portail bois et forêt,
• Portail:Permaculture avec Modèle:Portail permaculture,
• Portail:Dinosaures avec Modèle:Portail dinosaures, (qui a une catégorisation pour la zoologie, mais pas pour la biologie),
• Portail:Élevage avec Modèle:Portail élevage,
• Portail:Félins avec Modèle:Portail félins,
• Portail:Monde équestre avec Modèle:Portail monde équestre, (sans aucune catégorisation par le modèle),
• Portail:Animaux de compagnie avec Modèle:Portail animaux de compagnie.

La question est : est-ce que ces portails dépendent bien du champ de la biologie ? Si oui : il faudrait y placer la catégorisation par le modèle. Si non, il faudrait modifier Portail:Accueil et s’assurer que les articles ont bien un bandeau portail en lien avec la biologie lorsque c’est nécessaire. Car je sens venir le coup : certains vont dire que les bandeaux portail:Canidés ou Félins ou autre suffisent, et que bandeaux portails Mammifères ou Zoologie sont des doublons qu’il faut retirer (au prétexte qu’il faut mettre seulement le portail le plus proche), alors que ce ne serait pas le cas. TED 16 mai 2013 à 01:25 (CEST)

A noter que le portail des canidés a été "Portail des chiens" jusqu'en 2011, et le renommage s'est fait dans la quasi indifférence du projet, uniquement pour s'harmoniser avec le Projet:Félins. Ce qui explique son contenu peu scientifique. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 16 mai 2013 à 08:31 (CEST)

Je relance : est-ce qu’on ajoute la catégorisation pour les modèle portail qui ne l’ont pas encore ? (cf. liste ci-dessus dans mon message du 16 mai 2013 à 01:25) TED 5 juin 2013 à 14:24 (CEST)

Selon moi c'est non, il y a trop d'articles qui n'ont strictement rien à faire dans la catégorie de la biologie. La double portalisation reste possible (elle est par exemple appliquée sur les articles sur les espèces de félins, etc.). Totodu74 (devesar…) 5 juin 2013 à 14:59 (CEST)

Assez d'accord avec Totodu74. Dinosaures peut probablement rejoindre la catégorie. Mais pour le reste avoir Pergola, Pioche ou Fourrière animale dans la biologie me semble abusif. La double (ou plus) portaillification me semble bien adapté pour les cas qui relèvent également de la biologie (comme sur chat ou lapin domestique par exemple, ou même école vétérinaire). Hexasoft (discuter) 5 juin 2013 à 15:25 (CEST)

Villa El Chocón, Le Petit Dinosaure : Voyage au pays des brumes, Les Quatre Dinosaures et le Cirque magique, Les Aventures de Impy le Dinosaure

Je crois qu'en fait, des noms de portail qui font peur aux gens (herpétologie au lieu de reptiles et amphibiens, ornithologie au lieu d'oiseaux, arachnologie au lieu d'arachnides) sont une trrrrrès bonne chose. J'aurais jamais dû créer Portail:Mammifères mais Portail:Mammalogie. Totodu74 (devesar…) 5 juin 2013 à 15:37 (CEST)

vie (scission)

Bonjour. J'aimerais savoir où en est la scission concernant l'article vie ? Je sais que mon titre "phénomène vivant" a choqué les plus traditionalistes façon Linné mais bon... Avec un article intitulé Le_vivant_(classification_phylogénétique), quoi de plus naturel que redéfinir/renommer l'article (la première scission que je tente en tant que newbie) en "vivant (phénomène)" ou "vivant (définition)" encore que "(définition)" de quoi si on creuse vraiment ? D'un phénomène émergent bien sûr. Une émergence certes mais sémantiquement un phénomène remarquable s'imbriquant quelque part dans un système plus vaste, à savoir la chimie. Il serait logique d'aligner les titres sur un même ton, sinon profitable. En vous présentant mes excuses si vous pensez mes contributions préjudiciables à la bonne marche de Wikipédia (et en vous remerciant d'avoir accordé quelques secondes d'attention à la présente intervention). Cordialement --noir_ecaille ~ "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche. 15 mai 2013 à 03:22 (CEST)

Cf. Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Mars 2013#Scission d'article.

Plutôt qu’un titre avec une expression trompeuse, je te suggère ↳ Être vivant (h · j · ↵), ↳ Organisme vivant (h · j · ↵), ou encore à la rigueur Vie (biologie) à condition de faire de Vie une page d’homonymie. Mais est-il vraiment nécessaire de faire une scission d’article ? Je re-pose ma question du 26 mars dernier : je ne comprends pas pourquoi il faudrait scinder, ni ce que tu envisages de mettre sous quel titre ? TED 15 mai 2013 à 10:04 (CEST)

+1 avec TED, pourquoi faudrait-il scinder?

En plus "phénomène vivant" est un terme philosophique particulièrement inadapté pour le titre de l'article sensé définir la notion biologique. Au passage j'ai transformé l'article phénomène vivant en redirection vers vie puisqu'il s'agissait d'un copié collé de ce dernier, sans crédit aux auteurs.--Chandres (✉) 15 mai 2013 à 14:05 (CEST)

Je viens de tomber sur ca: Projet:Le_vivant_(phénomène), qui est aussi un copié/collé de l'article vie, là je pense plutôt masquer puis supprimer plutôt que chercher à faire respecter les citations des auteurs alors qu'il n'y a aucune raison de garder cette page avec ce contenu--Chandres(✉) 15 mai 2013 à 14:07 (CEST)

+1. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 15 mai 2013 à 17:04 (CEST)

Méthodes d'investigation des interactions protéine–protéine

Chers amis, je viens de finir de traduire Méthodes d'investigation des interactions protéine–protéine depuis la WP anglophone. En réalité je me suis un peu fourvoyé car mes connaissances de biologie datent de près de quarante ans et ne m'ont été d'aucune aide. Du coup j'ai eu pas mal de difficultés dans cette traduction et certainement elle comporte beaucoup d'approximations.
J'avais sollicité Frakir pour tenter de lui imposer le pensum d'une relecture, mais il semble que ce ne soit pas tout à fait son domaine, il m'a donc suggéré de m'adresser à vous...
L'un d'entre vous pourrait-il à l'occasion faire une correction de ce travail qui — je le crains — comporte quelques interprétations malheureuses.
Mille mercis, Roland, Efcuse (d) 15 mai 2013 à 17:22 (CEST)

Labels du wikiconcours mars 2013

Ça se passe ici. Silverkey (d) 25 mai 2013 à 22:11 (CEST)

Catégorie fantôme

Bonjour, certains articles apparaissent avec la Catégorie:Article avec taxon mis en forme alors que celle-ci n'existe pas (ou plus). L'un d'entre-vous sait-il de quoi il retourne ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 20 mai 2013 à 16:20 (CEST)

Cf. ci-dessus : #Gestion des italiques dans les titres. TED 20 mai 2013 à 16:36 (CEST)

Il ne reste que le cas des cultivars à régler. TED 20 mai 2013 à 16:43 (CEST)

Ok. C'est juste que ça fait désordre dans les bas d'articles. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 20 mai 2013 à 17:33 (CEST)

Note : je n'avais pas créé la catégorie car au départ je pensais que c'était une catégorie transitoire, destinée à contenir des articles avec des erreurs et nécessitant juste une correction basique (ce qui était le cas pour la très grande majorité des articles).

Il se trouve qu'on a buté sur les cultivars, problème plus épineux qui ne peut se régler simplement, ces articles restent donc pour le moment dans la catégorie.

On peut donc soit :

• laisser comme ça, en se disant que ce n'est pas grave
• créer la catégorie en attendant, en en faisant une catégorie cachée par exemple (c'est une catégorie de maintenance après tout)
• modifier le module qui se trouve derrière pour ne plus générer la catégorie, soit totalement (pour tous les cas) soit uniquement dans le cas où "rang=cultivar", ce qui correspond me semble-t-il à la quasi-totalité des articles listés dans la catégorie.

Comme vous voulez, vu que ce n'est pas moi a priori qui vais résoudre le problème des cultivars (même si, comme indiqué dans la section plus haut je peux fournir à façon des infobox dédiées si vous en avez besoin) . Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 17:54 (CEST)

Cf. ci-dessus #Résumé teddien : serait-il possible que le module gère les cultivar en ne mettant pas en italique ce qui est entre guillemets simples ? (reste à voir si on utilise les guillemets simples droits 'Nom' ou courbes ‘Nom’ ou les deux indifféremment).

On peut soit créer la catégorie en la plaçant dans Catégorie:Article à taxobox à corriger, soit en catégorisant directement dans Catégorie:Article à taxobox à corriger, avec un classement sous une lettre pour préciser le problème. TED 20 mai 2013 à 18:22 (CEST)

Ah ok je regarde. J'étais resté sur la question de savoir s'il fallait les placer dans des infobox dédiées plutôt que d'avoir un "rang=cultivar", mais j'ai raté quelques trucs ces derniers temps . Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 18:58 (CEST)

Note : il reste un problème de choix dans ces articles : quel est le nom scientifique à mettre (dans taxobox taxon) ? Exemple : Clematis patens 'Evipo023' → dans la taxobox le NS indiqué est « 'Evipo023' ». Le module ne peut rien en faire (rien à mettre en italique, difficile de comparer ce genre de chose avec le titre de l'article).

Doit-on considérer que le bon contenu du champs est "Clematis patens 'Evipo023'" ? Si oui je peux ajouter des traitements pour gérer ça. Pour les deux types d'apostrophe pas de problème pour gérer les deux (il me semble que c'est la courbe recommandée, et en ce cas pour des questions d'accessibilité au clavier il me semble préférable de supporter la droite). Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 19:36 (CEST)

Effectivement, ce serait plutôt « Clematis patens ‘Evipo023’ » (attention à la place des italiques). Pour les apostrophes droites ou courbes : j’ai les deux facilement sur mon clavier, donc peu me chaut (vive les ordi à la pomme !). TED 20 mai 2013 à 21:04 (CEST)

Fonctionnel. Voir Clematis patens 'Evipo023', en tout cas si on utilise les apostrophes droites. J'ai semble-t-il un bug avec les italiques courbes, je vais regarder.

Note : au passage j'ai adapté la détection des "problèmes de nom scientifique" dans le cas rang=cultivar, ce qui devrait vider une bonne partie de la catégorie dont il est question plus haut. Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 21:38 (CEST) et j'ai pas d'ordi à la pomme et j'ai le panel complet de l'UTF-8 européen au clavier quand même, hein ;)

Bug trouvé. J'ai renommé Clematis patens 'Evipo023' en Clematis patens ‘Evipo023’ en changeant le NS dans taxobox taxon : ça marche aussi (je laisse comme ça, il y a le redirect).

Note : toutes les Clematis patens 'XXX' existantes (sauf celle-là) sont à corriger puisqu'ayant un NS qui ne correspond pas au titre. Ce dernier n'est donc pas en italique, et le NS est en italiques car d'une forme que ne comprend pas mon module. Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 21:47 (CEST)

Oui, j’ai vu que cela fonctionne maintenant ! J’ai commencé à corriger (éventuellement renommer) ce qu’il faut, et je continue. Pour la catégorisation : est-ce que ce serait possible de mettre tout cela dans Catégorie:Article à taxobox à corriger (ce n‘est peut-être pas la peine de créer une nouvelle catégorie) ? TED 20 mai 2013 à 21:53 (CEST)

Ça ne fonctionne pas pour :

• Clematis patens 'Bees' Jubilee' (à cause de l’apostrophe surnuméraire : on dervait pouvoir s‘en sortir avec les apostrophes courbes, mais ce n’est pas le meilleure solution),
• Vanda Rothschildiana : je n’ai pas compris pourquoi. edit suite aux explications ci-dessous

TED 20 mai 2013 à 22:01 (CEST)

Okidoki. Je regarde. Pour la première oui tu as raison. Mon principe est "nom scientifique suivi d'une apostrophe suivi de tout jusqu'à l'apostrophe suivante". Je vais remplacer par "jusqu'à la fin en étant sûr que c'est bien une apostrophe". Le cas doit pouvoir se produire pour les apostrophes courbes aussi, d'ailleurs (l'apostophe courbre au sens d'apostrophe étant l'apostrophe fermante, il me semble).

Pour Vanda Rothschildiana il n'y a aucun problème : c'est indiqué que c'est un hybride. Or je n'applique les conventions typographiques des cultivars qu'aux cultivars.

Enfin si, c'est un problème en pratique, mais mon programme est juste (réponse classique d'informaticien : le programme est juste, c'est le problème posé qui est faux ).

La question ici est de savoir pourquoi un hybride a une notation de cultivar, il faudrait préciser tout ça avant que je modifie le module. Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 22:10 (CEST)

Okidoki ! Je n‘avais pas vu le coup de l’hybride.

Et pour ma proposition de catégorisation dans Catégorie:Article à taxobox à corriger (juste au-dessus) ? TED 20 mai 2013 à 22:16 (CEST)

(conflit)Corrigé pour le problème numéro 1. Note : sur cet article il n'est pas clair de savoir quel est le nom. On trouve "Clematis patens 'Bee's jubilee'" (titre et NS), on trouve aussi "Clematis patens 'Bee's jubilée'" (avec le "é" dans jubilée), et aussi la variante "Bees'" au lieu de "Bee's". C'est n'importe quoi ces cultivars ! Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 22:19 (CEST)

Ah, je n'avais pas fait gaffe à la catégorisation. Oui, pourquoi pas. C'est simplement qu'au départ j'avais utilisé une catégorie "poubelle" destinée à être vidée puis virée rapidement. Mais pas de problème pour moi pour ranger là dedans. Je le fait, et je mettrais ça dans la partie "NS" pour "nom scientifique avec un problème" (en fait c'est pas toujours un nom scientifique, mais bon). Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 22:19 (CEST)

Module corrigé pour la catégorisation, et j'ai ajouté l'info dans le descriptif de la catégorie. Il me semble qu'on devrait être tout bon maintenant sur ces points-là.

Note : il faut du temps pour que les catégories se vident (et se remplissent) comme à chaque fois qu'on a une modification qui impacte les taxobox (ya du monde à traiter). Pour être certain de voir une modification sur un article précis il est parfois nécessaire de faire un dummy edit pour forcer la main aux serveurs. Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 22:26 (CEST)

Pour le Bees, Bee's ou autre : c’est surtout l’article qui est mal ficelé, car sinon, pour les cultivar (comme pour les rangs de taxon), il n’y a qu’un nom scientifique valable. Après, il peut y avoir plusieurs noms vernaculaires qui ressemblent… TED 20 mai 2013 à 22:54 (CEST)

Catégorie vidée. Merci. Vous avec gagné un cultivar de clématite chacun . Comment ? Vous préférez une tournée de jus de carotte ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 20 mai 2013 à 23:13 (CEST)

Non, la catégorie n’est pas tout à fait vidée : Hexasoft les a mis là : Catégorie:Catégorie:Article à taxobox à corriger. Pourrais-tu supprimer un « catégorie » ? Il reste donc Vanda Rothschildiana : je vais chercher si elle a un nom scientifique. TED 20 mai 2013 à 23:22 (CEST)

Rah le copier/coller qui tue. Corrigé Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 23:24 (CEST)

Salix : hélas j'ai plus droit au jus de carotte pendant un certain temps suite à mon opération du bedon

Un jus de pomme de terre crue alors , pour avoir la patate ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 20 mai 2013 à 23:40 (CEST)

Pour Clematis patens 'Bees' Jubilee', c’est Clematis patens 'Bees' Jubilee' qui est la bonne orthographe d’après la source (Université de Hull) donnée dans l’article. TED 20 mai 2013 à 23:42 (CEST)

J’ai trouvé un nom scientifique pour Vanda Rothschildiana = Vandanthe ×rothschildiana^{[réf. nécessaire]} ! Donc, la catégorie est de nouveau bien vide. TED 21 mai 2013 à 00:57 (CEST)

Et Ï’ai renommé Vanda Rothschildiana sans guillemet : ce n’est pas un cultivar. TED 21 mai 2013 à 01:18 (CEST)

Pas un cultivar mais peut-être un groupe ? Attention ! Et c'est très joli tout ça, mais mettre les noms de ceux qui ont obtenu le cultivar, à la place de l'autorité n'est pas une bonne idée, même si c'est pour remettre le problème à plus tard... --82.248.10.35 (d) 21 mai 2013 à 21:06 (CEST)

Refnec pour le groupe ?

Pourquoi pas une bonne idée ? Cf. CINPC article 25 : citation des noms d’auteurs. TED 22 mai 2013 à 00:13 (CEST)

Pas de refnec pour le groupe, c'était une question, une vraie de vraie. Pour les auteurs, désolé, j'ai suivi mon idée. Je voulais dire que remplir l'autorité des taxobox avec les noms d'inventeurs ou avec le nom de société détentrice du brevet n'est pas une bonne idée, même et surtout, si c'est pour balayer le problème sous le tapis. Tout d'abord, faire l'amalgame entre une autorité taxinomique, dont le crédit dépend d'un certain code et des noms d'inventeur/société ou je-ne-sais-quoi dépendant d'un autre code est vraiment problématique. De plus la date associée à un nom de cultivar n'a pas la même valeur que la date associée à un nom de taxon (la description valide de tel taxon est très récente ne veut pas dire que le taxon a été créé très récemment.)

De plus, si les cultivars ont généralement des auteurs associés à leur nom, ce n'est pas le cas des groupes et de certains autres concepts. Or il y a des articles qui attentent depuis 10 ans que l'on s'intéressent à leur cas. Les articles autour des choux, moutardes, courges sont gérés selon le code des plantes sauvages puisque l'on ne peut pas utiliser le code des plantes cultivées.

Il faut donc soit une infobox dédiée (qui permettrait de souligner que tel nom est celui d'un inventeur ou du responsable légal, qui permettrait de ne pas avoir d'auteurs à créditer si besoin.) soit une véritable zone "plantes cultivées" au sein des taxobox. Les gens avertis des frictions entre gestion des plantes sauvages et plantes cultivées ont déjà du mal à se repérer entre variété et cultivar, alors le lecteur lambda... Je ne parle même pas du code particulier des orchidées... --82.248.10.35 (d) 22 mai 2013 à 14:22 (CEST)

Pour Vanda Rothschildiana : j’ai trouvé un nom scientifique d’hybride (avec les références dans l’article), donc ce n’est pas un groupe.

Que le taxon dépende du CINZ, du CIN, du CINPC, du CINBactérienne ou de l’ICTV, qui ont chacun leurs règles en matières de citation d’auteurs, cela ne change rien au fait que l’on mette la citation d’auteurs au même endroit dans nos taxobox. Les dates n’ont pas la même valeur en nomenclature zoologique et en nomenclature bactérienne non plus, pourquoi cela poserait un problème avec le CINPC ?

Pour les variétés : c’est le CIN, pour les cultivars : c’est le CINPC : il n’y a aucune ambiguïté sur ces points, et les deux Codes sont d’accord sur les limites.

Je ne comprends pas pourquoi tu voudrais une infobox dédiée : pourquoi compliquer encore plus les choses, alors que c’est assez simple en réalité ? Éventuellement, faire que le modèle {{Taxobox taxon}} ajoute automatiquement « inventeur » avant le nom d’auteur, si le rang est « cultivar » ou « groupe » (mais le CINPC utilise majoritairement le mot « auteur »). En fait, je ne comprends pas où tu vois un problème. TED 22 mai 2013 à 15:25 (CEST)

Bon, bon, je ne dis plus rien. Il n'y a aucun problème. Fermons les yeux, on y voit mieux. --82.248.10.35 (d) 22 mai 2013 à 15:36 (CEST)

Si ça peut aider c'est assez facile d'ajouter dans le cas "cultivar" un truc du genre "Crée par : " avant le nom de l'auteur, voire de permettre de ne pas mettre d'auteur sans que ça fasse un auteur manquant, le cas échéant. Hexasoft (discuter) 22 mai 2013 à 15:49 (CEST)

@Hexasoft : je me permets de déplacer ici ton message qui était parti en fin de la sous-section suivante.

@82.… : non, ne fermons pas les yeux ! J’aimerais bien comprendre où est le problème. Et la proposition d’Hexasoft rejoint la mienne : est-ce que cela répondrait à tes attentes ? Ensuite, il faudra s’entendre sur le terme à mettre : le CINPC n’utilise pas « créateur » (donc plutôt pas pour mettre « Créé par » dans le modèle), mais 2 fois « inventeur » et n fois « auteur », donc je pencherai plutôt pour ajouter dans le modèle « Inventeur : » (car si j’ai bien compris, tu souhaites différencier des auteurs). TED 22 mai 2013 à 23:07 (CEST)

Pas de soucis pour le déplacement, naturellement, pas fait gaffe que c'était une sous-section.

Je suis assez d'accord dans l'absolu avec marquer une différence par rapport aux auteurs « normaux » en ce sens que ce peut être des inconnus, qu'il peut ne pas y avoir de créateur connu (et j'ai le sentiment qu'il ne faudrait pas insérer le "auteur inconnu", exactement comme c'est fait pour les virus par exemple, si j'ai bonne mémoire), ou que ça peut être un créateur qui n'est pas une personne physique. Après quel terme serait le mieux adapté je ne sais pas.

Pour la création d'une box distincte j'en ai fait une pour tester (voir plus haut). Mais j'aurai tendance à dire que si les problèmes actuellement présents dans les cultivars représentés par une taxobox peuvent se résoudre en adaptant les taxobox ça vaut le coup d'y réfléchir par rapport à ajouter une nouvelle box à la biologie : c'est du code en moins, de la doc en moins. Après si on ne peut faire cadrer les taxobox avec les besoins je n'ai rien contre l'idée d'une box séparée, hein, c'est juste que je préfère le principe d'économie tant que le résultat est satisfaisant. Hexasoft (discuter) 23 mai 2013 à 11:20 (CEST)

Si on arrive à étendre proprement les taxobox aux cultivars, hybrides, etc. c'est plus simple pour tout le monde. Et aussi plus intuitif pour "remonter" dans les classifications. Mais est-ce que cela ne va pas coincer trop souvent au niveau des incertitudes généalogiques, du nom de « taxon » à choisir, des antériorités de créateurs ou des respects de copyright (cf. le cas mûroise ? l'article Mûroise a été ensuite sur Mûre de Logan pour avoir la paix), entraînant une instabilité permanente au niveau des catégories liées et autres trucs de maintenance ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 23 mai 2013 à 15:37 (CEST)

Les hybrides dépendent du CIN, pas du CINPC, donc cela ne changera rien pour les hybrides comme la Mûre de Logan = Rubus ×loganobaccus, puisque ce n’est ni un cultivar ni un groupe, ni un chimère de greffe. TED 24 mai 2013 à 13:58 (CEST)

Salix parle des hybrides animaux, qui n'ont pas de noms scientifiques et qui pour l'instant ont une taxobox bricolage (ou rien) --82.253.188.29 (d) 24 mai 2013 à 20:20 (CEST)

Des ani-quoi ? J’ignorais que Rubus ×loganobaccus était un animal… TED 25 mai 2013 à 00:33 (CEST)

J'ai effectivement donné l'exemple de la mûroise pour illustrer les problèmes de copyright sur certains termes, pas celui des hybrides. Ce sont les bestiaux hybrides comme le mulet ou le tigron qui n'ont pas de nom scientifique valide, avec un auteur, date et tout et tout. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 26 mai 2013 à 20:48 (CEST)

J’aime bien la solution adoptée dans Mulet = une note expliquant que les taxons hybrides animaux n’ont pas de nom scientifique. Il y aurait peut-être moyen d’automatiser cela (plutôt que de détourner l’utilisation de {{Taxobox légende}}) ? TED 26 mai 2013 à 22:48 (CEST)

Problème annexe à résoudre

Il reste un problème annexe à résoudre : Dans {{Taxobox}} : serait-il possible que les × ne soient pas mis en italiques ? comme pour Kimjongilia au niveau de « taxobox|espèce », ou pour ×Sorbopyrus auricularis au niveau de « taxobox|genre ». TED 20 mai 2013 à 23:55 (CEST)

Nettement plus difficile. En effet dans {{Taxobox taxon}} j'ai accès au rang mais aussi au règne, ce qui n'est pas le cas dans {{Taxobox}}. Et le règne est nécessaire pour savoir si on est en italiques ou pas : en effet pour « annuler » un italique il faut d'abord savoir si le texte concerné est en italique ou pas (sinon tu crées un italique).

Après je peux peut-être faire un truc en jouant avec les styles (encadrer les × qui sont toujours droits d'un span avec un style "normal" forcé quelque soit le contexte) mais ça demande quelques tests au préalable et un peu de bricolage si ça marche dans le modèle. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 01:32 (CEST)

Avant, pour mettre un affichage autre que le lien, on pouvait faire un truc du genre : {{Taxobox | genre | ×Sorbopyrus | ×''Sorbopyrus'' }}, mais cela ne fonctionne plus. Il y avait aussi : {{Taxobox | genre | liens=[[×Sorbopyrus|×''Sorbopyrus'']] }} que j’avais utilisé sur cette page. Des solutions ont existé. TED 21 mai 2013 à 01:39 (CEST)

Je peux en trouver, des solutions . C'est juste que ce n'est pas aussi simple que dans le cas de taxobox taxon. Là j'ai simplement désactivé le style (italique ou pas) automatique pour le gérer directement dans le module. Ici je n'ai pas toutes les infos (absence du règne) donc il faut ruser. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 01:57 (CEST)

En fait, TED, tu ne devrais pas voir les × en italique. C'est que ton navigateur travaille en faux italique et ça, c'est mal >:) (c'est-à-dire qu'il n'utilise pas une police italique mais qu'il créé l'italique à partir de la police "normale") --82.248.10.35 (d) 21 mai 2013 à 21:06 (CEST)

Je m'étais déjà fait cette réflexion, oui. Le × dans sa définition normale n'a pas de forme italique si j'ai bonne mémoire. Toutefois la remarque de TED sur les italiques est valide pour d'autres cas : il peut se produire − même si c'est rare − qu'il y ait dans les {{taxobox}} des entrées contenant des termes qui ne devraient pas être en italiques (des var., fl. et autres.

La difficulté qu'il y a dans ce cas particulier est que dans ce modèle on n'a pas accès au règne, on ne peut donc savoir si on est en italique ou pas (en pratique c'est géré par le choix initial du style CSS, fixé par {{taxobox début}}, qui crée deux styles − supérieur au genre et inférieur au genre − ceux deux styles étant droit+italique ou italique+italique).

Ainsi la seule façon d'être certain de repasser en droit est de forcer un style droit sur la partie concernée, ce qui ne peut se faire actuellement qu'avec un <span>, de façon inconditionnelle (puisqu'on ne sait pas comment est le reste). C'est tout à fait réalisable mais c'est un peu lourd pour très peu de cas concernés il me semble. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 22:05 (CEST)

Mais cela ne concerne que des taxons inférieurs au genre (compris), donc toujours en italique ! TED 22 mai 2013 à 00:08 (CEST)

Hmmm… Pas faux, le cas ne doit pas se poser au dessus du genre effectivement. Je vais y réfléchir. Hexasoft (discuter) 22 mai 2013 à 08:25 (CEST)

On peut voir un résultat dans user:Hexasoft/test3 (dans la taxobox). Ce n'est pour le moment que dans les modèles d'essai des taxobox. Demain je relis tout ça à tête reposée avant de pousser la modification dans {{taxobox}}. Il faut juste que j'ajoute un test pour traiter un cas spécifique (ça fonctionne, c'est juste que la sortie est plus compliquée que nécessaire dans un cas de figure précis, autant faire les choses proprement). Hexasoft (discuter) 22 mai 2013 à 23:20 (CEST)

Superbe ! Mais si cela complique le code des modèles et que cela a un impact sur le temps de chargement de la page en raison de modèles complexes, ce n’est peut-être pas nécessaire ? Surtout si c‘est activé pour toutes les pages avec des taxobox… TED 23 mai 2013 à 00:12 (CEST)

Oui c'est pour toutes les taxobox. Ceci dit je doute que ça ajoute du temps, ça remplace des #if par un appel à un module, bien plus rapide et dont le traitement n'est pas très compliqué… La "simplification" dont je parle est plutôt esthétique (au sens informatique du terme) Hexasoft (discuter) 23 mai 2013 à 09:29 (CEST)

Discussion Portail:Biologie

Discussion Portail:Biologie ne redirige pas ici (j’ignore si c’est volontaire ou non : il faudrait peut-être archiver la pageavec son historique, donc par renommage, et la rediriger ici ?), et il y a quelques messages sans réponses qui sont postés là-bas. TED 21 mai 2013 à 00:24 (CEST)

Pour. C'est plus simple.-- Amicalement, Salix ^[Converser] 21 mai 2013 à 11:47 (CEST)

. Je recopie ici les dernières sections. TED 23 juin 2013 à 18:36 (CEST)

Volontaire ?

Bonsoir, l'article "Espèce invasive" a pour redirection "Espèce introduite". Or, les deux termes ne sont pas synonymes, le dernier étant plus global. De plus, l'article a pour lien en "Introduced species", et non pas "Invasive species". Autant créer un article pour les espèces introduite, mais c'est peut-être volontaire (encore un marronnier ?). Ne pas confondre bien sur avec un terme encore plus globale : "Invasion (écologie)" (ou "Espèce allochtone"), qui regroupe les espèces ayant colonisées des territoires où ils n'en sont pas originaires, donc pas forcément "provoquer" par l'homme moderne (exemple pour la crocidure musette en France).

J'en profite également pour revenir sur un de mes messages précédent qui semble avoir été complétement zappé :

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Nouveau message dans section oubliée. → Voir

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--77.195.116.163 (d) 24 mai 2013 à 23:24 (CEST)

Sans aller très loin dans ces thématiques (c'est loin de mon domaine) il me semble que les définitions sont délicates et multiples. Certains considèrent qu'une espèce invasive n'est rien d'autre qu'une espèce introduite ayant un effet néfaste sur son environnement, ce qui ne rend pas trop illogique l'avoir un seul article dans cette optique (puisque l'un est inclut dans l'autre). Mais on peut tout à fait défendre d'avoir les deux. Peut-être en se basant sur le contenu des articles anglais ? Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 23:40 (CEST)

En effet, la différenciation est limite et arbitraire. Mais (pour moi), avoir deux articles distinct n'est peut-être pas absurde et admissible. --77.195.116.163 (d) 25 mai 2013 à 00:05 (CEST)

J'ai pas dit que c'est absurde, hein . Juste que l'autre solution est également possible. Hexasoft (discuter) 25 mai 2013 à 00:43 (CEST)

sur espèce invasive / espèce envahissante : Cf. Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Février 2012#Prolifération et pullulation versus invasion ; Discussion_Projet:Écologie#Espèce invasive / envahissante ; Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Juin-Juillet 2012#Renommage de catégorie.

Il paraîtrait intéressant d’avoir un article distinct pour ↳ Espèce introduite (h · j · ↵). TED 25 mai 2013 à 01:02 (CEST)

Comme le dit Hexasoft, un article pour les deux termes n'est pas dérangeant, mais logiquement l'article principal serait le terme le plus global : "Espèce introduite", les espèces envahissantes n'en sont qu'une partie. Pourtant, certaines sont invasives sans pour autant être allochtones d'une région, comme le prouve l'Acanthaster pourpre. Mais comme TED, deux articles me semble convenable. --77.195.116.163 (d) 26 mai 2013 à 21:53 (CEST)

Idem. Deux articles serait souhaitable. Toute espèce introduite (exogène) ne s'avère pas forcément envahissante si son pouvoir de multiplication reste limité et ne nuit pas aux espèces locales. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 26 mai 2013 à 22:12 (CEST)

Pour conserver deux articles. Ce sont deux notions emboîtées : les espèces introduites ne sont pas nécessairement invasives/envahissantes et peuvent être réparties en plusieurs catégories (subspontanées, adventices, échappées de culture, cultivées...) qui méritent d'être détaillées dans un même article. Par contre, toutes les espèces invasives/envahissantes sont introduites, mais les problèmes écologiques qu'elles posent et l'importante littérature qui leur est consacrée justifient àmha un article distinct.

À propos de redirection, je trouve bizarre que Invasive (au singulier) redirige vers Invasion , alors qu'Invasives (au pluriel) redirige vers Espèce envahissante

Enfin, dans l'introduction de la page Plante envahissante, on peut lire « Une plante envahissante au sens large (l'anglicisme plante invasive est parfois utilisé) est une plante généralement euryèce, problématique par sa capacité de colonisation qui dans certaines circonstances en font [sic !] une espèce invasive. », alors qu’invasive est donné comme synonyme d’envahissante sur la page Espèce envahissante.

Bref, il y a encore du pain sur la planche...

Cymbella (répondre) - 26 mai 2013 à 22:45 (CEST)

Voir aussi les hésitations de terminologie pour Marronnage (cf. labo des noms) qui rejoignent la même problématique . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 mai 2013 à 15:28 (CEST)

Trichoglossum hirsutum

Bonjour,

Je bleuis tous les liens rouges de Réserve naturelle régionale de la carrière des Nerviens#Champignons, lichens et autres organismes, mais je m'y connais très peu en champignons. Pourrais-je avoir de l'aide s'il vous plaît ? J'ai créé par exemple créé l'article Trichoglossum hirsutum mais il y a de nombreux liens rouges. Quelqu'un peut-il y regarder s'il vous plaît ? Je vous remercie d'avance. --Christian COGNEAUX (d) 25 mai 2013 à 10:07 (CEST)

Virus

J'ai corrigé certains points sur l'article virus. Si des biologistes plus compétents que moi veulent le vérifier, je ne demande pas mieux.Discussion utilisateur:Romanc19s (d)

Italiques pour les clades

Hello,
histoire d'informer les biologistes : j'ai modifié le module Module:Italiques biologiques afin de prendre en compte les clades dont le nom est français.
Le principe est simple : si rang=clade et que nom contient une lettre accentuée ou que nom est dans la liste d'exceptions ne pas mettre en italique (la liste d'exceptions est là pour gérer justement le cas de clades dont le nom est français sans que ce soit détectable par la présence d'accents).
Ceci ne fonctionne actuellement que pour les entrées {{Taxobox}} (on peut voir le résultat dans Cleomaceae par exemple).
Il restera à corriger deux choses une chose rien du tout :

• gérer {{Taxobox taxon}} (exemple : Rosidées dont le nom du clade est en italique (ça va me demander de la réflexion car actuellement ça n'utilise pas mon code pour ce cas de figure précis). Ça c'est fait aussi.
• gérer la non mise en italique du titre (toujours sur Rosidées le titre est en italiques car identique au nom du taxon et que normalement clade=italiques). Ça, c'est fait.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 15:19 (CEST)

Corrigé pour les deux cas qui restaient. Donc normalement tout clade en français est traité sans italique partout dans les taxobox et au niveau du titre de l'article. Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 15:50 (CEST)

On est d'accord qu'en dehors de la bota, le nom des clades n'est de toute façon pas en italique? Arnodino (d) 29 mai 2013 à 16:00 (CEST)

Les clades n’existent pas en nomenclature : ce n’est pas un rang de taxon en taxinomie, donc je pense qu’il faudrait les supprimer des taxobox. Pour tout ce qui concerne APG : cela sera réglé en passant à la classification APGIII Reveal & Chase 2009 qui a justement fait correspondre chaque nom de clade à un nom scientifique valide (donc en italique), et qui est suivie par Tropicos et d‘autres sites. TED 29 mai 2013 à 16:12 (CEST)

@Arnodino : le clade est (artificiellement) classé "au dessus du genre" donc oui en nomenclature zoologique ils ne sont de toute façon pas concernés.

@TED : en attendant c'est affiché correctement . Si demain il n'existe plus d'entrée « clade » dans les taxobox on supprimera ce rang de la liste existante et il sera toujours temps de supprimer le code qui gère ce cas spécifique. Note toutefois que même si c'est (exclusivement ?) utilisé en botanique actuellement rien ne dit que ça n'apparaîtra pas dans les classifications d'autres « chartes » qui n'auront pas (encore) de classification magique réconciliant le tout, donc ça peut sans doute servir quoi qu'il en soit. Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 16:24 (CEST)

Non, non, cela n’existe bien dans aucun code international de nomenclature. Je n’ai cité APG que parce que c’est un des endroits où en trouve le plus. TED 29 mai 2013 à 16:33 (CEST)

Je dis pas que ça existe dans les codes, je dis que si c'est utilisé pour décrire des taxons utilisés par certains (APG par exemple) ça peut très bien apparaître ailleurs . Mais comme je le dis plus haut attendons et voyons : si toute trace de « clade » disparaît de WP on aura tout loisir pour supprimer tout ça. En attendant on évite d'afficher en italique des termes en français ou de passer en italique des titres français − puisqu'il y en a − alors que ce n'est qu'un effet de bord lié au fait de suivre une convention qui est faite pour les noms scientifiques.

Par ailleurs si d'aventure une « chasse au clade » devait être faite il serait facile d'insérer un bout de code pour ranger dans une catégorie les articles contenant un rang clade dans leur taxobox, pour aider à la maintenance. Yaka demander le cas échéant. Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 16:44 (CEST)

Je demande ! TED 29 mai 2013 à 17:13 (CEST)

OK pas d'italiques, mais majuscule initiale ou pas ? (voir Macrolepiota  : pas de majuscules aux noms de clades dans l'introduction, mais majuscules dans la section Phylogénie). - Cymbella (répondre) - 29 mai 2013 à 20:32 (CEST)

L’article cité en référence : Vellinga, de Kok et Bruns, « Phylogeny and taxonomy of Macrolepiota (Agaricaceae) », Mycologia, vol. 95, n^o 3,‎ 2003, p. 442–456 (PMID 21156633, DOI 10.2307/3761886, JSTOR 3761886, lire en ligne) parle effectivement de clades, mais définit surtout des genres ! Et en conclusion, les clades sont des genres (un genre redéfini, des espèces transférées dans d’autres genres, etc.) ! Et un genre s’écrit en italique avec une majuscule. Tout cela est un beau fouilli avec l’orthographe approximative de Breugelius, les TI et autres interprétations foireuses. TED 30 mai 2013 à 00:41 (CEST)

Sur Cleomaceae les clades s'affichent comme ça : [[Rosidées|Rosidées]], c'est pas un peu bizarre ? Totodu74 (devesar…) 29 mai 2013 à 23:43 (CEST)

Mais heu ! Ça le faisait pas tout à l'heure ! Je regarde le problème. Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 23:48 (CEST)

J'ai corrigé en annulant ma dernière modification. Je ne comprends pas : après modification j'avais vérifié l'article et il n'y avait pas cet effet… Désolé pour l'effet de bord. Hexasoft (discuter) 29 mai 2013 à 23:51 (CEST)

Incertae sedis

Hello,
suite à une erreur de typo on a détecté hier un article utilisant une écriture particulière du nom scientifique dans le cas d'incertae sedis. Voir Centrolene balionota.
La notation est « "Centrolene" balionota » (avec des guillemets), qui est reprise de l'une des bases du vivant, celle suivie dans le cas des amphibiens (ASW).
Histoire de clarifier tout ça j'en parle donc ici. Les questions que je me pose :

• existe-t-il une norme dans le CINZ (puisqu'on parle d'animaux ici) indiquant une notation particulière pour les incertae sedis ? Je n'ai rien vu mais d'autres peuvent savoir ou trouver mieux que nous
• en l'absence de norme serait-il plus pertinent d'ajouter une option à {{taxobox taxon}} (du genre "incertae=oui") permettant de dire explicitement que c'est un taxon incertain ? Ceci pourrait se traduire de plusieurs façon à l'affichage :
  • insérer la mention incertae sedis après le nom scientifique
  • ajouter la mention incertae sedis dans le sous-titre associé (là où est écrit "Nom binomial")
  • modifier la graphie du taxon selon une convention à déterminer

En pratique le choix actuel pose quelques problèmes :

• si ce n'est pas une norme il est probable que les lecteurs ne comprennent pas le sens de cette notation (même si c'est clairement dit dans l'article)
• ça casse la mise en italique du titre (qui lui ne contient pas les ")
• ça aurait pu déclencher la détection des éléments invalides dans les noms scientifiques (ça ne l'a pas fait parce que je n'avais pas pensé à inclure les guillemets dans la liste, ce sera peut-être à ajouter, par ailleurs).

Vos avis ? Cordialement, Hexasoft (discuter) 30 mai 2013 à 11:22 (CEST)

Ici, c’est le genre qui est incertae sedis, pas l’espèce. J’ai donc ajouté {{Taxobox | genre | incertae sedis }} dans la taxobox, là où il faut mettre le genre. Je pense qu’il n’y a pas à ajouter de mention incertae sedis après le nom binomial. Je me replonge dans la lecture du CINZ pour voir s’il y a quelque chose, mais je pense qu’ils n’ont jamais prévu le cas d’une espèce qui n’aurait pas de genre (c’est assez incongru comme situation). Il serait intéressant d’avoir les références des articles qui disent que C. balionota n’est ni dans le genre Centrolene, ni dans le genre Cochranella, ni dans le genre Centrolenella. TED 30 mai 2013 à 12:23 (CEST)

NB : ↳ Centrolenella (h · j · ↵) redirige actuellement vers Centrolene, sans que l’article n’en parle jamais, ni n‘explique rien sur cet autre nom de genre. TED 30 mai 2013 à 12:35 (CEST)

J'ai ajouté quelques infos dans Centrolene, pour le reste on a suivi la typographie de la source ASW, NicolasMachiavel (d) 30 mai 2013 à 19:22 (CEST)

Sur Moniliformidae, il est aussi fait mention d'espèce sans genre car les espèces Echinorhynchus appendiculatus Westrumb, 1821, Echinorhynchus myoxi Galli-Valerio, 1929, Echinorhynchus pseudosegmentatus sont décrites sur ITIS comme appartenant à cette famille alors que le genre Echinorhynchus appartient à la famille Echinorhynchidae : voir sur ITIS. Cordialement - Goudron92 (d) 31 mai 2013 à 13:46 (CEST)