ARN ribosomique 16S
L'ARN ribosomique 16S (ARNr 16S) est l'ARN ribosomique constituant la petite sous-unité des ribosomes des procaryotes. Les gènes codant cet ARN sont appelés ADNr 16S (16S rDNA en anglais) et leur séquence est très utilisée en phylogénie pour reconstruire l'histoire évolutive des organismes dans la mesure où sa vitesse d'évolution relativement lente permet d'établir des divergences génétiques anciennes[1]. Ces gènes sont présents en plusieurs copies au sein de chaque organisme[2] (mais pas chez les virus)[3].
En 1975, Carl Woese et son équipe sont considérés parmi les pionniers dans la définition de la fonction de l'ARNr 16S, en identifiant les principales régions conservées grâce à une analyse comparative des structures primaires de l'ARNr 16S de procaryotes[4]. Cette étude fut suivie, en 1977, par la première utilisation de l'ARNr 16S en phylogénie, grâce aux travaux de Carl Woese et George E. Fox[5].
Le "S" dans ARNr 16S signifie "unité de Svedberg", qui est une mesure du taux auquel une molécule se dépose dans un champ centrifuge. L'unité de Svedberg est nommée d'après le chimiste suédois Theodor Svedberg, qui a développé cette méthode de séparation et d'analyse des molécules en fonction de leur taille et de leur forme.
Notes et références
modifier- (en) Carl R. Woese et George E. Fox, « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States, vol. 74, no 11, , p. 5088-5090 (PMID 270744, PMCID 432104, DOI 10.1073/pnas.74.11.5088, Bibcode 1977PNAS...74.5088W, lire en ligne)
- (en) Rebecca J. Case, Yan Boucher, Ingela Dahllöf, Carola Holmström, W. Ford Doolittle et Staffan Kjelleberg, « Use of 16S rRNA and rpoB Genes as Molecular Markers for Microbial Ecology Studies », Applied and Environmental Microbiology, vol. 73, no 1, , p. 278-288 (PMID 17071787, PMCID 1797146, DOI 10.1128/AEM.01177-06, lire en ligne)
- (en) Ilya Plyusnin, Ravi Kant, Anne J. Jaaskelainen et Tarja Sironen, « Novel NGS Pipeline for Virus Discovery from a Wide Spectrum of Hosts and Sample Types », BioRxiv, Bioinformatics, (DOI 10.1101/2020.05.07.082107, lire en ligne, consulté le )
- (en) Carl R. Woese, George E. Fox, Lawrence Zablen et Tsuneko Uchida, « Conservation of primary structure in 16S ribosomal RNA », Nature, vol. 254, no 5495, , p. 83–86 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/254083a0, lire en ligne, consulté le )
- (en) Carl R. Woese et George E. Fox, « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 74, no 11, , p. 5088–5090 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, DOI 10.1073/pnas.74.11.5088, lire en ligne, consulté le )
- (en) C. R. Woese, « Bacterial evolution », Microbiological Reviews, vol. 51, no 2, , p. 221-271 (PMID 2439888, PMCID 373105, lire en ligne)
