Utilisateur:Tyroide/Brouillon
Méthode SAM
modifierIntroduction
modifierContexte Biologique
modifierMesure de l'expression d'un gène
modifierProtocole de la méthode SAM
modifierLa population étudiée est composée de deux sous-populations, l'une est la population de référence et l'autre est celle qui possède la caractéristique dont nous cherchons les gènes responsables. Sur l'ensemble de cette population, on mesure l'expression d'un grand nombre de gènes, on obtient aisi une base de donnée qui pour chaque individu nous donne l'expression de nombreux gènes.
En raison de la difficulté de recueillir de telles informations, le nombre d'individus est souvent faible, les données fournies avec l'implémentation R de la méthode SAM portent sur 3051 expressions de gènes mesurées sur 38 personnes.
La méthode SAM cherche à voir les gènes qui sont en moyenne différentiellement exprimés entre les deux populations. Il est envisageable d'effectuer gène à gène un test de Fisher pour tester l'égalité des moyennes. Cependant, le nombre de gènes testés rend l'erreur de première espèce inacceptable : si des 3000 tests de Fisher sont effectués indépendament à un niveau de 5% il y aura en moyenne 150 erreurs! Il faut donc effectuer ces 3000 tests parallèlements.