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BatCoV RaTG13

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BatCov RaTG13
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Classification
Domaine Riboviria
Règne Orthornavirae
Embranchement Pisuviricota
Classe Pisoniviricetes
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

forme

Bat SL-CoV RaTG13
 

Synonymes

  • BatCoV Ra4991

Classification phylogénétique

Position :

Le Coronavirus de chauve-souris RaTG13 lié au SRAS ou Bat SL-CoV RaTG13 est une souche de betacoronavirus qui infecte la chauve-souris Rhinolophe fer à cheval intermédiaire (Rhinolophus affinis).

Elle a été découverte en 2013 dans des excréments de chauves-souris d'une grotte minière près de la ville de Tongguan du xian autonome hani de Mojiang dans le Yunnan en Chine. C'est le plus proche parent connu du SARS-CoV-2, virus qui cause la COVID-19[2],[3].

C'est une souche de coronavirus (CoV), infectant la chauve-souris (bat en anglais), d'où l'abréviation BatCoV (ou BtCoV)[4],[5].

Le nom de la souche elle-même comporte l'espèce porteuse (Ra – Rhinolophus affinis), le lieu de découverte (TG – Tongguan), et l'année de découverte (13 – 2013), soit « RaTG13 ».

Virologie modifier

RaTG13 est un virus à ARN à simple brin à polarité positive doté d'une membrane externe. Son génome compte environ 29 800 nucléotides. Le génome code une réplicase (ORF1a/1b) et quatre protéines structurelles, dont une protéine spike (S), une protéine de membrane (M), une protéine de membrane externe (E) et une protéine de capside (N). Le génome contient également cinq gènes codant des protéines accessoires : NS3, NS6, NS7a, NS7b et NS8[5].

RaTG13 a une similarité nucléotidique de 96,1 % avec le virus du SARS-CoV-2, suggérant que le SARS-CoV-2 a pour origine les chauve-souris[6]. La plus grande différence entre RaTG13 et SARS-CoV-2 est la protéine spike (S), avec seulement 92,89% de similarité nucléotidique[5],[7]. A la différence du SARS-CoV-2, la protéine S du virus du RaTG13 est dépourvue du motif de clivage de la furine RRAR↓S.[8] De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, le RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[9],[10].

Similarité entre les gènes de RaTG13 et SARS-CoV-2[5],[7].
ORF Similitude en nucléotides
ORF1a 96,05 %
ORF1b 97,33 %
S 92,89 %
NS3 / ORF3a 96,26 %
E 99,56 %
M 95,52 %
NS6 / ORF6 98,39 %
NS7a / ORF7a 95,63 %
NS7b / ORF7b 99,24 %
NS8 / ORF8 96,99 %
N 96,9 %

Position phylogénétique modifier

L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[11],[12],[13] :



Rc-o319, proche à 81 % du SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon (récolté en 2013, publié en 2020)[14]





SL-ZXC21, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2015, publié en 2018)[15]



SL-ZC45, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2017, publié en 2018)[15]





SL-CoV-GX, 89 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est (récolté en 2017, publié en 2020)[16]




SL-CoV-GD, 91 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est[17]





RacCS203, 91,5 %, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande (métagénome de 4 coronavirus collectés en juin 2020, publié en 2021)[12]






RmYN02, 93,3 %, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan (récolté en juin 2019, publié en 2020)[18]



RpYN06, 94.4 %, Rhinolophus pusillus, Mengla, Yunnan (récolté en mai 2020, publié en 2021)[11]





RshSTT182, 92,6 %, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge (récolté en 2010, publié en 2021)[13]



RaTG13, 96,1 %, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan (récolté en 2013, publié en 2020)[19]





SARS-CoV-2 (100 %)










SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2


Voir aussi modifier

Notes et références modifier

  1. ↑ (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, no 11,‎ , p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)
  2. ↑ Poudel U, Subedi D, Pantha S, Dhakal S, « Animal coronaviruses and coronavirus disease 2019: Lesson for One Health approach », Open Veterinary Journal, vol. 10, no 3,‎ , p. 239–251 (PMID 33282694, PMCID 7703617, DOI 10.4314/ovj.v10i3.1  )
  3. ↑ Xiao C, Li X, Liu S, Sang Y, Gao SJ, Gao F, « HIV-1 did not contribute to the 2019-nCoV genome », Emerging Microbes & Infections, vol. 9, no 1,‎ , p. 378–381 (PMID 32056509, PMCID 7033698, DOI 10.1080/22221751.2020.1727299  )
  4. ↑ Ge XY, Wang N, Zhang W, Hu B, Li B, Zhang YZ, Zhou JH, Luo CM, Yang XL, Wu LJ, Wang B, Zhang Y, Li ZX, Shi ZL, « Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft », Virologica Sinica, vol. 31, no 1,‎ , p. 31–40 (PMID 26920708, PMCID 7090819, DOI 10.1007/s12250-016-3713-9)
  5. ↑ a b c et d (en) « Bat coronavirus RaTG13, complete genome », National Center for Biotechnology Information, (consulté le )
  6. ↑ (en) Hakim MS, « SARS‐CoV‐2, Covid‐19, and the debunking of conspiracy theories », Rev Med Virol,‎ , e2222 (PMID 33586302, PMCID 7995093, DOI 10.1002/rmv.2222)
  7. ↑ a et b (en) « Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », NCBI (consulté le )
  8. ↑ (en) Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC et Garry RF, « The proximal origin of SARS-CoV-2 », Nature Medicine, vol. 26, no 4,‎ , p. 450–452 (PMID 32284615, PMCID 7095063, DOI 10.1038/s41591-020-0820-9)
  9. ↑ (en) Rossana Segreto, « The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin », BioEssays,‎ (lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ (en) Huihui Mou, « Mutations from bat ACE2 orthologs markedly enhance ACE2-Fc neutralization of SARS-CoV-2 », bioRxiv,‎ (lire en ligne, consulté le )
  11. ↑ a et b Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Qihui Wang, Tao Hu, Hao Song, Runchu Zhao, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes et Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », Cell,‎ , S0092867421007091 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008)
  12. ↑ a et b (en) S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, no 1,‎ , p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1).
  13. ↑ a et b (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212.
  14. ↑ (en) Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12,‎ , p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386).
  15. ↑ a et b (en) Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi et Weifeng Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196–2203.e3 (DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).
  16. ↑ (en) Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815,‎ , p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0).
  17. ↑ (en) Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, no 5,‎ , e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421).
  18. ↑ (en) H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).
  19. ↑ (en) Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836,‎ , E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne).

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