Variant Bêta du SARS-CoV-2

Le variant Bêta[1] du SARS-CoV-2, aussi appelé variant 501.V2 ou B.1.351 et surnommé « variant sud-africain », est un variant considéré comme hautement transmissible du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Ce variant a été détecté en Afrique du Sud et son existence rendue publique par le département de la Santé (en) de ce pays le 18 décembre 2020[2]. Il a par la suite été observé également en Europe, dont le Royaume-Uni[3],[4] et la France[5].

État de la propagation mondiale du variant 501.V2 au .
  • Entre 5 et 9 cas confirmés.
  • Entre 2 et 4 cas confirmés.
  • Un cas confirmé.
  • Cas confirmé(s) mais données indisponibles.
  • Cas suspecté(s).
  • Absence de cas ou données indisponibles.

On a observé que la prévalence de ce variant est plus élevée chez les personnes jeunes sans comorbidité et qu'elle conduit chez ces patients à des formes plus graves de la maladie que les autres variants[6],[7]. Le département de la Santé d'Afrique du Sud indique également que ce variant pourrait être responsable de la seconde vague de la pandémie de Covid-19 dans ce pays en raison de sa plus grande vitesse de diffusion[2],[6].

MutationsModifier

Ce variant contient plusieurs mutations qui lui permettent de se lier plus facilement aux cellules humaines, notamment en raison des trois mutations suivantes[8] du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : une mutation N501Y[9] (un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501), une mutation K417N[10] (un résidu de lysine est remplacé par une asparagine en position 417) et une mutation faux sens E484K[10] (un résidu de glutamate est remplacé par une lysine en position 484).

La mutation N501Y est également présente dans le variant VOC-202012/01 observé fin 2020 au Royaume-Uni[8],[11],[12].

Le variant 501.V2 a plus muté que le VOC-202012/01 anglais, ce qui le rend plus inquiétant.

ContagiositéModifier

Le variant sud-africain serait une souche plus contagieuse du SARS-CoV-2, ce qui le rendrait plus difficile à contrôler et pourrait causer, arithmétiquement, plus d'hospitalisations et de décès. Le variant sud-africain 501.V2 semblerait être plus contagieux que le variant anglais VOC-202012/01, ce dernier étant déjà entre 50 % et 70 % plus contagieux que la souche commune[13]. Cette contagiosité supérieure serait due principalement à la mutation N501Y, mais aussi aux mutations K417N et E484K, présentes sur la protéine Spike.

Résistance aux vaccinsModifier

L'inquiétude quant à la résistance au vaccin du variant 501.V2 est plus grande que pour le VOC-202012/01, qui a été confirmé sensible aux vaccins occidentaux, notamment à ARN. La modification de la protéine S détectée par le système immunitaire est problématique. Il existe en effet, selon le professeur John Bell de l'université d'Oxford, une grande inconnue quant à l'efficacité des vaccins, qui, a minima, pourrait être réduite[13]. Des analyses de plasma de personnes précédemment infectées avaient montré que le virus déjouait l'immunité en étant « moins bien neutralisé » par les lymphocytes[14]. On note également le cas en d'une Brésilienne réinfectée par un variant porteur de la E484K, qui avait alors eu une forme plus sévère. Pfizer et Moderna ont assuré que leur vaccin neutralisait un virus porteur de la mutation N501Y, mais aucune étude n'a été faite pour la E484K[15]. Ce variant augmenterait également le risque de réinfection.

Les scientifiques s'inquiètent de l'éventuelle accumulation de mutations dans le futur, réduisant progressivement l'efficacité des vaccins et nécessitant leur reformulation, même si à l'heure actuelle, une moitié d'entre eux reste optimiste concernant 501.V2, alors que l'autre est dubitative[16].

Une étude provenant du Qatar publiée le 5 mai 2021 dans la revue The New Journal of Medecine portant sur 37 674 participants a démontré l'efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) sur les variants B.1.1.7 (anglais) et B.1.351 (sud-africain). Pour un intervalle de confiance de 95%, l'étude indique que pour un minimum de 14 jours après la seconde dose, l'efficacité était de 89,5% contre les contaminations repérées par test PCR (symptomatiques ou non) pour le variant anglais contre 75% pour le variant sud africain. Le vaccin a été efficace à 100% contre les formes graves et mortelles pour les deux variants. L'étude suggère donc une réduction de l'efficacité du vaccin contre le variant sud-africain sur les formes légères et modérées qui ne remet cependant pas en question l'efficacité contre les formes graves et mortelles sur l'échantillon de population étudiée.[17],[18]

OrigineModifier

Ce variant accumule un nombre de mutations plus important que d'habitude. Les mutations pourraient être apparues chez un sujet immunodéprimé, ayant de moins bonnes défenses et favorisant la multiplication du virus. D'autant que l'Afrique du Sud a un taux de prévalence au SIDA de plus de 20 % (pour les personnes âgées de 15 à 49 ans), particulièrement dans l'Est du pays[13].

StatistiquesModifier

Cas par pays (mis à jour le 21 juillet 2021) GISAID[19]
De campagne Cas confirmés Date de collecte
Angola 401 22 avril 2021
Argentine 1 24 avril 2021
Aruba 4 10 avril 2021
Australie 73 28 juin 2021
Autriche 260 8 juin 2021
Bahreïn 1 9 avril 2021
Bangladesh 56 16 juin 2021
Belgique 1 075 14 juin 2021
Bosnie-Herzégovine 1 11 février 2021
Botswana 342 27 juin 2021
Brésil 6 5 avril 2021
Brunéi 1 20 janvier 2021
Bulgarie 2 9 juin 2021
Cambodge 1 31 mai 2021
Cameroun 9 1er mars 2021
Canada 860 21 juin 2021
Chili 4 22 mai 2021
Chine 89 4 juin 2021
Colombie 1 13 avril 2021
Costa Rica 12 4 mai 2021
Côte d'Ivoire 1 6 mars 2021
Croatie 41
République tchèque 71 10 juin 2021
République Démocratique du Congo 30 20 avril 2021
Danemark 121 29 juin 2021
Djibouti 22 9 avril 2021
Guinée équatoriale 43 1 avril 2021
Estonie 37 23 avril 2021
Eswatini 26 23 mars 2021
Finlande 1,123 21 mai 2021
France 2,149 23 juin 2021
Guyane française 2 7 avril 2021
Gabon 4 21 février 2021
Géorgie 1 23 mai 2021
Allemagne 2 231 19 juin 2021
Ghana 17 8 avril 2021
Grèce 19 29 avril 2021
Guadeloupe 4 25 mai 2021
Guam 3 28 avril 2021
Guinée Bissau 1 1 février 2021
Inde 208 14 juin 2021
Indonésie 10 2 juin 2021
L'Iran 2 3 avril 2021
Irak 1 26 février 2021
Irlande 69 19 avril 2021
Israël 240 28 mai 2021
Italie 69 1 juin 2021
Japon 89 13 juin 2021
Jordanie 2 18 avril 2021
Kenya 178 31 mai 2021
Koweït 1 21 juin 2021
Lettonie 9 13 mai 2021
Lesotho 14 18 janvier 2021
Lituanie 11 9 avril 2021
Luxembourg 744 22 mai 2021
Malawi 312 16 avril 2021
Malaisie 161 10 juin 2021
Malte 3 1 juin 2021
Martinique 2 28 avril 2021
Maurice 7 12 mars 2021
Mayotte 32 31 janvier 2021
Mexique 20 16 mai 2021
Mozambique 328 22 avril 2021
Namibie 9
Pays-Bas 693 27 mai 2021
Nouvelle-Zélande 31 25 juin 2021
Macédoine du Nord 1 10 mars 2021
Norvège 362 11 juin 2021
Pakistan 35 5 juin 2021
Panama 2 12 janvier 2021
Philippines 1.213 8 avril 2021
Pologne 45 7 juin 2021
Portugal 99 2 juin 2021
Qatar 650 18 mai 2021
La Réunion 400 19 juin 2021
Roumanie 7 26 mai 2021
Russie 23 12 juin 2021
Rwanda 39 15 juin 2021
Arabie saoudite 3 15 avril 2021
Singapour 100 25 juin 2021
Saint-Martin 1 24 mars 2021
Slovaquie 31 27 mai 2021
Slovénie 31 6 avril 2021
Somalie 1
Afrique du Sud 6 154 21 juin 2021
Corée du Sud 19 17 avril 2021
Soudan du Sud 3 24 avril 2021
Espagne 588 18 juin 2021
Sri Lanka 4 26 mars 2021
Surinam 5 31 mars 2021
Suède 2.322 17 juin 2021
Suisse 225 22 juin 2021
Taïwan 3 26 avril 2021
Thaïlande 40 25 mai 2021
Togo 2 5 février 2021
Tunisie 1 24 avril 2021
Turquie 912 24 mai 2021
Ouganda 13 2 avril 2021
Emirats Arabes Unis 6 27 avril 2021
Royaume-Uni 812 24 juin 2021
États-Unis 2 454 28 juin 2021
Zambie 161 28 avril 2021
Zimbabwe 331 26 février 2021
Monde (103 pays) Total : 28 380 Total au 21 juillet 2021

Notes et référencesModifier

  1. « Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, .
  2. a et b (en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », sur https://www.nytimes.com/, The New York Times, (consulté le 24 décembre 2020).
  3. (en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », sur https://www.telegraph.co.uk/, The Daily Telegraph, (consulté le 24 décembre 2020).
  4. (en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », sur https://www.ft.com/, Financial Times, (consulté le 24 décembre 2020).
  5. Audrey Le Guellec, « Les variants du coronavirus progressent en France : à partir de quand faut-il s'inquiéter ? », sur LCI,
  6. a et b (en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », sur https://www.washingtonpost.com/, The Washington Post, (consulté le 24 décembre 2020).
  7. (en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sur https://sacoronavirus.co.za/, Département de la Santé d'Afrique du Sud (en), (consulté le 24 décembre 2020).
  8. a et b (en) Derek Lowe, « The New Mutations », sur https://blogs.sciencemag.org/, Science, (consulté le 24 décembre 2020) : « I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».
  9. (en) Salim S. Abdool Karim, « The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », sur https://www.scribd.com/, Scribd, (consulté le 24 décembre 2020).
  10. a et b (en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. » [PDF], sur https://www.who.int/, Organisation mondiale de la santé, (consulté le 24 décembre 2020).
  11. (en) « Novel mutation combination in spike receptor binding site », sur https://www.gisaid.org/, GISAID, (consulté le 24 décembre 2020).
  12. (en) « Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 », sur https://www.cdc.gov/, CDC, (consulté le 24 décembre 2020).
  13. a b et c « Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », sur LCI (consulté le 14 janvier 2021)
  14. « Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », sur www.franceinter.fr, (consulté le 14 janvier 2021)
  15. RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », sur RMC (consulté le 14 janvier 2021)
  16. « Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », sur www.msn.com (consulté le 17 janvier 2021)
  17. Laith J. Abu-Raddad, Hiam Chemaitelly et Adeel A. Butt, « Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants », New England Journal of Medicine, vol. 0, no 0,‎ , null (ISSN 0028-4793, DOI 10.1056/NEJMc2104974, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)
  18. (en) Ewen Callaway, « Pfizer COVID vaccine protects against worrying coronavirus variants », Nature,‎ (DOI 10.1038/d41586-021-01222-5, lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)
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Voir aussiModifier

Articles connexesModifier