Variant Alpha du SARS-CoV-2

variante du SARS-CoV-2

Le variant Alpha[1] du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.7 voire VOC-202012/01, ou Variant of Concern 202012/01[2], précédemment VUI-202012/01, aussi surnommé « variant anglais » ou « variant britannique », est un variant du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Il a été détecté pour la première fois en au cours de la pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni à partir d'échantillons prélevés le mois précédent[3], et s'est rapidement propagé à partir de mi-. Sa propagation est corrélée avec une augmentation significative du nombre de cas de Covid-19 au Royaume-Uni. On pense que cette augmentation est au moins en partie due à une mutation N501Y du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501.

État de la propagation mondiale du variant VOC-202012/01 au .
  • Plus de 1 000 cas confirmés.
  • Entre 100 et 999 cas confirmés.
  • Entre 50 et 99 cas confirmés.
  • Entre 10 et 49 cas confirmés.
  • Entre 5 et 9 cas confirmés.
  • Entre 2 et 4 cas confirmés.
  • Un cas confirmé.
  • Cas confirmé(s) mais données indisponibles.
  • Cas suspecté(s).
  • Absence de cas ou données indisponibles.

PropriétésModifier

MutationsModifier

Les mutations du SARS-CoV-2 sont fréquentes : plus de 4 000 mutations ont été détectées en rien que dans la glycoprotéine S[4]. L'analyse des mutations est un moyen courant de tracer la diffusion des virus dans une population. Outre le fait qu'elle a pu par exemple montrer que le SARS-CoV-2 s'est répandu au Royaume-Uni à partir d'un millier de points d'entrée, elle a également permis de montrer qu'un variant portant la mutation G614 a complètement remplacé les souches portant la mutation D614[5].

Le variant VOC-202012/01 est caractérisé par 23 mutations :

soit 17 mutations induisant un changement d'acide aminé dans les protéines traduites à partir de l'ARN viral[6].

En février 2021, la mutation E484K, impactant la protéine de pointe du virus, ce qui le rend similaire aux variants sud-africain et brésilien, se répand principalement dans le sud-ouest de l'Angleterre et inquiète les scientifiques[7].

TransmissibilitéModifier

Les chercheurs britanniques du NERVTAG (en) indiquent le que, selon toute vraisemblance, le variant VOC-202012/01 est significativement plus contagieux que les autres. Les données dont ils disposent sont toutefois insuffisantes pour expliquer le mécanisme sous-jacent de cette transmissibilité accrue, la répartition des cas selon l'âge ou à la sévérité des cas[8]. Ils estiment, au vu du doublement de la prévalence relative de ce variant tous les 6,4 jours, qu'il est deux fois plus contagieux que le virus original, avec un coefficient de sélection de 70 %[9],[a]. Ils identifient également une corrélation entre un taux de reproduction plus élevé et la détection du variant B.1.1.7.5. Bien qu'il puisse y avoir d'autres explications, il est probable que cette corrélation provienne d'une plus grande transmissibilité de ce variant ; les analyses en laboratoire devront clarifier ce point[6].

L'une des mutations les plus significatives du variant VOC-202012/01 est la N501Y[4]. Cette mutation affecte le motif de liaison au récepteur, ou RBM (pour receptor-binding motif), groupe de résidus du RBD[10] qui entrent directement en contact avec l'ACE2 humaine. Les mutations à ce niveau modifient la reconnaissance des anticorps et la spécificité de liaison du péplomère S à l'ACE2.

GravitéModifier

Le NERVTAG estime le qu'il n'y a pas assez de données pour conclure quant à la sévérité du Covid-19 induit par le variant VOC-202012/01 du SARS-CoV-2. Les autorités britanniques indiquent le lendemain qu'il n'y avait pas de preuve à cette date que le nouveau variant du virus soit plus létal ou qu'il réponde différemment aux vaccins ou au traitements[11],[12].

Le séquençage du variant VOC-202012/01 a mis en évidence une mutation Q27stop — remplacement du résidu de glutamine en position 27 par un codon-stop — qui tronque la protéine issue de l'ORF8 (cadre de lecture ouvert no 8) ou la rend inactive[13]. Lors d'une étude antérieure, des variants de SARS-CoV-2 dépourvus de gènes du cadre de lecture ouvert no 8 ont été associés à des symptômes plus légers et un meilleur pronostic[14].

La délétion en positions 69-70 de la glycoprotéine S a été observée « chez des virus qui évitent la réponse immunitaire de certains patients immunodéprimés[15] » et a été également trouvée « associée à d'autres modifications du RBD[2] ».

Efficacité des vaccinsModifier

Fin , plusieurs vaccins étaient en cours de développement ou déjà utilisés contre la Covid-19. La plupart d'entre eux ciblent la glycoprotéine S[16] comme antigène principal, et le variant VOC-202012/01 du SARS-CoV-2 présente plusieurs mutations sur cette protéine. Néanmoins, le système immunitaire produit des anticorps ciblant plusieurs régions de cette protéine en réponse à ces vaccins, de sorte qu'on estime peu probable qu'une mutation sur le péplomère S affecte l'efficacité de ces vaccins[4]. Cependant, il est possible que l'accumulation des mutations rende nécessaire de modifier les vaccins. Le SARS-CoV-2 mute plus lentement que les virus de la grippe par exemple, de sorte que les vaccins qui auront été efficaces fin sont ceux qui pourront être ajustés si nécessaire[17].

Pourtant en février 2021, les scientifiques s’inquiètent de la mutation E484K du variant britannique, présente principalement dans le sud-ouest de l'Angleterre, qui pourrait affecter l'efficacité des vaccins[18].

StatistiquesModifier

TableauModifier

Cas par pays (mis à jour le 14 juillet 2021) GISAID[19]
Pays Cas confirmés Dernier cas signalé
Royaume-Uni 266,195 27 juin 2021
Canada 226 246[20] 6 juillet 2021
États-Unis 201,185 29 juin 2021
Allemagne 101 697 28 juin 2021
Danemark 59 856 29 juin 2021
Suède 56 325 21 juin 2021
France 32 208 28 juin 2021
Pays-Bas 27 660 25 juin 2021
Japon 27 404[21] 1 juillet 2021
Italie 24 075 30 juin 2021
Suisse 21 690 26 juin 2021
Espagne 19 360 05 juillet 2021
Belgique 20 355 01 juillet 2021
Pologne 14 723 21 juin 2021
Irlande 14 875 23 juin 2021
Lituanie 9 208 11 juin 2021
Israël 8 019 24 juin 2021
Norvège 8 056 23 juin 2021
Slovénie 7 930 20 juin 2021
Finlande 5 865 25 mai 2021
Grèce 5.440 07 juin 2021
Portugal 4 961 23 juin 2021
Slovaquie 4.206 19 juin 2021
Luxembourg 3975 25 mai 2021
Croatie 3,941 11 juin 2021
Autriche 3,666 20 juin 2021
République tchèque 3 831 24 juin 2021
Inde 3 812 01 juin 2021
Lettonie 3.145 28 mai 2021
Estonie 2 842 08 mai 2021
Bulgarie 2889 17 mai 2021
Mexique 1 476 24 juin 2021
Thaïlande 736 20 juin 2021
Roumanie 646 15 juin 2021
Philippines 1 027 30 mars 2021
Turquie 606 25 mai 2021
Corée du Sud 589 08 juin 2021
Aruba 549 16 juin 2021
Brésil 496 01 juin 2021
Australie 500 04 juillet 2021
Kenya 452 03 juin 2021
Cambodge 348 26 juin 2021
Saint-Martin 334 24 juin 2021
Russie 331 12 juin 2021
Curaçao 311 19 mai 2021
Sri Lanka 321 25 juin 2021
Ghana 367 24 avril 2021
Macédoine du Nord 249 22 avril 2021
Qatar 257 23 mai 2021
Singapour 189 17 juin 2021
Pakistan 180 28 mai 2021
Bonaire 174 15 juin 2021
Kazakhstan 174 27 avril 2021
Nouvelle-Zélande 150 14 juin 2021
Malte 148 11 juin 2021
Chili 155 12 juin 2021
Nigéria 143 19 mars 2021
Afrique du Sud 166 17 juin 2021
Gibraltar 131 08 mars 2021
Argentine 126 07 mai 2021
Équateur 147 17 juin 2021
Chine 116 07 juin 2021
Îles Canaries 110 10 mars 2021
Maroc 101 22 avril 2021
Costa Rica 115 24 mai 2021
Bangladesh 91 08 juin 2021
Colombie 87 25 mai 2021
Jordanie 81 04 mai 2021
Bosnie-Herzégovine 66 21 juin 2021
Irak 70 09 mars 2021
Guadeloupe 70 08 juin 2021
La Réunion 60 08 juin 2021
Angola 58 23 avril 2021
Gambie 53 25 mars 2021
Indonésie 56 28 juin 2021
Ukraine 52 18 mars 2021
L'Iran 52 08 mai 2021
Bahreïn 51 14 juin 2021
Guyane française 44 22 mai 2021
Guam 39 11 mai 2021
Gabon 35 05 mai 2021
Guinée Bissau 33 05 février 2021
Taïwan 32 29 mai 2021
Djibouti 62 31 mars 2021
Hongrie 29 26 février 2021
Albanie 27 11 mars 2021
Palestine 27 09 avril 2021
Vietnam 26 06 mai 2021
Géorgie 23 06 avril 2021
Serbie 23 11 mars 2021
Koweït 25 05 juin 2021
Martinique 22 25 mai 2021
Togo 21 25 février 2021
Emirats Arabes Unis 21 29 décembre 2020
Barbade 20 21 mai 2021
Islande 20 05 janvier 2021
Sainte-Lucie 20 29 avril 2021
Sénégal 24 30 avril 2021
Ouganda 17 15 juin 2021
Liban 16 03 mai 2021
Côte d'Ivoire 15 09 mars 2021
Jamaïque 15 12 février 2021
Surinam 15 14 mai 2021
Arménie 14 18 mars 2021
Cameroun 14 17 avril 2021
Égypte 13 17 mai 2021
Guinée 12 -
Malaisie 11 04 juin 2021
Népal 11 02 juin 2021
Chypre 10 27 janvier 2021
Wallis et Futuna 10 19 avril 2021
Trinité-et-Tobago 9 04 mai 2021
République Démocratique du Congo 8 28 mars 2021
République dominicaine 8 14 avril 2021
Pérou 15 07 avril 2021
Liechtenstein 7 16 mai 2021
Monténégro 7 21 janvier 2021
Rwanda 7 21 mai 2021
Antigua-et-Barbuda 5 06 mai 2021
Îles Caïmans 5 15 mai 2021
Îles Turques et Caïques 5 22 mars 2021
Dominique 4 01 avril 2021
Paraguay 4 08 avril 2021
Porto Rico 4 11 juin 2021
Azerbaïdjan 3 07 février 2021
Biélorussie 3 24 février 2021
Burkina Faso 3 03 février 2021
Éthiopie 3 04 février 2021
Kosovo 3 06 janvier 2021
Malte 3 10 juin 2021
Moldavie 3 03 mars 2021
Monaco 3 17 avril 2021
République du Congo 4 05 mars 2021
Tunisie 7 08 mars 2021
Anguilla 2 23 mars 2021
Bermudes 2 05 janvier 2021
République centrafricaine 2 -
Îles Féroé 2 04 mai 2021
Grenade 2 08 avril 2021
Malawi 2 08 mars 2021
Mayotte 2 21 mai 2021
Montserrat 2 05 février 2021
Myanmar 2 28 mai 2021
Somalie 6 05 mars 2021
Zambie 2 11 février 2021
Bélize 1 20 janvier 2021
Îles Vierges britanniques 1 19 avril 2021
Guinée équatoriale 1 09 février 2021
Guatemala 1 07 avril 2021
Haïti 1 19 mai 2021
Honduras 1 23 avril 2021
Maurice 1 10 janvier 2021
Mozambique 1 21 avril 2021
Îles Mariannes du Nord 1 29 avril 2021
Oman 30 22 décembre 2020
Arabie saoudite 1 15 avril 2021
Niger 1 9 janvier 2021
Libye 1 5 juin 2021
Soudan du Sud 1 3 avril 2021
Burundi 1 27 mai 2021
Monde (160 pays) Total : 1,208.985 Total au 14 juillet 2021

DiffusionModifier

Le premier cas était vraisemblablement celui d'une personne identifiée mi- dans le Kent, au Royaume-Uni[22]. Par la suite, plus d'un millier de cas avaient été identifiés mi- au Royaume-Uni, essentiellement dans le sud-est de l'Angleterre. D'autres cas avaient été identifiés au Pays de Galles et en Écosse. Le quart environ des cas de Covid-19 à Londres (en) étaient provoqués par ce nouveau variant début , proportion qui atteignait un tiers début [23] ; on estimait mi- que 60 % des cas de Covid-19 à Londres étaient dus à ce nouveau variant[24]. Au , neuf cas de VOC-202012/01 avaient été identifiés au Danemark[25], quatre en Belgique[26] et un aux Pays-Bas, en Australie et en Italie. Peu après, ce variant fut également trouvé en Islande et à Gibraltar[27],[28], puis à Singapour, en Israël et en Irlande du Nord le [29],[30], en Allemagne et en Suisse le [31],[32], et en Irlande, au Japon et en France le [33],[34]. Fin , le variant britannique s'était répandu en Europe[35], en Amérique du Nord (Canada[36], États-Unis[37]), en Asie (Corée du Sud[38]), en Amérique du Sud (Chili[39]) et en Asie du Sud (Inde[40]) notamment.

Considéré comme 50 à 70 % plus contagieux, ce variant prend rapidement l'avantage sur le virus initial en France[41] : il représente 35% des virus circulant en France ou aux Etats-Unis à la mi-mars 2021[42],[43], et il représente la quasi-totalité des cas détectés début mai.

Notes et référencesModifier

NotesModifier

  1. Le coefficient de sélection peut être estimé à partir de la vitesse de doublement de la prévalence relative de ce variant selon ln(2)*6,5/6,4 = 0,704, soit +70 %, où 6,5 est l'intervalle estimé entre deux générations de virus ; cela conduit à une contagion exp(0,704) = 2,02 fois plus élevée que le virus ancestral.

RéférencesModifier

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