TCDB

Formats	Base de données biologiques Archive ouverte Base de données en médecine (d) Site web Logiciel libre
Langue	Anglais
Sujet	Membrane transport protein (d)
Site web	(en) www.tcdb.org

TCDB, de l'anglais Transporter Classification DataBase, est une base de données bioinformatique des protéines de transport membranaire, y compris les canaux ioniques^[1]^,^[2]^,^[3]. Sa classification est approuvée par l'IUBMB, et est construite de manière semblable à celle de la nomenclature EC des enzymes. Elle comprend neuf classes de premier niveau, elles-mêmes subdivisées en sous-classes de deuxième niveau, puis en superfamilles, familles et substrats.

Les neuf classes TCBD sont ainsi :

Canaux ioniques et pores
Transporteurs activés par potentiel électrochimique
Transporteurs actifs directs (primaires)
Translocateurs de groupes
Transporteurs de molécules de transfert d'électrons
Classe réservée pour extensions futures
Classe réservée pour extensions futures
Facteurs annexes impliqués dans le transport
Systèmes de transport partiellement caractérisés

Notes et références modifier

↑ (en) Milton H. Saier Jr, Vamsee S. Reddy, Dorjee G. Tamang et Åke Västermark, « The Transporter Classification Database », Nucleic Acids Research, vol. 42, n^o D1,‎ janvier 2014, D251-D258 (PMID 24225317, PMCID 3964967, DOI 10.1093/nar/gkt1097, lire en ligne)
↑ (en) Milton H. Saier Jr, Ming Ren Yen, Keith Noto, Dorjee G. Tamang et Charles Elkan, « The Transporter Classification Database: recent advances », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D274-D278 (PMID 19022853, PMCID 2686586, DOI 10.1093/nar/gkn862, lire en ligne)
↑ (en) Milton H. Saier Jr, Can V. Tran et Ravi D. Barabote, « TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information », Nucleic Acids Research, vol. 34, n^o Supplement 1,‎ janvier 2006, D181-D186 (PMID 16381841, PMCID 1334385, DOI 10.1093/nar/gkj001, lire en ligne)

Annexes modifier

Lien web : http://www.tcdb.org/.

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[10.1093/nar/gkt1097-1] (en) Milton H. Saier Jr, Vamsee S. Reddy, Dorjee G. Tamang et Åke Västermark, « The Transporter Classification Database », Nucleic Acids Research, vol. 42, n^o D1,‎ janvier 2014, D251-D258 (PMID 24225317, PMCID 3964967, DOI 10.1093/nar/gkt1097, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkn862-2] (en) Milton H. Saier Jr, Ming Ren Yen, Keith Noto, Dorjee G. Tamang et Charles Elkan, « The Transporter Classification Database: recent advances », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D274-D278 (PMID 19022853, PMCID 2686586, DOI 10.1093/nar/gkn862, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkj001-3] (en) Milton H. Saier Jr, Can V. Tran et Ravi D. Barabote, « TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information », Nucleic Acids Research, vol. 34, n^o Supplement 1,‎ janvier 2006, D181-D186 (PMID 16381841, PMCID 1334385, DOI 10.1093/nar/gkj001, lire en ligne)

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