Sequencher
Sequencher est un logiciel de bio-informatique produit par la société Gene Codes Corporation depuis 1991.
Créé par la société GeneCodes en 1991, initialement pour une utilisation dans l'environnement MacIntosh, le logiciel Sequencher a ensuite aussi été adapté aux plateformes Windows[1],[2]. Il s'agit d'un logiciel multi-fonction d'analyse et de manipulation de séquences nucléiques. Initalement, dans sa version 1.0, les séquences devaient être importées au format ASCII[3]. A partir des versions ultérieures, il accepte la majorité des formats de séquences (GenBank, FASTA, EMBL, GCG...)[4]. Il permet de vérifier la qualité des séquences produites par les séquenceurs et donc de nettoyer ces séquences[4]. Depuis ses premières versions, le logiciel possède la possibilité de vérifier la présence de séquences issues de vecteurs et de séquences de sites multiples de clonage[5]. Ce logiciel permet de faire de l'assemblage de plusieurs séquences d'ADN contigües relativement courtes afin de créer des séquences plus longues (appelées contigs)[6],[5].
Le logiciel accepte les électrophorègrammes des différents contigs issus des séquenceurs de gène et les aligne (appariement)[4]. Cela permet de les comparer les uns aux autres afin de produire une séquence corrigée (avec éventuellement des bases ambigües) portant sur l'ensemble de la portée des contigs mis bout à bout. La comparaison des séquences, grâce aux outils de visualisations graphiques, permet aussi de déterminer si les différences proviennent de séquences hétérozygotes ou non[7],[4]. Il est aussi utilisé pour vérifier les mutations des différents gènes[8]. L'utilisation de définition de motifs permet aussi de repérer des régions codantes ou particulières[9].
En 2001, en pleine période du séquençage du génome humain, le logiciel Sequencher occupe 75 % du marché de l'assemblage de séquences génomiques[10]. Le logiciel Sequencher reste en 2022 le logiciel le plus largement utilisé dans les laboratoires académiques, biotechnologiques ou pharmaceutiques[11]. Le logiciel est utilisé par une grande partie des laboratoires de médecine légale et gouvernementaux pour l'analyse des séquences d'ADN mitochondrial pour l'identification des personnes ou restes mortuaires[11].
Notes et références modifier
- (en) Jung Soh, Paul M.K. Gordon et Christoph W. Sensen, « 5. Characterization of Gene Function through Bioinformatics. 5.3.7 Sequencher », dans Genome Annotation, CRC Press, , 270 p. (ISBN 9781439841181), p. 77
- Kieleczawa et et al. 2006, p. 324.
- Ahern 1992, p. 8.
- Kieleczawa et et al. 2006, p. 325.
- Ahern 1992, p. 9.
- Wallace 2004, p. 105.
- Wallace 2004, p. 105-106.
- Nishimura 2000, p. 24.
- Kieleczawa et et al. 2006, p. 326.
- (en) « Bioinformatics in the disaster zone », sur Scientific Computing World (consulté le )
- (en) Angie Ambers, « Gene Codes Forensics and the Mass Fatality Identification System (M-FISys) », dans Forensic Genetic Approaches for Identification of Human Skeletal Remains, Elsevier Science, , 626 p. (ISBN 9780128163696), p. 10-11
Bibliographie modifier
- (en) Kevin Ahern, « Sequencher 1.0 », Biotechnology Software, Mary Ann Liebert, Incorporated, , p. 8-11 (présentation en ligne)
- (en) Christopher J. Rawlings et Martin J. Bishop, « 5. Sequencher », dans DNA and Protein Sequence Analysis : A Practical Approech, IRL Press at Oxford University Press, , 352 p. (ISBN 9780199634644), p. 126-128
- (en) Darryl Nishimura, « Sequencher 3.1.1 », Biotech Software & Internet Report, vol. 1, nos 1-2, (DOI 10.1089/152791600319231)
- (en) Andrew J. Wallace, « 3.7. Sequence Analysis with Sequencher », dans Rob Elles, Roger Mountford, Molecular diagnosis of genetic diseases, Totwa, New Jersey (USA), Humana Press, coll. « Methods in molecular medicine », , 387 p. (ISBN 9781592594320), p. 105-107
- (en) Jan Kieleczawa, Deven Atmoor, Russ Carmical, Andrex Hill, Fei Lu, Ken Paynter et Paul Wu, « SequencherTM: Software Overview », dans DNA Sequencing II : Optimizing Preparation and Cleanup, vol. 2, Jones and Bartlett Publishers, , 362 p. (ISBN 9780763733834), p. 324-328
