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La mésofaune est un compartiment de la faune de taille intermédiaire entre la microfaune et la macrofaune.

Le terme est une association du grec mesos, signifiant « médian » ou « au milieu », et du latin scientifique fauna.

La mésofaune désigne l'ensemble des petits animaux dont la taille est comprise entre 0,2 et 4 mm (visible à la loupe) présents dans un espace donné.

Elle est majoritairement constitué d’acariens, de collemboles, et d’autres arthropodes. Leur rôle est la consommation de la litières par fragmentation (rupture des parois/cuticules/exosquelettes) permettant une augmentation de la surface d’échange, l’humidification et la modification de pH.

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