La saison 1998-1999 du Championnat de Belgique masculin de handball fut la 41e édition de la plus haute division belge de handball. La première phase du championnat la phase classique, est suivi d'une phase finale pour désigner le champion de Belgique.
Cette édition est remportée par l'Initia HC Hasselt, champion pour la dixième fois de son histoire. Le club limbourgeois réalise le doublé puisqu'il remporte également la Coupe de Belgique.
Enfin, le KV Sasja HC Hoboken, le HK Waasmunster et le HC Amay sont relégués et seront remplacés la saison suivante par le HBC Izegem, le championnat passant de 12 à 10 équipes pour la saison suivante.
La saison régulière est disputée par 12 équipes jouant chacune l'une contre l'autre à deux reprises selon le principe des phases aller et retour. Une victoire rapporte 2 points, une égalité, 1 point et une défaite 0 point.
Après la saison régulière, les 4 équipes les mieux classées s'engagent dans la phase finale. Une phase qui débute par les demi-finales. C'est-à-dire que le premier de la phase régulière affronte le quatrième alors que le deuxième affronte le troisième au meilleur des trois manches. Ensuite les deux équipes qualifiées jouent le titre de champion. Elles se rencontrent également au meilleur des trois manches qui débute également chez le moins bien classé de la phase régulière. Quant aux deux autres équipes, elles s'engagent dans la finale pour la troisième place. Tout comme la finale pour le titre, celle-ci se déroule selon les mêmes principes.
Pour ce qui est des huit autres équipes, elles voient leur saison s'achever. Contrairement aux autres éditions, les trois dernières et non les deux dernières équipes sont relégués en deuxième division.
Le parcours des clubs belges en coupes d'Europe est important puisqu'il détermine le coefficient EHF, et donc le nombre de clubs espagnoles présents en coupes d'Europe les années suivantes.
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Belgique
Willem Rietbroek
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