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SUPERFAMILY

base de données d'annotations structurales et fonctionnelles pour toutes les protéines et tous les génomes

SUPERFAMILY est une base de données bioinformatique pour les propriétés structurelles et fonctionnelles pour les protéines et les génomes[1],[2],[3],[4],[5],[6],[7]. Elle classifie les séquences d'acides aminés en fonction de domaines structurels connus, en les rangeant notamment dans les superfamilles SCOP[8],[9]. Une superfamille est un groupe de protéines qui partagent un ensemble d'éléments appuyant l'idée d'une évolution à partir d'un ancêtre commun sans pour autant présenter nécessairement d'homologie séquentielle détectable[10].

Notes et références modifier

  1. ↑ (en) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY—sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny », Nucleic Acids Research, vol. 37, no Supplement 1,‎ , D380-D386 (PMID 19036790, PMCID 2686452, DOI 10.1093/nar/gkn762, lire en ligne)
  2. ↑ (en) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements », Nucleic Acids Research, vol. 32, no Supplement 1,‎ , D235-D239 (PMID 14681402, PMCID 308851, DOI 10.1093/nar/gkh117, lire en ligne)
  3. ↑ (en) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2007: families and functions », Nucleic Acids Research, vol. 35, no Supplement 1,‎ , D308-D313 (PMID 17098927, PMCID 1669749, DOI 10.1093/nar/gkl910, lire en ligne)
  4. ↑ (en) Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in structural genomics », Acta Crystallographica Section D, vol. 58, no Pt 11,‎ , p. 1897-1900 (PMID 12393919, DOI 10.1107/S0907444902015160, lire en ligne)
  5. ↑ (en) Julian Gough et Cyrus Chothia, « SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments », Nucleic Acids Research, vol. 30, no 1,‎ , p. 268-272 (PMID 11752312, PMCID 99153, DOI 10.1093/nar/30.1.268, lire en ligne)
  6. ↑ (en) David A. de Lima Morais, Hai Fang, Owen J. L. Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method », Nucleic Acids Research, vol. 39, no Supplement 1,‎ , D427-D434 (PMID 21062816, PMCID 3013712, DOI 10.1093/nar/gkq1130, lire en ligne)
  7. ↑ (en) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke, Dimitrios V. Vavoulis, Ben Smithers, Owen J.L. Rackham, Adam J. Sardar, Jan Zaucha, Natalie Thurlby, Hai Fang et Julian Gough, « The SUPERFAMILY 1.75 database in 2014: a doubling of data », Nucleic Acids Research, vol. 43, no D1,‎ , D227-D233 (PMID 25414345, PMCID 4383889, DOI 10.1093/nar/gku1041, lire en ligne)
  8. ↑ (en) Tim J. P. Hubbard, Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin et Cyrus Chothia, « SCOP: a Structural Classification of Proteins database », Nucleic Acids Research, vol. 27, no 1,‎ , p. 254-256 (PMID 9847194, PMCID 148149, DOI 10.1093/nar/27.1.254, lire en ligne)
  9. ↑ (en) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, Cyrus Chothia et Alexey G. Murzin, « SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data », Nucleic Acids Research, vol. 32, no Supplement 1,‎ , D226-D229 (PMID 14681400, PMCID 308773, DOI 10.1093/nar/gkh039, lire en ligne)
  10. ↑ (en) M. O. Dayhoff, P. J. McLaughlin, W. C. Barker et L. T. Hunt, « Evolution of sequences within protein superfamilies », Naturwissenschaften, vol. 62, no 4,‎ , p. 154-161 (DOI 10.1007/BF00608697, Bibcode 1975NW.....62..154D, lire en ligne)

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