Retrozyme
Les rétrozymes sont une famille de rétrotransposons découverts pour la première fois dans les génomes des plantes mais désormais également connus dans les génomes de certains animaux[1],[2]. Les rétrozymes contiennent un ribozyme en tête de marteau dans leurs séquences codantes (et donc le nom de rétrozyme est un mot-valise avec rétrotransposon et de ribozyme en tête de marteau).
Les rétrozymes sont des rétroéléments non autonomes et empruntent ainsi des protéines à d'autres éléments pour se déplacer dans de nouvelles régions d'un génome. Ils sont activement transcrits en ARN circulaires fermés de manière covalente (circARN ou cccARN) et sont détectés dans les deux polarités, indiquant l'utilisation de la réplication en cercle roulant dans leur cycle de vie[3].
La structure génomique d'un rétrozyme chez les plantes implique une région d'ADN non codant centrale, pouvant s'étendre sur 300 à 600 nucléotides, flanquée de séquences terminales longues répétées d'environ 300 à 400 nucléotides contenant le motif HHR. Ils ont également deux séquences (un site de liaison d'amorce (PBS) complémentaire de la séquence tRNA-Met et un tractus poly-purique (PPT)) nécessaires pour amorcer la synthèse d'ADN lors de la mobilisation.
La caractéristique la plus distinctive du rétrozyme par rapport aux autres éléments des génomes végétaux est le ribozyme en tête de marteau. Sinon, ils ressemblent à d'autres caractéristiques connues des génomes végétaux tels que les rétrotransposons à répétition terminale en miniature (TRIM) et les petits rétrotransposons LTR (SMART)[4]. Actuellement, on pense que les rétrozymes ont évolué à partir d'une grande famille de rétrotransposons connue chez de nombreux eucaryotes[2].
Voir aussi modifier
Notes et références modifier
- Amelia Cervera, Denisse Urbina et Marcos de la Peña, « Retrozymes are a unique family of non-autonomous retrotransposons with hammerhead ribozymes that propagate in plants through circular RNAs », Genome Biology, vol. 17, no 1, , p. 135 (ISSN 1474-760X, PMID 27339130, PMCID 4918200, DOI 10.1186/s13059-016-1002-4, lire en ligne)
- Amelia Cervera et Marcos Peña, « Small circRNAs with self-cleaving ribozymes are highly expressed in diverse metazoatranscriptomes », Nucleic Acids Research, vol. 48, no 9, , p. 5054–5064 (ISSN 0305-1048, PMID 32198887, PMCID 7229834, DOI 10.1093/nar/gkaa187, lire en ligne)
- Benjamin D. Lee et Eugene V. Koonin, « Viroids and Viroid-like Circular RNAs: Do They Descend from Primordial Replicators? », Life, vol. 12, no 1, , p. 103 (ISSN 2075-1729, PMID 35054497, PMCID 8781251, DOI 10.3390/life12010103)
- (en) Marcos de la Peña et Amelia Cervera, « Circular RNAs with hammerhead ribozymes encoded in eukaryotic genomes: The enemy at home », RNA Biology, vol. 14, no 8, , p. 985–991 (ISSN 1547-6286, PMID 28448743, PMCID 5680766, DOI 10.1080/15476286.2017.1321730)
